Математик среди биологов

Пишу о геометрии живого, таксономических базах данных, определителях и родном крае

Йога, медитация и вегетарианство вредны для мозга

Я как-то писал об асанах йоги Патанджали, практикуемых в школе Виктора Бойко. Беседа учеников о том, стали ли вы меньше думать после занятий йогой, как бы показывает, что йога стимулирует выработку решений: процесс мышления после занятий йогой уходит в подсознание, и решение со временем появляется как бы само собой. То есть мозг работает на грани выключения?

По мнению профессора Савельева, медитация, йога, вегетарианство и прочие «восточные» практики приводят к отключению мозга, то есть для интеллектуального развития крайне вредны. Но если вы думаете мало, вы ничего и не заметите :-)

Энджой.

Ссылки для работы — 1

Построение векторной границы растровой области

Столкнулся с необходимость написать алгоритм для преобразования растровой области в векторный многоугольник. Границы многоугольника должны проходить по границам растровой области. Нашел алгоритмы:

  1. Движущихся квадратов (marching squares). Простейший.
  2. Четыре других алгоритма. Среди них наиболее удачен «More-Neighbour tracing. Using Jacob’s stopping criterion will greatly improve the performance of Moore-Neighbor tracing making it the best algorithm for extracting the contour of any pattern no matter what its connectivity.»

Заливка области цветом

Написанный мною алгоритм заливки области с использованием рекурсивных вызовов привел к переполнению стека. А в Википедии есть алгоритмы, основанные на очереди и стеке.

Сила примеров

Это выжимка из заметки Антона Жиянова. Антон снимает шелуху с интерфейсов, обнажая их идеальную сущность.

[...]

Для меня лучшая формула обучения чему угодно — «порция теории + вагон примеров». Забавно, что при этом для большинства преподавателей (да и вообще профессионалов) выдать примеры — огромная трудность.

Любой спец с лёгкостью напишет, как «лучше быть богатым и здоровым, чем бедным и больным» — но заскрипит на примерах. Если попросить профи написать статью — он изложит десяток хороших и правильных принципов, и в лучшем случае один натужный пример (хорошо если не выдуманный).

Я думаю, что успех рассылок и курсов Ильяхова именно в том, что он всегда и всё подаёт на примерах. То же самое в других хороших курсах — например, «Аналитике для предпринимателей» Алексея Куличевского или «Better Web Type» Матея Латина. То же самое стараюсь делать и я в «Интерфейсах для нормальных людей».

Кажется, от примеров выигрывает всё что угодно.

Используем цвет для обозначения названий таксонов

Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе

В электронной коллекции морских паразитов я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:

  • Названия родов и видов начертаны курсивов, а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют правила оформления таксономических имен.
  • Валидные (действующие) названия таксонов покрашены в синий цвет, а синонимы — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.
  • За синонимом → идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.
  • Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию, помечены фоновым цветом.
  • Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).

На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.

***

Намедни открыл страницу Альгабейз, а там — невалидные таксоны выкрашены серым валидные таксоны выкрашены в синий.

Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в синий серый, и валидные названия не отличались от синонимов.

Ждем продолжения от ВОРМСа и Энциклопедии жизни.

Золотые слова

Андрей Плахов вместе с двумя коллегами описали необычный космический объект, который вращается вокруг звезды KIC 8462852. Но дело не столько в нем, сколько в золотых словах Андрея.

[...]

  1. Не боги горшки обжигают. И я, и два моих соавтора не профессионалы (правда, Bruce Gary много лет работал радиоастрономом, в том числе в JPL, но он давно на пенсии).
  2. Человеческая жизнь обладает очень высокой потенциальной плотностью. Может показаться, что на эту деятельность, не имеющую прямого отношения к остальной моей жизни, я должен был потратить гигантские ресурсы, и от этого пострадала или моя работа, или семейная жизнь, или здоровье. На самом деле на всё про всё ушло несколько разрозненных выходных, в общей сложности, может, часов тридцать. Это эквивалент просмотра пары сезонов «Игры Престолов» (которую я так и не посмотрел, возможно, и из-за этого).
  3. Английский язык это единственное средство международного общения и огромное преимущество, если хочешь добиться хоть чего-нибудь. Быть носителем этого языка в качестве родного — огромная фора. К этому можно относиться с сожалением или нейтрально, но это факт.
  4. Абсолютным ресурсом является взаимное доверие и чистые помыслы. Моего первого соавтора зовут Мохаммед (этот факт он везде, кроме официальных документов, скрывает, предпочитая называть себя Рафик), и мы находимся в абсолютно разных культурных контекстах. Первоначально это обстоятельство вызывало у меня заметное, хоть и неопределенное, беспокойство. Но мне даже не очень за это стыдно, потому что он, в свою очередь, узнав, что я из России, первым делом попросил меня подписать формальный NDA :) Тем не менее, эти глупости мы преодолели очень быстро, поскольку оба не интересуемся индексами цитируемости, вопросами приоритета, и, конечно, не имеем в этой истории каких-то денежных интересов. Это позволило нам интегрировать третьего соавтора мгновенно и в итоге привело к появлению в ноосфере пусть и небольшого, но принципиально нового куска знания.
  5. Человеческая жизнь не кончается ни в 30, ни в 40, и пока ты жив, ты что-то можешь. Одному их моих соавторов за 60, второму вообще под 80 лет. Я узнал об этом совершенно случайно (мы знакомы только по переписке) и ближе к концу работ.
  6. Синергия это здорово. Я умею писать программы, R. Bourne обладает огромной астрономической эрудицией и способен аккуратно и въедливо генерировать гипотезы и дорабатывать численные результаты до достижения «физичности», а B. Gary фантастически хороший наблюдатель, обладает необходимой аппаратурой и, что также немаловажно, знает, как принято писать и печатать статьи в этой области. По одиночке мы едва ли что-то сделали бы.

Вообще, я уверен, если бы все в мире доверяли друг другу и были чисты помыслами, за жизнь одного поколения можно было бы построить хоть коммунизм, хоть либертарианство, хоть царство Божие, и они не так уж отличались бы друг от друга. Жаль, что это не так, но стоит пытаться поддерживать хотя бы островки такого поведения и хотя бы иногда.
[...]

В Ялте сотрудники Никитского ботанического сада выращивают безвирусные растения

Приятно радуют достижения коллег-крымчан.

«Задача состоит не в том, чтобы вылечить взрослое растение — такую цель мы и не ставим перед собой. Реальный путь другой — получить новый экземпляр растения, изначально свободный от вируса, который в дальнейшем был бы устойчив к нему. Задача очень трудная, но решаемая. Нам удаётся полностью освободить от вируса крохотную, в несколько клеток, часть почки — меристему. Из меристемы в нашей лаборатории получают полноценные побеги, которые в дальнейшем развиваются в абсолютно здоровые растения.»

Молодцы.

Об определении паттерна в Википедии

Увидел в Википедии заумное определение паттерна:

Паттерн — схема-образ, действующая как посредствующее представление, или чувственное понятие, благодаря которому в режиме одновременности восприятия и мышления выявляются закономерности, как они существуют в природе и обществе.

Но потом авторы исправились и написали просто:

Паттерн [...] повторяющийся шаблон, или образец. Элементы паттерна повторяются предсказуемо.

И указали важную деталь, полезную для моделирование природных паттернов:

Паттерны в природе [...] имеют математически описываемую структуру, которая может быть выражена формулами.

Вся заметка интересно описывает разновидности природных и других паттернов.

Конференции по ботанике, альгологии и экологии в 2018 году

Заметка будет обновляться в течение 2018 года
Обновлена 27 ноядря 2017

Водоросли: проблемы таксономии, экологии и использование в мониторинге

IV Всероссийская научная конференция с международным участием
24—28 сентября 2018, БИН РАН, Санкт-Петербург

Регистрационная форма до 1 февраля 2018.
Материалы (5 стр.) до 20 апреля 2018.
Оргвзнос: 1500 руб. до 30 марта 2018, после 1800 руб.

Эл. почта оргкомитета: algology2018@binran.ru

IV (XII) Международная ботаническая конференция молодых ученых

22—28 апреля, 2018, БИН РАН, Санкт-Петербург

Тезисы до 1 марта 2018

Эл. почта оргкомитета: mol2018@binran.ru

Загрязнение морской среды: экологический мониторинг, биоиндикация, нормирование

Всероссийская конференция (с международным участием)
ФГБУН ИМБИ, Севастополь

Первое информационное письмо

Даты проведения и сроки подачи тезисов не известны.

25th International Diatom Symposium

5—30 June 2018, Berlin, Seminaris & Botanical Garden

Тезисы до 1 апреля 2018
Оплатить оргвзнос до 1 марта 2018

IMDIS 2018. International Conference on Marine Data and Information Systems

5-7 November 2018, Barcelona

Данных о датах еще нет.

Научные синопсисы — 1. О предмете биогеографии и методе Брайн-Бланке

Синопсис — краткое изложение чего либо в небольшом обзоре.

На Элементах публикуют синопсисы статей из «Журнала общей биологии». Авторы кратко, доступно и, часто, интересно пересказывают содержание работ. Так как наша библиотека журнал не выписывает, то синопсисы помогают мне узнать, что там написано.

О предмете биогеографии. Существуют ли объективные границы между биогеографическими районами, или они условные? Так и не ясно.

Метод Браун-Бланке: азбука геоботаники или ее эпитафия?. Метод классификации Браун-Бланке всего лишь описывает портрет растительного покрова без привлечения дополнительных экологических критериев.

Научные названия организмов пишем курсивом и с большой буквы

Нашел хорошую краткую памятку на английском про оформление видовых названий организмов в тексте. Кратко: видовые названия пишем курсивом и с заглавной.

The genus name for an organism is a proper noun, so it is capitalized. The species name is an adjective, and is not capitalized. Both are Latin, a foreign language, so the entire name is italicized, like this:

  • Homo sapiens
  • Brassica rapa
  • Entamoeba histolytica.

Because it is a proper name, it usually doesn’t act as an adjective. Say «Brassica rapa has been studied», or «plants of Brassica rapa have been studied», rather than «the Brassica rapa plants have been studied». This last sounds rather like «the Jane Smith person».

The second time you refer to a species, you may abbreviate its name by using the first initial of the genus: B. rapa. Obviously this only works when the name is unambiguous. In a paper about human gut organisms, for example, you’d have to distinguish between Eschericia coli (a bacterium) and Entamoeba coli (an ameba).

Курсивом, с заглавной так же надо писать все прочие названия таксонов любого ранга — несмотря на правила кодексов.

Ctrl + ↓ Ранее