Математик среди биологов

Пишу о геометрии живого, таксономических базах данных, определителях и родном крае

Наблюдение 4. В Крымских городах нет детских лужаек

Детская лужайка — это место, покрытое травкой, куда можно прийти с малышом, постелить поркрывало и посидеть в тени, работая с ноутом. Малыш в это время ползает вокруг. Очень важно, чтобы лужайка была прикрыта тенью. Потому что сидеть на палящем летнем крымском солнце некомфортно и вредно.

Источник MaxPixel

В Крымских городах нет детских лужаек. Во многих Крымских городах вообще катастрофически мало зеленых зон. В Севастополе нет нормального парка. В Саках парк наполовину перегорожен заборами, а, начатая и замороженная постройка бетонной набережной вдоль соленого озера еще больше уменьшила площадь для отдыха. В Евпатории есть небольшой парк в центре, но там особо не посидишь. Хотя Евпатория в несезон достаточно уютный городок. В Бахчисарае можно спрятаться в горах, если вы живете на окраине города, а в городе гулять негде. В Ялте есть приятная набережная, но нет детских лужаек, а в горы с малышом не полезешь.

После воссоединения с Россией в Крымских городах начали строить детские площадки. Опять же многие из них расположены на солнцепеке и там не постелишь покрывало.

Городам нужны тенистые детские лужайки. Учитывайте это при реконструкции, если вы имеете такую возможность.

Разнообразие способов цитирования омонимов таксономических названий

Омонимы и гемиомонимы

Когда разные виды или роды организмов имеют одинаковые научные названия, они являются омонимами или гемиомонимами.

Platydactylus australis Dumeril, 1856
Platydactylus australis Walker, 1869
Platydactylus australis Saussure, 1878

Если одинаково названы организмы из одного царства — это омонимы (англ. homonyms). Если из разных — гемиомонимы (англ. hemyhomonyms). Ниже, для удобства, гемиомонимы я тоже буду называть омонимами.

Термин гемиомоним ввел Старобогатов в 1991 году.

Откуда беруться омонимы

Омонимы появляются по двум причинам.

Первая — когда исследователь, назвавший организм, не знал о том, что такое название уже кто-то использовал. Больше всего таких омонимов появилось в 19 — начале 20 века.

Platydactylus australis Dumeril, 1856 — так Думерил назвал австралийского геккона;
Platydactylus australis Walker, 1869 — Валкер назвал так же найденного позже сверчка;
Platydactylus australis Saussure, 1878 — Сасю так же назвал еще одного сверчка.

Вторая — когда исследователь принял организм нового неизвестного вида за известный. Такие истуации случаются до сих пор.

Drosophila pygmaea Duda, 1926 — так Дуда назвал вид плодовых мушкек;
Drosophila pygmaea Duda, 1927 — а потом еще раз отнес к нему мушек другого вида;
Drosophila pygmaea (Bulliard) Quélet, 1886 — а вообще так изначально был назван гриб.

Как цитировать омонимы

Когда в статье приведено научное название вида, которое является омонимом, и нет дополнительных указаний, что это за организм, то получить однозначную информацию о нем, руководствуясь только названием, не удастся. Если в таксономической базе данных хранятся омонимичные названия, то найти нужную запись только по такому названию тоже не получиться — результат будет неоднозначным.

Orestias elegans — это рыба или орхидея?

Поэтому, чтобы отличить омонимы друг от друга, используют несколько приемов:

  • указывают автора или год;
  • дописывают высший таксон;
  • указывают нетаксономическую группу или аббревиатуру царства;
  • используют идентификатор записи вбазе данных.

Цитируем омонимы по автору или году

Обычно к названию таксона дописывают авторов и год, когда данный таксон был описан.

Orestias elegans Ridley, 1887 — орхидея,
Orestias elegans Garman, 1895 — рыба.

Но когда авторов много или у них длинные фамилии, перечислять их неудобно. Поэтому Дубоис предложил писать только год появления названия.

Orestias elegans 1887
Orestias elegans 1895

Это позволяет сократить запись и отличить омонимы друг от друга, потому что омонимов с одинаковым годом описания не существует.

Цитируем омонимы по высшему таксону

В другом способе записи между родовым и видовым эпитетом в скобках указывают высший таксон (обычно — семейство), к которому относится вид.

Orestias (Orchidaceae) elegans
Orestias (Cyprinodontoidei) elegans

Либо семейство дописывают после названия вида.

Orestias elegans (Orchidaceae)
Orestias elegans (Cyprinodontoidei)

Так как придумано несколько тысяч названий семейств, то определить по названию семейства царство организма могут единицы. Поэтому перед семейством дописывают название отряда или царства.

Orestias elegans (Plantae: Orchidaceae)
Orestias elegans (Animalia: Cyprinodontoidei)

Указываем группу организмов или аббревиатуру царства

В данном случае после названия указывают нетаксономическую группу организма.

Orestias elegans (fish)
Orestias elegans (plant)

Алексей Шипунов после названий омонимов, пишет односимвольную аббревиатуру царства.

Orestias elegans (z)
Orestias elegans (b)

Но если в одном царстве несколько омонимов, прием не сработает.

Platydactylus australis (z)
Platydactylus australis (z)
Platydactylus australis (z)

Drosophila pygmaea (f)
Drosophila pygmaea (z)
Drosophila pygmaea (z)

Цитируем омонимы по идентификаторы записи в базе данных

Во всех упомянутых подходах используются понятные человеку обозначения. Это человекоориентированная запись омонимов. Но, так как сеть и базы данных все больше и больше занимают умы, некоторые систематики предлагают использовать машинный подход к обозначению таксонов.

Так, Рамболд с сотоварищами вместо авторов и года публикации названий видов, предложили писать числовой идентификатор записи с названием из таксономической базе данных.

Lecanora varia (Hoffm.) Ach.
Lecanora varia [#389546]

Авторы ограничились только царством грибов. Потому что владельцы трех микологических баз данных (Fungal Names, Index Fungorium, MycoBank) договорились о единой системе идентификации записей. То есть во всех трех базах совпадают номера записей с одними и теми же названиями.

Авторы пишут, что так компьютерам будет удобнее понимать названия в тексте, да и люди смогут их различить. Но этот прием нарушает основной принцип разработки интерфейсов — человечность.

К счастью, сообщество систематиков достаточно консервативно, поэтому в ближайшее время прием не приживется.

Как правильно цитировать омонимы

Среди всех перечисленных способов цитирования омонимов, мне нравится цитирование по году. Кратко, красиво и понятно:

Platydactylus australis 1856
Platydactylus australis 1869
Platydactylus australis 1878

Drosophila pygmaea 1886
Drosophila pygmaea 1926
Drosophila pygmaea 1927

Пишите, какая из записей омонимов вам более по душе, или предлагайте свою.

Полезное

Актуальный перечень омонимичных названий семейств, родов и видов.

Директива reintroduce в Дельфи

Узнал, что в Дельфи есть директива reintroduce. Она говорит компиляторуо том, что не надо возмущаться, когда в родственных классах определены функции с одинаковыми именами, но разным набором параметров.

Здесь компилятор напомнит, что в коде непорядок:


type TFish = class
  procedure swim(); virtual;
end;

type TBoneFish = class(TFish)
  procedure swim(direction : TVector); overload; // Method 'swim' hides virtual method of base type TFish.
end;

А здесь все стало правильно:


type TFish = class
  procedure swim(); virtual;;
end;

type TBoneFish = class(TFish)
  procedure swim(direction : TVector); reintroduce; overload;
end;

В основном коде можно вызывать оба метода.


  bone_fish.swim(); // куда-то плывем
  bone_fish.swim( to_nutritious_crustacean ); // плывем за питательным рачком

Перезагрузка

Настало время перезагрузить блог.

Первоначальная задумка о том, что я буду писать только о таксономических информационных системах, проектировании биологических баз знаний, геометрических формах живых организмов, прикладных геометрических методах в биологии и разных аспектах морфологии микроводорослей — потерпела фиаско. Заметки стали перемежаться эмоциональными всплесками по поводу нерадостных дел в институте и прочими отвлеченными темами.

Хотел выстроить идеальный блог-справочник для ребят, делающих первые шаги в компьютеризации биологии, в частности морфологии и систематике, но получилась каша. Мне она надоела. С этого момента буду стараться не имеющие к теме блога заметки хранить в другом месте, а в блоге буду придерживаться заявленной темы.

Ответвления естественно будут — таки-это мой личный блог. Строгого паспортного контроля в каждой заметке проводить не буду, но генеральную линию блога этим постом обозначил.

Если вас интересуют темы блога, и вы хотите от меня услышать что-то более предметное, пишите в коментариях.

22 июля   перезагрузка

Йога, медитация и вегетарианство вредны для мозга

Я как-то писал об асанах йоги Патанджали, практикуемых в школе Виктора Бойко. Беседа учеников о том, стали ли вы меньше думать после занятий йогой, как бы показывает, что йога стимулирует выработку решений: процесс мышления после занятий йогой уходит в подсознание, и решение со временем появляется как бы само собой. То есть мозг работает на грани выключения?

По мнению профессора Савельева, медитация, йога, вегетарианство и прочие «восточные» практики приводят к отключению мозга, то есть для интеллектуального развития крайне вредны. Но если вы думаете мало, вы ничего и не заметите :-)

Энджой.

Ссылки для работы — 1

Построение векторной границы растровой области

Столкнулся с необходимость написать алгоритм для преобразования растровой области в векторный многоугольник. Границы многоугольника должны проходить по границам растровой области. Нашел алгоритмы:

  1. Движущихся квадратов (marching squares). Простейший.
  2. Четыре других алгоритма. Среди них наиболее удачен «More-Neighbour tracing. Using Jacob’s stopping criterion will greatly improve the performance of Moore-Neighbor tracing making it the best algorithm for extracting the contour of any pattern no matter what its connectivity.»

Заливка области цветом

Написанный мною алгоритм заливки области с использованием рекурсивных вызовов привел к переполнению стека. А в Википедии есть алгоритмы, основанные на очереди и стеке.

Сила примеров

Это выжимка из заметки Антона Жиянова. Антон снимает шелуху с интерфейсов, обнажая их идеальную сущность.

[...]

Для меня лучшая формула обучения чему угодно — «порция теории + вагон примеров». Забавно, что при этом для большинства преподавателей (да и вообще профессионалов) выдать примеры — огромная трудность.

Любой спец с лёгкостью напишет, как «лучше быть богатым и здоровым, чем бедным и больным» — но заскрипит на примерах. Если попросить профи написать статью — он изложит десяток хороших и правильных принципов, и в лучшем случае один натужный пример (хорошо если не выдуманный).

Я думаю, что успех рассылок и курсов Ильяхова именно в том, что он всегда и всё подаёт на примерах. То же самое в других хороших курсах — например, «Аналитике для предпринимателей» Алексея Куличевского или «Better Web Type» Матея Латина. То же самое стараюсь делать и я в «Интерфейсах для нормальных людей».

Кажется, от примеров выигрывает всё что угодно.

Используем цвет для обозначения названий таксонов

Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе

В электронной коллекции морских паразитов я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:

  • Названия родов и видов начертаны курсивов, а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют правила оформления таксономических имен.
  • Валидные (действующие) названия таксонов покрашены в синий цвет, а синонимы — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.
  • За синонимом → идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.
  • Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию, помечены фоновым цветом.
  • Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).

На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.

***

Намедни открыл страницу Альгабейз, а там — невалидные таксоны выкрашены серым валидные таксоны выкрашены в синий.

Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в синий серый, и валидные названия не отличались от синонимов.

Ждем продолжения от ВОРМСа и Энциклопедии жизни.

Золотые слова

Андрей Плахов вместе с двумя коллегами описали необычный космический объект, который вращается вокруг звезды KIC 8462852. Но дело не столько в нем, сколько в золотых словах Андрея.

[...]

  1. Не боги горшки обжигают. И я, и два моих соавтора не профессионалы (правда, Bruce Gary много лет работал радиоастрономом, в том числе в JPL, но он давно на пенсии).
  2. Человеческая жизнь обладает очень высокой потенциальной плотностью. Может показаться, что на эту деятельность, не имеющую прямого отношения к остальной моей жизни, я должен был потратить гигантские ресурсы, и от этого пострадала или моя работа, или семейная жизнь, или здоровье. На самом деле на всё про всё ушло несколько разрозненных выходных, в общей сложности, может, часов тридцать. Это эквивалент просмотра пары сезонов «Игры Престолов» (которую я так и не посмотрел, возможно, и из-за этого).
  3. Английский язык это единственное средство международного общения и огромное преимущество, если хочешь добиться хоть чего-нибудь. Быть носителем этого языка в качестве родного — огромная фора. К этому можно относиться с сожалением или нейтрально, но это факт.
  4. Абсолютным ресурсом является взаимное доверие и чистые помыслы. Моего первого соавтора зовут Мохаммед (этот факт он везде, кроме официальных документов, скрывает, предпочитая называть себя Рафик), и мы находимся в абсолютно разных культурных контекстах. Первоначально это обстоятельство вызывало у меня заметное, хоть и неопределенное, беспокойство. Но мне даже не очень за это стыдно, потому что он, в свою очередь, узнав, что я из России, первым делом попросил меня подписать формальный NDA :) Тем не менее, эти глупости мы преодолели очень быстро, поскольку оба не интересуемся индексами цитируемости, вопросами приоритета, и, конечно, не имеем в этой истории каких-то денежных интересов. Это позволило нам интегрировать третьего соавтора мгновенно и в итоге привело к появлению в ноосфере пусть и небольшого, но принципиально нового куска знания.
  5. Человеческая жизнь не кончается ни в 30, ни в 40, и пока ты жив, ты что-то можешь. Одному их моих соавторов за 60, второму вообще под 80 лет. Я узнал об этом совершенно случайно (мы знакомы только по переписке) и ближе к концу работ.
  6. Синергия это здорово. Я умею писать программы, R. Bourne обладает огромной астрономической эрудицией и способен аккуратно и въедливо генерировать гипотезы и дорабатывать численные результаты до достижения «физичности», а B. Gary фантастически хороший наблюдатель, обладает необходимой аппаратурой и, что также немаловажно, знает, как принято писать и печатать статьи в этой области. По одиночке мы едва ли что-то сделали бы.

Вообще, я уверен, если бы все в мире доверяли друг другу и были чисты помыслами, за жизнь одного поколения можно было бы построить хоть коммунизм, хоть либертарианство, хоть царство Божие, и они не так уж отличались бы друг от друга. Жаль, что это не так, но стоит пытаться поддерживать хотя бы островки такого поведения и хотя бы иногда.
[...]

Ctrl + ↓ Ранее