Математик в среде биологов

Пишу о геометрии живого, таксономических определителях, языке, родном крае и прочих интересных занятиях.

Микобанк — база данных с научными названиями грибов.

В конце 2015 года база содержала более 360 тыс. видовых, около 50 тыс. внутривидовых и свыше 3 тыс. названий высших таксонов.

Круговые диаграммы здесь не нужны — достаточно написать число таксонов

Что имеем

Простая функция перечисления всех названий видов грибов в Микобанке отсутствует. Если вы не знаете вида гриба — вы не узнаете ничего. База для гиков-микологов.

Микобанк предлагает шесть вариантов поиска: простой, базовый, продвинутый, типовых экземпляров, терминов и библиографических ссылок.

Простой поиск сложен. Пробую найти информацию о белом грибе с установленным флажком семейства — система ничего не находит.

Базовый поиск еще сложнее. Он содержит несколько полей и дополнительно предлагает сконструировать запрос. Я умею программировать и понимаю, что от меня хотят. Гики-микологи тоже разберуться, нормальные биологи — вряд ли.

После праздников промахиваюсь и пишу название вида в поле для идентификатора записи базы данных. Система ничего не находит.

В продвинутом поиске число полей в 1,5 раза больше. Ухожу с сайта.

Как надо

Для поиска достаточно оставить одно поле, а разбор запроса передать системе.

Воображаемый поиск в Микобанке

Так программировать сложно, но чтобы расти, этому надо учиться.

На чем учиться

Микобанк разрешает скачать список научных названий грибов (25 Мбт). Это большой интересный набор данных. С его помощью вы разберетесь с названиями таксонов, научитесь строить таксономическую базу данных и прокачаете навыки разработки интерфейсов.

О достижениях пишите.

Спасибо Бюро Артема Горбунова за принцип «Интерфейс — зло».

Снега нет, и поздравления сыпятся в ящик. Вот рождественское поздравление из Международного института океана, расположенного на Мальте.

К письму приложена трудночитаемая открытка с морским побережьем и пятью подписями санта-клаусов.

Я тронут.

По моему Де Стафф просто бездушно напомнил о своем существовании. Он даже не знает, что я мужчина, и не помнит моего имени.

Так делать не нужно.

Люда Сарычева хорошо рассказала об убедительном поздравлении. А Максим Ильяхов дал совет, вообще не писать поздравления малознакомому человеку.

Дорогие сотрудники и сотрудницы Международного института океана, не надо больше писать такие письма.

Potential, possible, or probable predatory scholarly open-access publishers.

Список обновляется. Подробности описаны на Гиктаймс: «Лженаука и аферисты. Фальшивые научные журналы».

В таких журналах публиковаться не надо.

Пишите интересные и полезные статьи сами. Пишите не для премии, баллов, галочки или самоутверждения, а для развития науки.

Если писать хорошо не получается, тренируйтесь и читайте Максима Ильяхова.

Около Балаклавы (Севастополь) есть пляж «Васили». Его любят местные жители и приезжие за обособленность, чистую воду и красивые окрестности.

Фото Ирины Агарковой

Коллеги решили провести исследование: собрать данные о числе отдыхающих на пляже в течение летнего сезона. Это нужно для оценки рекреационной нагрузки. К сожалению у них не вышло приходить на пляж каждый день. Даже не получилось бывать каждую неделю. И наблюдения захватывали только часть дня. В результате данных собрали очень мало.

Меня попросили хоть что-то сделать с данными.

Для начала разделил день на три периода. Потому что утром и вечером на пляж обычно приходят люди, избегающие солнца — они приходят поплавать и не будут сидеть на пляже весь день. Их надо учесть отдельно. Днем, наоборот, на пляже отдыхают любители солнечных ванн и ожогов. Без солнца пляж им не интересен.

Потом выстроил данные по времени. Получилась длинная шкала дней.

Затем нарисовал график, обозначил начала месяцев, плохую погоду и экстремальное число посетителей.

Отдыхающие на «Василях» в 2016 году

Сделал закономерные выводы:

  • во второй трети сезона на пляже было больше всего людей;
  • утром и вечером народу было меньше, чем днем;
  • во время дождя все разбежались, а после шторма на несколько дней отдыхающих стало меньше.

Если бы данных было больше, выводы стали бы интереснее.

Ставьте ясные задачи и четко планируйте исследования.

Если кто-то захочет использовать полученные данные или график, пишите.

Хороший заместитель помогает сотрудникам решать возникающие вопросы. После общения с хорошим заместителем сотрудник понимает, что его ценят и любят. Сотрудник снимает стресс и стремится работать лучше.

Плохой заместитель стремится показать свое превосходство над другими. Он делит людей на «своих» и «чужих». Он выпячивает слабые достижения «своих» и не ценит «чужую» работу, но, при необходимости, копирует ее без зазрения совести. Он завышает цены на товары, которые из-за этого никто не покупает. Он не понимает автоматизации труда, поэтому бездумно тратит время квалифицированных специалистов, поручая им бессмысленную, нудную работу, которую компьютер решит быстро. После общения с плохим заместителем сотрудник вопрос не решает, расстраивается, матерится или чувствует себя незаслуженно виноватым (в зависимости от характера), входит в легкий стресс и следующие пару дней работает плохо.

Плохих заместителей надо снимать.

Занимаюсь исследованием формы прикрепительных крючков низших паразитических червей. Описываю форму — контур границы — при помощи коэффициентов нормированного эллиптического преобразования фурье. В процессе работы прихожу к выводу, что ориентация контура влияет на знак коэффициентов, поэтому все контуры надо ориентировать одинаково. Например, по часовой стрелке. Помещаю сей факт на задворки памяти и пользуюсь по мере необходимости.

Через некоторое время натыкаюсь на работу Кремптона (1995), где он пишет о необходимости одинаковой ориентации контуров. Для меня это уже очевидный факт — я до него сам дошел. Но теперь вроде как надо на автора сослаться, хотя он мне никак не помог. И так часто бывает.

Правило. Когда додумался сам, а потом нашел статью с такой же мыслью, то на эту статью не ссылаюсь. Если рецензент моей работы замечание не сделает, значит так и публикую.

Надо выполнить сложные статистические вычисления с помощью ПХП. Писать свои модули сложно, долго и бессмысленно. Придумал интегрироваться с Эр.

Библиотека php-r Александра Качкаева позволяет выполнять скрипты Эр на ПХП. Примеры убедительны, но сам еще не пробовал.

У кого есть опыт работы с php-r?

С какими другими модулями для выполнения многомерных статистических расчетов на ПХП вы знакомы (дискриминантный анализ, кластерный анализ, ординационный анализ)?

Людвиг написал про медитацию, а я хочу написать про йогу. Что интересно, Людвиг делится своим опытом, а я привожу цитаты из чужого труда (в конце чуть-чуть касаюсь своих ощущений). Людвиг меня знать не знать, а я даже немного горжусь, что могу на него сослаться ;-).

К йоге пришел не сразу. Сначала старался освоить восточные гимнастики, трансцендентальную медитацию, не хватило терпения, бросил и набрел на йогу. Пытался найти школу в нашем городе, но меня остановил, во-первых, опыт знакомой, которая рассказала, что ей чуть не сломали спину, пытаясь сложить кулечком — живот на полу между разведенными ногами (сейчас она с трудом ходит, но говорят, что это связано со стрессом), во-вторых, смутил большой выбор йог: для спины, для головы, для мужского и женского здоровья, для желудочно-кишечного тракта. Я считал, что йога, точнее хатха-йога, бывает только одна.

Потом я набрел на сайт Владимира Бойко и скачал его книгу «Йога — Искусство коммуникации». Он вовсю разносить йогу Айенгара, пишет о йоге Патанджали и асанах. Потом я подумал, что выполнение Шавасаны похоже на медитацию, и тут подвернулась заметка Людвига :-)

Далее я процитирую выдержки из статьи Александра Сергеева «Для начала».

Что такое асана?
Асана — это, согласно Сутрам Патанджали, “устойчивое и удобное положение”. И не более того! При этом достигается асана, как говорит первоисточник, при “снятии напряжения и сосредоточении на бесконечном”.
При выполнении асан должно быть абсолютно комфортно и удобно. Если Вы пытаетесь по неясной причине и с не менее загадочной целью во что бы то ни стало сложиться в три погибели, как некто на красивой иллюстрации, то важно будет вовремя для себя отметить, что к йоге это действо может не иметь никакого отношения (даже если в конечном счете тело загнулось в заветные формы). Если комфорт в позе потерян, то как ни изгибайтесь — это уже чистой воды гимнастика. Не позволяйте себе стать жертвой стереотипа о том, что для выполнения асаны нужно как-нибудь эдак изогнуться, что нужно стремиться к “идеальной форме”. Все, что Вам нужно — всего лишь пребывать в комфортном, удобном, устойчивом положении тела, устранив при этом напряжение, и “сосредоточиться на бесконечном”. Ограничивая на данном этапе вопрос чисто “физическими” рамками, получаем, что асана (исключаем из рассмотрения ментальный аспект) — это любое удобное, устойчивое положение. Именно от этого и имеет смысл отталкиваться.
Как выполнять асану?
Нигде не говорится, что для достижения асаны нужно научиться закладывать ноги за шею или складываться пополам. Также нигде не запрещается упрощать, подгонять под свои собственные физические кондиции, которые вы имеете на сегодняшний день (и которые изменяются во времени), тот канонический вид позы, который столь привлекает своей красотой на страницах книг или журналов. Первоисточник говорит нечто совсем другое, а именно, что асана достигается “при устранения усилия и сосредоточении на бесконечном”. Таким образом, для достижения асаны нужно максимально расслабиться физически (убрать всё то напряжение, которое не участвует в поддержании позы) и сосредоточиться на бесконечном (рассредоточиться, уйти от мыслей). В свою очередь это является на порядки более сложной задачей, нежели изнуряющие попытки завязать себя буквой «зю». Тем не менее, многие делают именно это, не придавая значения тексту Сутр, в котором чётко написано “боль, депрессия, дрожь тела, неритмичное дыхание — признаки, сопровождающие ментальное отвлечение”.
При выполнении асан следует придерживаться понимания того, что должно этому сопутствовать.
1. Вы приняли положение такое, чтобы в нем не было ни малейшего дискомфорта, абсолютно никакого, пусть даже форма позы при этом лишь отдаленно и с завидной долей воображения напоминает иллюстрацию в книжке — это не важно.
2. Переключаете внимание на тело и начинаете наблюдать за ощущениями, возникающими в нем. При этом следует расслабить всё, что доступно. Напряженными остаются лишь те участки тела, те мышцы, которые непосредственно участвуют в поддержании положения.
3. Вы можете цеплять внимание за какие-то наиболее яркие ощущения в теле (тепло в ладонях, давление в переносице и т. п.), или за дыхание, или за какой-то образ. Как только Ваше внимание «съезжает» в сторону, отвлекаясь на мысли, регистрация Вами перечисленных выше ощущений прерывается, Вы их теряете. Возвращайтесь к ним, если такое произошло. И тогда мыслям будет всё сложнее вклиниться в процесс практики.
4. Не вникайте в появляющиеся мысли, позвольте им идти отдельно от Вас, не спорьте с ними, не гоните их усилием воли — отстраняйтесь от них, они сами по себе — Вы сами по себе.
5. Если у Вас возник малейший дискомфорт, сбилось дыхание, стало тяжело, жарко, тем более — больно — следовало ещё до этого выйти из асаны. Учитывайте это в следующий раз и вовремя выходите из асаны.
Принцип действия асаны
Практика асан — это не обычная, более того в большей степени ментальная, а не физическая, работа. Асану не нужно выполнять в буквальном понимании. Следует принять специфичное положение тела для конкретной асаны и затем просто в нем пребывать, работая уже не с физической составляющей асаны, а с ментальной. При нахождении в асане физическая компонента начинает жить своей жизнью. Тело может начать “проседать”, положение тела может деформироваться. Но всt это происходит само по себе — без Вашего прямого участия. Вы можете регулировать положение тела, опираясь на меняющиеся внутренние ощущения. Но здесь Вы подстраиваетесь под требования или пожелания тела, а не наоборот, как это происходит в случае, например, гимнастики. Слушайте тело, и оно само очертит дозволенные границы манипуляций с ним. Более того, оно само эти манипуляции и выполнит, позволяя Вам лишь вносить незначительные штрихи.
Таким образом, сначала Вы задаете исходные физические условия — начальное положение тела. Затем Вы создаете ментальные условия для релаксации: следуете 3-ему и 4-ому пунктам из перечисленных в предыдущем разделе. Как результат начинают рушиться логические цепочки, в голове наступает определенного рода хаос, возникает некоторая дистанция между мыслями, крутящимися в голове, и Вами — происходит ментальная релаксация. В ответ на неё, тело начинает также расслабляться и “плыть” в соответствии с заданными физическими условиями. Получается, что наша единственная задача — создав начальные условия и бережно их поддерживая, не мешать дальнейшему развитию событий. Мы остаемся только в роли наблюдателей, которые по необходимости могут процесс прервать. В этом и заключается принцип действия недействием, именуемый также у-вей.
Идеальная форма асана
Идеальной асана будет ровно тогда, когда Вы сумели найти в ней комфорт, устойчивость, максимально расслабить все лишнее и уйти от мыслей. В каком при этом положении будет тело — не суть важно. Оно может принимать канонические формы Айенгара, или ограничиваться 5% от этих амплитуд. Поэтому не стоит зацикливаться на физической составляющей асаны. Да, кто-то может сложить ноги за шею, ощущая при этом абсолютный комфорт и прибывая в расслабленном состоянии, но кто-то может после таких экспериментов и в реанимацию угодить. Кроме того, не стоит верить увещеваниям о том, что, если заниматься определенным образом каждый день — Вы через какое-то время согнётесь, как “тот йог с картинки”. Гибкость развивается до предела при регулярных корректных занятиях, но предел этот у каждого — свой. К тому же, вновь это подчеркнем, степень развития гибкости и других физических качеств никак не характеризует успешность в освоении асан. Мастерство в выполнении асан оценивается, как мы помним, совсем другими критериями. Помните об этом.
Время пребывания в асане
Обычно для каждой асаны есть свое среднее время, которое рекомендуется в ней прибывать. Но как это время засекать? В данном случае вариантов может быть несколько, особенно по началу. Можно ставить какой-нибудь таймер, можно считать про себя, однако наиболее правильным, наверное, все же будет наблюдение за собственными ощущениями. Как только они начинают приближаться к уровню дискомфорта — следует выполнение асаны завершить (чтобы дискомфорта не успело наступить). Если в теле неудобства не возникает — также обращайте внимание на то, что происходит с мыслями. Если от них удалось отвлечься, но через какое-то время поток вновь начинает усиливаться — тоже верный признак того, что асану следует завершить. Если после выполнения асаны в теле появляются неприятные ощущения (даже если во время пребывания в асане ничего подобного не наблюдалось) — необходимо сократить время выдержки позы или упростить её, так как дискомфорта не должно проявляться в результате выполнения асан ни в процессе, ни сразу после, ни даже на следующий день.
Зачем делать асаны
У асан есть два основных назначения.
Первое связано с ментальным отвлечением от мыслительного потока. При выполнении асан — а они являются положениями весьма для человека нестандартными — внимание вынуждено переключаться на тело, на его положение в пространстве, на ощущения, возникающие в нем, на отслеживание равновесия. Таким образом, внимание перестает быть привязано (по крайней мере, не так сильно, как обычно) к постоянному, привычному мыслительному потоку. Асаны запускают, инициируют процесс отвлечения от мыслей.
Второе назначение асан — всесторонняя проработка тела. В результате регулярного пребывания в асанах прорабатываются суставы, связки, мышцы, внутренние органы, нормализуется работа желез — то есть, по сути, охватывается весь организм. Развивается гибкость, которая необходима в той степени, чтобы обеспечить здоровье тела. И первое, и второе назначение асан важно, и нельзя игнорировать ни одно из них.
Шавасана
Выполняя шавасану, Вы снимаете напряжение, возникшее в теле в результате выполнения других асан. Если Вы находились в стоячей асане — это особенно актуально. Необходимо, чтобы каждую следующую позу Вы выполняли, будто первую, словно до этого ничего не делалось вовсе — без намека на усталость. Помните, что йога — это не затратная, а напротив — восстанавливающая практика. Состояние расслабленности и пониженного тонуса сознания Вам хорошо пронести через всю практику. Удерживать нужное состояние и углублять его помогает шавасана.
Вначале шавасана может действительно быть просто лежанием на спине, но со временем в ней появится навык достаточно качественно и быстро гасить мыслительный поток. Шавасану можно по праву считать самой сложной из асан, несмотря на её элементарную физическую компоненту. Тело в ней никак не нагружено и пребывает в естественной для него форме, тем самым внимание полностью устремляется во внутренний мир человека, начинает вовсю цепляться за мысли — тем сложнее сохранять тишину ума.
Шавасану следует выполнять не только в конце занятия, но и в процессе в промежутках между другими асанами по мере необходимости, например через каждые 2-3 асаны. Если выполняются стоячие, то можно и после каждой. Не следует считать, что, если Вы не устаете, то выполнение шавасаны можно исключить. При корректной практике Вы не должны уставать в принципе, но шавасану все равно следует выполнять для поддержания “ментального вакуума”.
Регулярность
Для успешных занятий йогой, то есть для таких занятий, которые будут оказывать на Вас реальное воздействие, основным условием помимо корректности практики является её регулярность. Регулярность подразумевает от четырех занятий в неделю, продолжительностью не менее часа, а лучше два каждое. Можно ли научиться рисовать, пробуя это раз-два в неделю? Можно ли научиться иностранному языку, занимаясь с такой же периодичностью? Едва ли. А если какие-то навыки и результаты будут проявляться, то, увы, через весьма продолжительное время, и успехи будут весьма скромными. Абсолютно аналогично обстоит дело и с йогой. Разница лишь в том, что опыта практики йоги Вы не имели вообще никогда в своей жизни в отличие от рисования и владения речью… Если Вы занимаетесь йогой с целью получить какой-то результат или ощутить её воздействие, то регулярность практики — это необходимое условие.
Заключение
В заключение хочется обратить Ваше внимание на то, что асаны сами по себе не решают проблем со здоровьем ни физическим, ни психологическим. Асаны — это один из инструментов йоги, наиболее подходящий по совокупности причин западному человеку. Инструмент, но не цель и не суть йоги. Все “чудеса” (а на самом деле просто отклики психосоматики на корректную работу с ней посредствам йоги), которые происходят в результате регулярных занятий йогой, имеют место быть лишь по причине функционирования в это время сознания в некотором третьем, промежуточном между сном и бодрствованием состоянии. Когда мы спим, сознание отключено вообще. Когда бодрствуем, оно работает и наполнено мыслями. В йоге сознание активно, но оно ничем не наполнено. Тем самым Вы перестаете ставить цель сами и передаёте рычаг управления гораздо более совершенной системе — своей психосоматике, которая лучше Вас знает, что нужно для Вашего общего с ней благополучия.
Как писала Индра Деви: “Йога не лечит человека. Человека лечит природа, а йога расчищает природе тропинки”.

Собственный опыт
На данном этапе учусь выполнять Шавасану и слушаю нидру в исполнении Владимира Бойко. Мне кажется, у меня начался «сброс» — это когда вылазят предыдущие воспоминания. Сейчас мое состояние, я бы сказал, несколько странное. Физически чувствую себя прекрасно, но психологически на меня накатывает депресняк в самом неприятном смысле этого слова. Или что-то не так делаю, или это пройдет со временем.

Удачи.

Сегодня на остановке молодой парень не прерываясь играл на аккордеоне. Музыка глушила шум моторов. Ждать автобус было легко и приятно.

Пока ехал в автобусе, подумал, почему бы не рассадить таких аккордионистов на всех шумных остановках. Как бы здорово стало в городе. Потом вспомнил, что уже 21 век, музыка через динамики транслируется. Достаточно проигрывать запись по городской радиосети. Не знаю, предусмотрены на современных остановках со штекерами для подзарядки телефонов динамики? Можно через них крутить.

Но в живую интереснее.

Начал собирать коллекцию собственных фотографий диатомовых. Мне помогает Оля Ш. Придумал простой способ фотографрования: к окуляру микроскопа приставляем фотоапарат и жмем затвор. Получается терпимо.

Неизвестная пресноводная диатомовая сфотографирована с помощью фотоаппарата приставленного к окуляру микроскопа

На микроскопе с фотонасадкой — лучше.

Licmophora sp. из Черного моря

Особенно хорошо с фазовым контрастом.

Спасибо Жене Д. за время на микроскопе.

Мечтаю, чтобы было, как в «Иллюстрированном атласе бентосных диатомовых морской среды Кувейта» (ПДФ, 30 Мб).

Фотография живой диатомовой Amphora decussata из кувейтского атласа, рис. 128. Авторы Фальза Юсиф Ал-Ямани и Маша Сабурова. Масштаб 10 мкм

Фотографируем живые клетки. Не кремниевые трупы, а живые организмы с хлоропластами.

Licmophora cf. ehrenbergii из Черного моря; cf. означает неподтвержденную идентификацию, сокр. от лат. confer

Они снуют туда-сюда, стремятся уйти от яркого света. Идут по прямой, когда нет препятствий. Задорно обходят вокруг песчинок. Весело протанцовывают рядом с соседом. Или увлекают за собой, когда он не сопротивляется. Даже если партнер значительно больше.

Маленькая диатомовая хантсшия тащит большую плевросигму

Возникают методические вопросы.

  • В каком разрешении сохранять фотографии? Сейчас около 5000 пикселей по ширине.
  • Как их сортировать?
  • С чего начать определение?

Буду отвечать на них по мере решения.

Систематики, в лице Лены Н., закидывают нас тапками: штрихов не видно, шва не видно, даже род не понятен. А мне кажется, что мы разберемся. Главное, что мы фиксируем микроскопическую жизнь и нам интересно.

Ctrl + ↓ Ранее