Математик среди биологов

Пишу о геометрии живого, таксономических базах данных, определителях, микроводорослях и родном крае.

О разнице между систематиком и таксономистом

Один из моих наставников как-то сказал, что таксономист использует материал, данный систематиком.

Систематик описывает новые виды.

Таксономист знает признаки видов и умеет их распознавать, но новые виды не описывает.

Систематик — творец, а таксономист — ангел, несущий свет знаний простым людям.

Кадр из мультфильма Натуралист

Систематик практически никогда не опускается до уровня таксономиста. Рутинное определение видов не для него. Он строит иерархии, но не следует их путями.

Таксономист становиться систематиком, как только забрасывает косность определения и переключается на конструирование новых таксонов. Но, чаще всего, таксономист поднимается только до уровня архангела. После описания нескольких видов, он возвращается к рутине, неся весть о том, что пути творца до времени не бывают ясны, но постигаются через время путем изучения слова и послушания.

...

К слову, в английском языке таксономист и систематик обозначаются одним словом taxonomist.

...

А в чем вы видите разницу между таксономистом и систематиком?

Интеллектуальный хлам — 1

До недавнего времени я забрасывал в Гугл-плюс интересные, абсурдные, имеющие смысл, поучительные или идиотские фрагменты, вырванные из контекста интернета. Но сейчас Гугл плюс прикрыл. Потому весь этот интеллектуальный хлам буду публиковать здесь под тегом «гугл+».

Мне просто нравится, как наборы слов прячут мысль или скрывают ее отсутствие.

Википедия про Джона Конвея — создателя игры «Жизнь».

И в этот момент Джон Маккей заметил, что размерность одного из представлений монстра, 196883, лишь на единицу отличается от линейного коэффициента фурье-разложения j-инварианта одной модулярной функции.

Терстон познакомил Конвея со своей идеей орбифолдного подхода к группам симметрии двумерного пространства, который тот затем развил.

Конвей склонен подходить к исследованиям математических объектов, в том числе групп, с геометрической точки зрения, визаульно представляя себе связанные с ними симметрии, и вообще очень ценит наглядность и красоту математических теорий. Кроме того, он предпочитает необычные частные случаи общим. Эти особенности стиля и склонностей Конвея ярко проявились в его работах по теории групп.

Конвей и Майкл Гай [...] открыли великую антипризму — единственный невитхоффов однородный политоп.

Согласно теореме [о свободе воли], если у экспериментаторов есть свобода воли, то она есть и у элементарных частиц.

11 апреля   гугл+

Таксонометрический анализ Зелеева

Критический конспект статьи:

  • Зелеев Р. М. (2016). Таксономический анализ и его диагностические возможности в параметрической систематике. XXX Любищевские чтения.

Таксонометрический анализ Зелеева
Зелеев заманчиво начинает. Он утверждает, что параметрическая систематика — это альтернативный способ упорядочивания биоразнообразия. Она позволяет использовать для выявления таксона ряд взаимно несводимых в традиционной систематике признаков. Для этого применяется таксонометрический анализ. Он основан на правилах Виллиса-Ципфа с уточнением Л. Л. Численко, правило Уэвелла и метод А. Н. Голикова.

Незнание данных правил на смысл заметки не влияет.

Далее идет еще несколько весомых цитирований и сравнений. Цитирования оказались полезными в плане перечня литературы, где рассматриваются приемы выделения и анализа границ таксонов.

Потом автор привел объем исследованного материала:

«В данной работе проанализировано, с  разной степенью детализации, еще несколько таксонов [...]: микроспоридии, дициемиды, гребневики, брюхоресничные, бескишечные турбеллярии, тихоходки, онихофоры, щетинкочелюстные, внутрипорошицевые»

После этого у меня в голове зажегся красный диодный фонарик. Он просигналил о том, что признаки такого большого числа разных таксонов очень сложно проанализировать в разумные сроки. А тут автор упоминает, что пару лет назад уже был выполнен подобный анализ других столь же объемных таксономических групп.

Огромный объем проанализированных данных за малое время — признак поверхностного анализа

В конечном итоге фонарь сигналил не зря. Таксонометрический анализ свелся к «выявлению специфики распределения в семействах, отрядах и др. таксонах числа подчиненных групп одного ранга (обычно — родов) с разным числом видов». Идеально распределение «тяготеет к гиперболе». Анализ заключается в оценке отклонения реального числа таксонов от идеального.

То есть вместо учета рада несводимых признаков, автор сопоставил количество видов в таксонах разных рангов с гипотетически идеальным распределением.

Те есть вместо возникшего в моей голове многомерного анализа переплетающихся связей между морфологическими, морфометрическими и биофизическими признаками, получился плоский серый график с несколькими выровненными логарифмом гиперболами.

Я негативно отношусь к анализу, в котором во главу ставится структура таксономического дерева.

Постскриптум: иерархия несвойственная природе
Зелеев красиво закончил:

«Остается лишь сожалеть по поводу [...] представления об иерархии, как единственной форме упорядочивания биоразнообразия. Возможно, именно в этом кроются причины нынешнего кризиса в этой области. Популярность иерархии, помимо исторической инерции ее восприятия (дань традиции), связана лишь с практическим удобством наиболее экономного описания системы таксона, позволяющим не менять общую структуру древа. Поэтому используя иерархию, мы наделяем природу свойствами, ей изначально не присущими».

Именно эту мысль следует развить.

Связь между количеством таксонов разных рангов и характеристиками среды  — ерунда

Процедура выделения таксонов субъективна.

Морфологическое описание вида в большей степени основано на мнении и авторитете исследователей и тщательности сбора морфологических данных, чем на объективных критериях. Генетическое выделение видов вообще происходит автоматически при помощи методов кластеризации нуклеотидных цепочек. Из-за этого виды часто переходят из рода в род, роды — из семейства в семейство и так далее. Перестановки затрагивают даже царства, число которых до сих пор не ясно.

Конечно, есть виды, которые четко отделяются друг от друга. Но также существует масса видов, например среди микроскопических организмов, которые отличаются, буквально, наличием какой-нибудь поры, зубчиком иной формы или другим изгибом кончика шва. Сказать, что такие отличия значимы, можно только после исследования полного жизненного цикла организмов и фиксации всех изменений, которые с ними происходят. Таких исследований крайне мало.

Поэтому оценки, использующие количество таксонов разных рангов, всего лишь отражают структуру части таксономического дерева в конкретный момент времени. Не более того. Следовательно выводы о связи каких-либо характеристик организмов или среды со структурой таксономического дерева основаны на изменчивых (ненадежных) данных.

Таксоны описывают субъективно, а число таксонов используют для объективных выводов

По этой причине работы, в которых авторы только на основе иерархических свойств обнаруженных видов (их положения в таксономическом дереве и распределения по таксонам) делают вывод об антропогенном воздействии на регион, у меня вызывают недоумение.

Ищу ответ. Для чего нужна глобальная система идентифкации биологических данных?

Не могу ответить на простой вопрос:

Зачем нужна глобальная система однозначной идентификации биологических данных?

То есть чтобы ввел номер, а тебе в ответ, бац, связанные с ним биологические данные.

Для чего нам это нужно? Что нам это дает? Какие преимущества мы получаем? Или наоборот — только беды?

Приветствую вразумительные ответы или ссылки на ресурсы, где ответы даны.

«Потому что во многой мудрости много печали; и кто умножает познания, умножает скорбь». Экклезиаст.

Как я оформляю ссылки в черновиках статей

Используемая терминология. «Научную статью» я сокращаю до «статьи». «Научный журнал» — до «журнала». «Статья в журнале» — это научная статья опубликованная в рецензируемом научном журнале.

(Иванов, 2018) + [17] = [Иванов, 2018]

Редакторы нормальных журналов требуют при оформлении ссылок указывать фамилии первых авторов и год издания. Ссылка обрамляется круглыми скобками.

Дифференциальное уравнение, как того требуют законы термодинамики (Hamm, 2003), допускает интеграл от функции, обращающейся в бесконечность в изолированной точке (Aitken et al., 2016). Если для простоты пренебречь потерями на теплопроводность, то видно, что кварк оправдывает убывающий тройной интеграл (Dimas & Buehler, 2012).

Такая ссылка понятна и запоминаема.

Редакторы посредственных журналов требуют указывать порядковый номер публикации в списке литературы, окруженный квадратными скобками.

Дифференциальное уравнение, как того требуют законы термодинамики [17], допускает интеграл от функции, обращающейся в бесконечность в изолированной точке [1]. Если для простоты пренебречь потерями на теплопроводность, то видно, что кварк оправдывает убывающий тройной интеграл [4].

Такая ссылка непонятна и запомнить ее сложно.

Когда я пишу черновик статьи, то ссылаюсь на первых авторов с годом, но окружаю ссылку квадратными скобками.

Дифференциальное уравнение, как того требуют законы термодинамики [Hamm, 2003], допускает интеграл от функции, обращающейся в бесконечность в изолированной точке [Aitken et al., 2016]. Если для простоты пренебречь потерями на теплопроводность, то видно, что кварк оправдывает убывающий тройной интеграл [Dimas & Buehler, 2012].

В этом случае я получаю все преимущества ссылок нормальных журналов и, дополнительно, сразу вижу, что это ссылка на литературу. Гипотетический еще-не-написанный скрипт опознает в тексте такие ссылки и сконвертирует их в соответствии с требованиями журнала.

Пользуйтесь на здоровье.

Если вы знаете или написали скрипт, который будет конвертировать [ссылки] в нужный формат, напишите об этом в комментариях.

C 8 марта!

Милые читательницы моего блога.

C опозданием поздравляю вас с женским днем. Желаю весны в сердце, красоты в душе и молодости в теле.

10 марта   8 марта

Наблюдение 6. Тфилин и прибор для диагностики неврозов

Ученые из Пемзы разрабатывают прибор для ранней диагностики неврозов. Прибор будет крепиться на лбу пациента. Связь с аппаратом ЭКГ будет осуществляться по блютузу. Данные о состоянии пациента будут сниматься 24 часа в сутки.

Тфилин — две маленьких коробочки. Иудеи крепят одну тфилину на бицепце левой руки, а вторую — на лбу. Одна часть тфилина называется байтом — здесь находятся отрывки из Торы. Мужчины накладывают тфилин во время утренней молитвы во все дни, кроме Шаббата и праздников.

Вопрос-ответ. Как написать о методах и результатах в отчете РФФИ

Меня спросили, что писать в отчете по проекту РФФИ. Вспомнил Макса Ильяхова и решил ответить в блоге.

Вопрос

Подскажите, в какой форме и в каком объеме вы заполняете пункт отчета «Полученные за период, на который предоставлен грант, результаты с описанием методов и подходов, использованных при реализации Проекта (описать, уделив особое внимание степени оригинальности и новизны)»?

По сути это основная часть отчета — и здесь должно быть представлено все, что сделано за текущий период. Однако из того, что я узнала у людей — одни сюда вставляют целые статьи, другие кратко пишут в один абзац основные результаты и их новизну.

Есть еще пункт 11 в инструкции по заполнению отчета, в нем говориться что необходимо прикрепить еще файл содержащий информацию о полученных результатах в доступной широкому кругу читателей форме на 1-2 страницы.

Ответ

По моему опыту здесь важен не объем, а содержание. В целом надо следовать поговорке: «краткость — сестра таланта».

Рецензент — это тоже человек. Читать огромный многостраничный чужой текст ему, как и многим, не хочется. Поэтому лучше дать небольшой текст.

Небольшое описание результатов разбитое на абзацы, в каждом абзаце по результату на два-три предложения. Обязательно упомянуть степень новизны, т. е. написать: новое для науки, новое для региона или тривиальный результат подтверждающий известные факты (даже об этом можно написать).

То же самое для методики. Не расписывать ее всю, а дать основные вехи и сослаться на литературу для более детального ознакомления. Если использован какой-то модифицированный или новый подход, обязательно об этом упомянуть.

Чтобы написать для всех, надо представить, что пишешь для школьников или своей бабушки. Представить, что им будет интересно услышать и как им это лучше подать. То есть язык должен быть понятным. Здесь можно даже прикрепить презентацию с картинками.

Предлагаю всем, кто пишет отчеты по проектам, поделиться своим опытом в комментариях.

1 марта   ильяхов   отчет   рффи   текст
Ранее Ctrl + ↓