Математик среди биологов

Пишу о геометрии живого, таксономических базах данных, определителях и родном крае

Храним данные в СВГ

В СВГ можно хранить свои данные. Это могут быть дополнительные количественные или качественные характеристики векторной модели, которые не поддерживает формат СВГ.

Для хранения данных придумываем новый тег newtag.

СВГ основан на XML. Согласно спецификации надо описать каждый новый тег в ДТД файле, выложить его на сервер и сослаться в заголовке.

<svg ... xmlns:newtag="http://antonlyakh.ru/new-svg-tags.dtd">

По факту работает, если указать пространство имен xhtml.

<svg ... xmlns:newtag="http://www.w3.org/1999/xhtml">

И работает даже если не упоминать новый тег в заголовке.

<svg ...>

Вставляем тег в текст.

<svg ...>
  <newtag>My own data.</newtag>
</svg>

Прописываем атрибуты тега.

<newtag scale="1" scaleunit="mkm" scalepx="254" />

Комбинируем атрибуты и содержимое.

<newtag scale="1" scaleunit="mkm" scalepx="254">Very usefull data.</newtag>

Текст на русском кодируем в УТФ-8.

<newtag lang="ru">╨Я╨╛╨╝╨╜╨╕, ╤З╤В╨╛ ╤А╤Г╤Б╤Б╨║╨╕╨╣ тАФ ╨╜╨╡ ╤П╨╖╤Л╨║ ╨╝╨╡╨╢╨┤╤Г╨╜╨░╤А╨╛╨┤╨╜╨╛╨│╨╛ ╨╛╨▒╤Й╨╡╨╜╨╕╤П.</newtag>

Загружаем файл в браузер — браузер правильно рисует вектор и не ругается на теги.

Открываем файл в Иллюстраторе или Инкскейпе. Правим. Сохраняем. Смотрим исходник — теги с данными сохранились. Иллюстратор и Инскейп теги не портят.

Мало того, можно окружить новым тегом команду рисования.

<newtag scale="1" scaleunit="mkm"><line ... /></newtag>

Это скроет векторный объект, и он не будет виден ни в браузере, ни в векторных редакторах.

18 октября   СВГ

Наблюдение 5. Ищите да обрящете.

Природа устроена так, что при решении любой задачи, через какое-то время начинают появляться подсказки. Главное, вовремя их засечь и зафиксировать. Если не успеть — пропадут. Если успеть — то запустится процесс поиска решения.

Кажется в психологии это явление имеет название и объяснение. Вроде того, что внимание фокусируется на задаче и более чутко улавливает все намеки на возможные ответы.

Мистики скажут, что сознание подключается к сверхразуму и от него приходит подсказка. (Сверхразум — это практически ноосфера Вернадского.)

Верующие говорят о чуде.

Философы тоже имеют объяснение этого процесса: вспомним эйдосы Платона.

Но мне удобнее воспринимать данный процесс как один из законов природы, непризнанный наукой.

Ищите да обрящете.

666

Мои текущие баллы в Стаковерфлоу:

P.S. С 10 сентября 2018 баллы выросли.

7 сентября   стаковерфлоу

О разнице гуманитарных и математических статей (перепост)

В дополнение к предыдущему перепосту.

Рассуждения злого дикобраза.
«Существенное различие между гуманитариями и физиками/математиками: у гуманитариев принято в статьях разжёвывать весь узкоспециальный материал так, чтобы он был одинаково понятен не только узким специалистам, но и обычному читателю. Значительную часть гуманитарного текста составляет справочный материал: упомянул какой-нибудь факт — дай точную ссылку на источник, специальный термин — дай определение, проблему — изложи историю вопросы со списком основной литературы, мнение — приведи список работ, где оно поддерживается (а также где не-, и где высказываются альтернативные мнения), новое (выше ещё не встречавшееся в этой статье) имя/название/понятие — укажи основные справочные данные. Меня всегда раздражает необходимость тянуть из статьи в статью весь этот воз информации, совершенно не нужной для обоснования или опровержения основных положений данной конкретной работы. Во многом именно поэтому работы гуманитариев кажутся такими простыми — всё ведь и ежу понятно! Физики/математики, как говорят, так не делают, поэтому непосвящённому их публикации кажутся китайской грамотой.»

Правдоподобное и верное в точных и гуманитарных науках (перепост)

Правдоподобное vs верное

«В математике (да и в физике) полно утверждений, которые кажутся вполне правдоподобными, верными, но на самом деле ложны. И эту ложность можно строго доказать. Наоборот, есть утверждения далеко не очевидные, на первый взгляд спорные, парадоксальные, даже, казалось бы, ложные, но верность которых на самом также можно строго доказать. В математике доказательства чисто логические, в физике логическая непротиворечивость теоретической конструкции подкрепляется еще и экспериментом. Главное заключается в том, что всегда есть возможность утверждение доказать или опровергнуть, потому что в этих наук есть механизм доказательства. (Я не касаюсь здесь тонкостей, связанных с теоремами Гёделя — в реальной жизни они не играют существенной роли.)

В так называемых гуманитарных науках строгие доказательства по сути отсутствуют. И возникает чисто практическая проблема — как определить, справедливо ли правдоподобное рассуждение (результат), которое кажется верным, или ложно? И еще более интересная проблема — как выявлять среди якобы ложных утверждений те, которые на самом деле верны?

Я не утверждаю, что гуманитарные науки вообще „бездоказательны“, но там в принципе отсутствует феномен „строго доказательства“. Кстати, если быть справедливым, во многих разделах физики „строгие доказательства“ на практике также отсутствуют, но это надо обсуждать отдельно и подробно...Замечу лишь, что возможность „строгого доказательства“ там в принципе существует.

А здесь я лишь хочу зафиксировать следующую особенность: в гум.науках возможна ситуация, когда сгенерированное „авторитетом“ утверждение будет циркулировать по научному сообществу, его будут „обсуждать“, но при этом о его истинности ничего нельзя будет сказать однозначно! Вопрос о истинности утверждения будут решать путем „надувания щек“ и результат определится тем, у кого „научное пузо“ больше. И второе... Глубоких парадоксальных, „квазиложных“ утверждений в гум.науках нет просто потому, что нет возможности, механизма для их доказательства. И наука развивается на уровне полупустых полубанальностей...»

P. S. Биология по большей степени гуманитарная наука, где практически нет строгих доказательств выдвигаемых гипотез.

26 августа   типограф

Наблюдение 4. В Крымских городах нет детских лужаек

Детская лужайка — это место, покрытое травкой, куда можно прийти с малышом, постелить поркрывало и посидеть в тени, работая с ноутом. Малыш в это время ползает вокруг. Очень важно, чтобы лужайка была прикрыта тенью. Потому что сидеть на палящем летнем крымском солнце некомфортно и вредно.

Источник MaxPixel

В Крымских городах нет детских лужаек. Во многих Крымских городах вообще катастрофически мало зеленых зон. В Севастополе нет нормального парка. В Саках парк наполовину перегорожен заборами, а, начатая и замороженная постройка бетонной набережной вдоль соленого озера еще больше уменьшила площадь для отдыха. В Евпатории есть небольшой парк в центре, но там особо не посидишь. Хотя Евпатория в несезон достаточно уютный городок. В Бахчисарае можно спрятаться в горах, если вы живете на окраине города, а в городе гулять негде. В Ялте есть приятная набережная, но нет детских лужаек, а в горы с малышом не полезешь.

После воссоединения с Россией в Крымских городах начали строить детские площадки. Опять же многие из них расположены на солнцепеке и там не постелишь покрывало.

Городам нужны тенистые детские лужайки. Учитывайте это при реконструкции, если вы имеете такую возможность.

Добавлено позже (16-09-2018)

В качестве травяной лужайки можно использовать поле стадиона, если оно есть поблизости, и туда пускают.

Разнообразие способов цитирования омонимов таксономических названий

Омонимы и гемиомонимы

Когда разные виды или роды организмов имеют одинаковые научные названия, они являются омонимами или гемиомонимами.

Platydactylus australis Dumeril, 1856
Platydactylus australis Walker, 1869
Platydactylus australis Saussure, 1878

Если одинаково названы организмы из одного царства — это омонимы (англ. homonyms). Если из разных — гемиомонимы (англ. hemyhomonyms). Ниже, для удобства, гемиомонимы я тоже буду называть омонимами.

Термин гемиомоним ввел Старобогатов в 1991 году.

Откуда беруться омонимы

Омонимы появляются по двум причинам.

Первая — когда исследователь, назвавший организм, не знал о том, что такое название уже кто-то использовал. Больше всего таких омонимов появилось в 19 — начале 20 века.

Platydactylus australis Dumeril, 1856 — так Думерил назвал австралийского геккона;
Platydactylus australis Walker, 1869 — Валкер назвал так же найденного позже сверчка;
Platydactylus australis Saussure, 1878 — Сасю так же назвал еще одного сверчка.

Вторая — когда исследователь принял организм нового неизвестного вида за известный. Такие истуации случаются до сих пор.

Drosophila pygmaea Duda, 1926 — так Дуда назвал вид плодовых мушкек;
Drosophila pygmaea Duda, 1927 — а потом еще раз отнес к нему мушек другого вида;
Drosophila pygmaea (Bulliard) Quélet, 1886 — а вообще так изначально был назван гриб.

Как цитировать омонимы

Когда в статье приведено научное название вида, которое является омонимом, и нет дополнительных указаний, что это за организм, то получить однозначную информацию о нем, руководствуясь только названием, не удастся. Если в таксономической базе данных хранятся омонимичные названия, то найти нужную запись только по такому названию тоже не получиться — результат будет неоднозначным.

Orestias elegans — это рыба или орхидея?

Поэтому, чтобы отличить омонимы друг от друга, используют несколько приемов:

  • указывают автора или год;
  • дописывают высший таксон;
  • указывают нетаксономическую группу или аббревиатуру царства;
  • используют идентификатор записи вбазе данных.

Цитируем омонимы по автору или году

Обычно к названию таксона дописывают авторов и год, когда данный таксон был описан.

Orestias elegans Ridley, 1887 — орхидея,
Orestias elegans Garman, 1895 — рыба.

Но когда авторов много или у них длинные фамилии, перечислять их неудобно. Поэтому Дубоис предложил писать только год появления названия.

Orestias elegans 1887
Orestias elegans 1895

Это позволяет сократить запись и отличить омонимы друг от друга, потому что омонимов с одинаковым годом описания не существует.

Цитируем омонимы по высшему таксону

В другом способе записи между родовым и видовым эпитетом в скобках указывают высший таксон (обычно — семейство), к которому относится вид.

Orestias (Orchidaceae) elegans
Orestias (Cyprinodontoidei) elegans

Либо семейство дописывают после названия вида.

Orestias elegans (Orchidaceae)
Orestias elegans (Cyprinodontoidei)

Так как придумано несколько тысяч названий семейств, то определить по названию семейства царство организма могут единицы. Поэтому перед семейством дописывают название отряда или царства.

Orestias elegans (Plantae: Orchidaceae)
Orestias elegans (Animalia: Cyprinodontoidei)

Указываем группу организмов или аббревиатуру царства

В данном случае после названия указывают нетаксономическую группу организма.

Orestias elegans (fish)
Orestias elegans (plant)

Алексей Шипунов после названий омонимов, пишет односимвольную аббревиатуру царства.

Orestias elegans (z)
Orestias elegans (b)

Но если в одном царстве несколько омонимов, прием не сработает.

Platydactylus australis (z)
Platydactylus australis (z)
Platydactylus australis (z)

Drosophila pygmaea (f)
Drosophila pygmaea (z)
Drosophila pygmaea (z)

Цитируем омонимы по идентификаторы записи в базе данных

Во всех упомянутых подходах используются понятные человеку обозначения. Это человекоориентированная запись омонимов. Но, так как сеть и базы данных все больше и больше занимают умы, некоторые систематики предлагают использовать машинный подход к обозначению таксонов.

Так, Рамболд с сотоварищами вместо авторов и года публикации названий видов, предложили писать числовой идентификатор записи с названием из таксономической базе данных.

Lecanora varia (Hoffm.) Ach.
Lecanora varia [#389546]

Авторы ограничились только царством грибов. Потому что владельцы трех микологических баз данных (Fungal Names, Index Fungorium, MycoBank) договорились о единой системе идентификации записей. То есть во всех трех базах совпадают номера записей с одними и теми же названиями.

Авторы пишут, что так компьютерам будет удобнее понимать названия в тексте, да и люди смогут их различить. Но этот прием нарушает основной принцип разработки интерфейсов — человечность.

К счастью, сообщество систематиков достаточно консервативно, поэтому в ближайшее время прием не приживется.

Как правильно цитировать омонимы

Среди всех перечисленных способов цитирования омонимов, мне нравится цитирование по году. Кратко, красиво и понятно:

Platydactylus australis 1856
Platydactylus australis 1869
Platydactylus australis 1878

Drosophila pygmaea 1886
Drosophila pygmaea 1926
Drosophila pygmaea 1927

Пишите, какая из записей омонимов вам более по душе, или предлагайте свою.

Полезное

Актуальный перечень омонимичных названий семейств, родов и видов.

Директива reintroduce в Дельфи

Узнал, что в Дельфи есть директива reintroduce. Она говорит компиляторуо том, что не надо возмущаться, когда в родственных классах определены функции с одинаковыми именами, но разным набором параметров.

Здесь компилятор напомнит, что в коде непорядок:


type TFish = class
  procedure swim(); virtual;
end;

type TBoneFish = class(TFish)
  procedure swim(direction : TVector); overload; // Method 'swim' hides virtual method of base type TFish.
end;

А здесь все стало правильно:


type TFish = class
  procedure swim(); virtual;;
end;

type TBoneFish = class(TFish)
  procedure swim(direction : TVector); reintroduce; overload;
end;

В основном коде можно вызывать оба метода.


  bone_fish.swim(); // куда-то плывем
  bone_fish.swim( to_nutritious_crustacean ); // плывем за питательным рачком

Ctrl + ↓ Ранее