Математик среди биологов

Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова

Наблюдение 7. Благодарность боту

Обычно мы благодарим того, кто нам помог. Особенно, если общаемся с человеком лично.

Мы можем благодарить того, кто дал полезный совет в комментариях.

А что делать, если полезный совет дал бот, настроенный на ваши привычки и предпочтения — его тоже надо благодарить? А если в будущем только ИИ, знающий вас досконально, будет давать самые полезные советы — мы будем благодарить ИИ? Тогда наш ответный отклик будет подкреплять степень уверенности нейросети в том, что она настроена верно. Ведь мы и товарища благодарим для того же самого: показать, что его знания подходят нам. То есть своей благодарностью мы подкрепляем уверенность нейросети (мозга) товарища в том, что он работает так, как нам нужно.

Получается, что все мы — биороботы. Мы можем решать более сложные задачи, чем современные нейросети, если, конечно, не ленимся. А благодарность окружающих — это подкрепляющий сигнал по каналам обратной связи. Кибернетика в чистом виде.

(Сюда можно прикрутить еще мораль, которая, по сути, тоже обычный свод подкрепляющих правил, но не буду.)

Не благодарите.

Как определить, что журнал индексируется в Скопусе или Возе?

Сцимаго поможет проверить наличие журнала в Скопусе.
Кларивейт аналитикс скажет, входит ли журнал в ядро Воз.

В каждой системе надо ввести в поиск часть или полное заглавие журнала.

Сцимаго находит название журнала с запятыми. А поиск Кларивейт аналитикс туповат — названия с запятыми не воспринимает. Поэтому запятые из заглавия лучше убрать.

Например Кларивейт аналитикс не находит журнал «Cryptogamie, Algologie», но находит его по названию без запятых «Cryptogamie Algologie».

Публикуюсь только в бесплатных журналах

За публикации нам дают баллы и платят премии. Величина премии зависит от импакт-фактора журнала и базы данных, в которой он индексируется. Отечественные журналы дешевле зарубежных. Поэтому за РИНЦ премия меньше, чем за Скопус и, тем более, за Воз.

Некоторые пронырливые издатели предлагают за плату напечатать статью без рецензирования в Скопусовском сборнике. Такие сборники включают статьи широкого спектра и выходят несколько раз в год. Некоторые коллеги платят и добавляют в свою копилку премиальные баллы.

Есть журналы открытого доступа. У них достаточно высокий рейтинг и очень высокая плата за статью — от $1500. Статьи проходят рецензию на общих основаниях. Коллеги, выбравшие этот путь, целый год компенсируют затраты.

А есть масса рейтинговых журналов, которые не берут за публикацию ничего.

Так вот, у меня принцип: публикуюсь только в бесплатных журналах.

Честно прохожу сквозь рецензирование и получаю статью, за которую не стыдно.

За последний год, таким образом, выпустил две интересные статьи о диатомовых, о которых расскажу в ближайших заметках.

А вот критерии отбора научных статей издательством «Элзевир».

Круговерть научного сотрудника

Работа научного сотрудника заключается:

  • в утверждении плана работ на год;
  • публикации статей или книг в течение года;
  • попыток выбить деньги на командировки и экспедиции;
  • написании отчета о работе за год.

И так каждый год.

В довоенной переписке Ивана Антоновича Ефремова со Львом Семеновичем Бергом с удивлением обнаружил те же просьбы.

Стиль — очень приятный. Если бы ученый секретарь в таком стиле просил каждого сотрудника прислать планы и отчеты, производительность института была бы выше.

О разнице между систематиком и таксономистом

Один из моих наставников как-то сказал, что таксономист использует материал, данный систематиком.

Систематик описывает новые виды.

Таксономист знает признаки видов и умеет их распознавать, но новые виды не описывает.

Систематик — творец, а таксономист — ангел, несущий свет знаний простым людям.

Кадр из мультфильма Натуралист

Систематик практически никогда не опускается до уровня таксономиста. Рутинное определение видов не для него. Он строит иерархии, но не следует их путями.

Таксономист становиться систематиком, как только забрасывает косность определения и переключается на конструирование новых таксонов. Но, чаще всего, таксономист поднимается только до уровня архангела. После описания нескольких видов, он возвращается к рутине, неся весть о том, что пути творца до времени не бывают ясны, но постигаются через время путем изучения слова и послушания.

...

К слову, в английском языке таксономист и систематик называются одинаково — taxonomist.

...

А в чем вы видите разницу между таксономистом и систематиком?

Интеллектуальный хлам — 1

До недавнего времени я забрасывал в Гугл-плюс интересные, абсурдные, имеющие смысл, поучительные или идиотские фрагменты, вырванные из контекста интернета. Но сейчас Гугл плюс прикрыл. Потому весь этот интеллектуальный хлам буду публиковать здесь под тегом «гугл+».

Мне просто нравится, как наборы слов прячут мысль или скрывают ее отсутствие.

Википедия про Джона Конвея — создателя игры «Жизнь».

И в этот момент Джон Маккей заметил, что размерность одного из представлений монстра, 196883, лишь на единицу отличается от линейного коэффициента фурье-разложения j-инварианта одной модулярной функции.

Терстон познакомил Конвея со своей идеей орбифолдного подхода к группам симметрии двумерного пространства, который тот затем развил.

Конвей склонен подходить к исследованиям математических объектов, в том числе групп, с геометрической точки зрения, визаульно представляя себе связанные с ними симметрии, и вообще очень ценит наглядность и красоту математических теорий. Кроме того, он предпочитает необычные частные случаи общим. Эти особенности стиля и склонностей Конвея ярко проявились в его работах по теории групп.

Конвей и Майкл Гай [...] открыли великую антипризму — единственный невитхоффов однородный политоп.

Согласно теореме [о свободе воли], если у экспериментаторов есть свобода воли, то она есть и у элементарных частиц.

 1   4 мес   гугл+

Таксонометрический анализ Зелеева

Критический конспект статьи:

  • Зелеев Р. М. (2016). Таксономический анализ и его диагностические возможности в параметрической систематике. XXX Любищевские чтения.

Таксонометрический анализ Зелеева
Зелеев заманчиво начинает. Он утверждает, что параметрическая систематика — это альтернативный способ упорядочивания биоразнообразия. Она позволяет использовать для выявления таксона ряд взаимно несводимых в традиционной систематике признаков. Для этого применяется таксонометрический анализ. Он основан на правилах Виллиса-Ципфа с уточнением Л. Л. Численко, правило Уэвелла и метод А. Н. Голикова.

Незнание данных правил на смысл заметки не влияет.

Далее идет еще несколько весомых цитирований и сравнений. Цитирования оказались полезными в плане перечня литературы, где рассматриваются приемы выделения и анализа границ таксонов.

Потом автор привел объем исследованного материала:

«В данной работе проанализировано, с  разной степенью детализации, еще несколько таксонов [...]: микроспоридии, дициемиды, гребневики, брюхоресничные, бескишечные турбеллярии, тихоходки, онихофоры, щетинкочелюстные, внутрипорошицевые»

После этого у меня в голове зажегся красный диодный фонарик. Он просигналил о том, что признаки такого большого числа разных таксонов очень сложно проанализировать в разумные сроки. А тут автор упоминает, что пару лет назад уже был выполнен подобный анализ других столь же объемных таксономических групп.

Огромный объем проанализированных данных за малое время — признак поверхностного анализа

В конечном итоге фонарь сигналил не зря. Таксонометрический анализ свелся к «выявлению специфики распределения в семействах, отрядах и др. таксонах числа подчиненных групп одного ранга (обычно — родов) с разным числом видов». Идеально распределение «тяготеет к гиперболе». Анализ заключается в оценке отклонения реального числа таксонов от идеального.

То есть вместо учета рада несводимых признаков, автор сопоставил количество видов в таксонах разных рангов с гипотетически идеальным распределением.

Те есть вместо возникшего в моей голове многомерного анализа переплетающихся связей между морфологическими, морфометрическими и биофизическими признаками, получился плоский серый график с несколькими выровненными логарифмом гиперболами.

Я негативно отношусь к анализу, в котором во главу ставится структура таксономического дерева.

Постскриптум: иерархия несвойственная природе
Зелеев красиво закончил:

«Остается лишь сожалеть по поводу [...] представления об иерархии, как единственной форме упорядочивания биоразнообразия. Возможно, именно в этом кроются причины нынешнего кризиса в этой области. Популярность иерархии, помимо исторической инерции ее восприятия (дань традиции), связана лишь с практическим удобством наиболее экономного описания системы таксона, позволяющим не менять общую структуру древа. Поэтому используя иерархию, мы наделяем природу свойствами, ей изначально не присущими».

Именно эту мысль следует развить.

Связь между количеством таксонов разных рангов и характеристиками среды  — ерунда

Процедура выделения таксонов субъективна.

Морфологическое описание вида в большей степени основано на мнении и авторитете исследователей и тщательности сбора морфологических данных, чем на объективных критериях. Генетическое выделение видов вообще происходит автоматически при помощи методов кластеризации нуклеотидных цепочек. Из-за этого виды часто переходят из рода в род, роды — из семейства в семейство и так далее. Перестановки затрагивают даже царства, число которых до сих пор не ясно.

Конечно, есть виды, которые четко отделяются друг от друга. Но также существует масса видов, например среди микроскопических организмов, которые отличаются, буквально, наличием какой-нибудь поры, зубчиком иной формы или другим изгибом кончика шва. Сказать, что такие отличия значимы, можно только после исследования полного жизненного цикла организмов и фиксации всех изменений, которые с ними происходят. Таких исследований крайне мало.

Поэтому оценки, использующие количество таксонов разных рангов, всего лишь отражают структуру части таксономического дерева в конкретный момент времени. Не более того. Следовательно выводы о связи каких-либо характеристик организмов или среды со структурой таксономического дерева основаны на изменчивых (ненадежных) данных.

Таксоны описывают субъективно, а число таксонов используют для объективных выводов

По этой причине работы, в которых авторы только на основе иерархических свойств обнаруженных видов (их положения в таксономическом дереве и распределения по таксонам) делают вывод об антропогенном воздействии на регион, у меня вызывают недоумение.

Ищу ответ. Для чего нужна глобальная система идентифкации биологических данных?

Не могу ответить на простой вопрос:

Зачем нужна глобальная система однозначной идентификации биологических данных?

То есть чтобы ввел номер, а тебе в ответ, бац, связанные с ним биологические данные.

Для чего нам это нужно? Что нам это дает? Какие преимущества мы получаем? Или наоборот — только беды?

Приветствую вразумительные ответы или ссылки на ресурсы, где ответы даны.

«Потому что во многой мудрости много печали; и кто умножает познания, умножает скорбь». Экклезиаст.

Ранее Ctrl + ↓