Математик среди биологов

Пишу о геометрии живого, таксономических базах данных, определителях, микроводорослях и родном крае.

Жизнь в ИМБИ 2. Упадок в изучении биолюминесценции

Читая работу Б. С. Кузина «Упадок систематики (I. Система, эволюция, мультимодация)», нашел утверждение, которое можно применить ко многим отраслям научных знаний. И я ее адаптировал к исследованию биолюминесценции в ИМБИ. Измененные фразы я окружил квадратными скобками.

Упадок той или иной области науки характеризуется не прекращением поступления новых фактических данных. Мы не можем жаловаться на недостаток [данных], описывающих [вертикальное и пространственное распределение биолюминесценции в Черном море]... Упадок заключается в отсутствии новых идей, нового теоретического освещения фактов. И это уже с давних пор наблюдается [во всех исследованиях биолюминесценции, проводимых в ИМБИ]. Было бы еще сносно, если бы [исследования биолюминесценции], не обогащаясь новыми идеями, сохраняли уровень, которого они достигли когда-то. Но они двинулись назад...

К сожалению на этот факт в институте принято закрывать глаза. Зато у нынешнего руководителя отдела, занимающегося биолюминесценцией, есть весомый аргумент — эти исследования уникальны. В том смысле, что ни в Россиии, ни на Украине ими больше никто не занимается. Раз уникальны — значит их надо охранять и тратить на них деньги.

Приглашаю на конференцию по морской и теоретической паразитологии

С 9 по 14 сентября 2019 года в Севастополе в поселке Любимовка будет проходить седьмая по счету «Школа по морской и теоретической паразитологии».

Шестая паразитологическая школа тоже проходила в Севастополе. Участникам понравилась ее организация, время и место проведения, поэтому седьмую конференцию решили провести здесь же.

Общая фотография с шестой Паразитологической конференции 5-9 сентября 2016 года.

Научная программа конференции

Включает устные и постерные доклады по направлениям:

  • Современные экологические и эволюционные проблемы теоретической и морской паразитологии.
  • Жизненные циклы, популяционная биология паразитов морских организмов, взаимоотношения в системах паразит-хозяин.
  • Использование паразитов для оценки состояния водных экосистем и в качестве биологических меток при изучении различных сторон экологии хозяев.
  • Прикладные аспекты морской паразитологии: мониторинг эпизоотической ситуации в естественных водоемах и марикультурных хозяйствах, паразитологическое инспектирование продукции из морских гидробионтов.
  • Молекулярные маркеры в систематике, филогении и экологии паразитов.
  • Морфологические аспекты паразитизма.

Планируется проведение практических занятий, где специалисты будут рассказывать о новых методических подходах к исследованию паразитов морских организмов.

Материалы конференции получат статус электронного издания и будут проиндексированы в РИНЦ.

Он-лайн регистрация

Теперь, чтобы зарегистрироваться на конференции, не надо присылать регистрационные формы организаторам, как в прошлый раз. Достаточно зарегистрироваться онлайн, указав электронную почту:

cprs.imbr-ras.ru/events/parasites2019/register

Ссылка из электронного письма приведет к анкете участника.

После можно подать один или несколько докладов, которые появятся в преварительном списке сообщений.

Все — вы зарегистрированы. Теперь ждите второе информационное письмо с информацией о правилах оформления и сроках подачи тезисов, регистрационном взносе, предполагаемых экскурсиях и прочей полезной информацией. Оно придет зимой 2019 года.

Дружеская атмосфера

На наших конференциях царит дружеская научная атмосфера. Здесь интересные доклады и докладчики, хорошие банкеты, великолепные окрестности и теплое Черное море.

Приезжайте.

Сайт — летопись конференции

Сайт этой и прошлой конференции я сделал сам. Это — летопись конференций, застывшая в потоке электронов.

Если вам нужен сайт научной конференции — пишите: me@antonlyakh.ru.

Памятка. Объекты и массивы объектов в Яваскрипте

Пиша — учишься.

Очень кратко

[...] — массив
{...} — объект

{ [...], [...], [...] } — объект хранит массивы
[ {...}, {...}, {...} ] — массив хранит объекты

[ [...], [...], [...] ] — двумерный массив
[ [{...}, {...}], [{...}, {...}], [{...}, {...}] ]  — двумерный массив объектов

И так далее рекурсивно.

Приемы работы

Проверить наличие ключа в объекте и удалить ключ объекта.

if ("ethanol" in chemicals)
  delete chemicals.ethanol;

В конец массива можно пушнуть элемент или попнуть оттуда.

var arra = [];
arra.push("ficker");
arra.push("popinjay");
// arra[ "ficker", "popinjay" ];
arra.pop(); // popinjay

В начало массива элемент можно шифтнуть или уншифтнуть оттуда.

var myau = [];
arra.shift("cat");
arra.shift("dog");
// arra[ "dog", "shift" ];
arra.unshift(); // dog

Аналогично в массив можно пушнуть или шифтнуть объект.

var fish = [];
fish.push( 
  {taxon: "Gobiidae", weigth: 17, region: "Moscow"}
);

В массив можно пушнуть объект содержащий массив.

var frogs = [];
frogs.push( 
  {color: "violet", dimensions: [12, 14, 10, 27, 8, 14]}
);

Пройтись по объектам из массива.

for (var item in array_of_objects)
  // item - текущий объект из массива; есть ли у него такое-то свойство-ключ?
  if ( desired_key in item)
     alert( item.desired_key );

Заполнить массив объектов вычисленными значениями.

var cloud = [];
var N = 128, i=0;
while(i++ < N)
  cloud.push( {x: Math.random(), y: math.random(), id: i} );

Примеры

Массив:

var hex = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8];
alert( hex[4] );

Объект:

var flex = {
  x: 10,
  y: 50,
  name: "point"
};

var hrex = new Object( {0:"one", 1:"two", third : "three", fourth : "four"} );

alert( flex.x );
alert( flex["y"] );
alert( hrex[third] );

Пустой объект, который заполняется позже:

var plex = new Object();

plex["road"] = "M-86";
plex["speed"] = 120;

Объект с массивом:

var hrex = {
  name: "Petr",
  coins: [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8],
  slaves: ["John", "Abram", "Rosa"]
}

alert( hrex[slaves][1] );

Массив объектов:

var abra = [
  {cadabra: 17, place: "town"},
  {cadabra: 23, place: "lake"},
  {cadabra: 66, place: "street"}
];

Дальнейшее чтиво

Все способы перебора массива в JavaScript
Полезные методы массивов и объектов в JavaScript
Выразительный JavaScript: Структуры данных: объекты и массивы

Руководство по JavaScript, часть 2: стиль кода и структура программ
Руководство по JavaScript, часть 3: переменные, типы данных, выражения, объекты

Стрелочные функции в JavaScript: зачем они нужны, как с ними обращаться, когда ими стоит пользоваться, а когда — нет
Функции высшего порядка в JavaScript

Тезисы к тезисам

В правилах оформления тезисов на конференцию в текст часто просят добавить краткую аннотацию. Тезисное изложение тезисов. Сюда же, помимо заглавия, авторов и места работы (каждое с новой строки), просят включить список литературы. Объем всего текста не должен превышать 4-5 страниц формата А5 с двухсантиметровыми полями.

Очевидно, что такие требования сильно сокращают объем полезного текста. Это понимает каждый участник и организаторы. С другой стороны организаторы экономят на бумаге, но повышают статус публикаций. Потому что эти публикации относятся к «материалам конференции» включенным в РИНЦ. В некоторых научных организациях за них начисляют премии.

Получается, что подобное премирование плодит массу бесполезных одноразовых работ, не проходящих рецензирования.

Лучше, когда вместо ущербных материалов печатают совсем краткие тезисы, чтобы знать о чем будет говорить докладчик. А по результатам выборочно — полноценные рецензируемые статьи. Тогда не будет стыдно ни авторам, ни организаторам. И будет интересно читателю.

Храним данные в СВГ

В СВГ можно хранить свои данные. Это могут быть дополнительные количественные или качественные характеристики векторной модели, которые не поддерживает формат СВГ.

Для хранения данных придумываем новый тег newtag.

СВГ основан на XML. Согласно спецификации надо описать каждый новый тег в ДТД файле, выложить его на сервер и сослаться в заголовке.

<svg ... xmlns:newtag="http://antonlyakh.ru/new-svg-tags.dtd">

По факту работает, если указать пространство имен xhtml.

<svg ... xmlns:newtag="http://www.w3.org/1999/xhtml">

И работает даже если не упоминать новый тег в заголовке.

<svg ...>

Вставляем тег в текст.

<svg ...>
  <newtag>My own data.</newtag>
</svg>

Прописываем атрибуты тега.

<newtag scale="1" scaleunit="mkm" scalepx="254" />

Комбинируем атрибуты и содержимое.

<newtag scale="1" scaleunit="mkm" scalepx="254">Very usefull data.</newtag>

Текст на русском кодируем в УТФ-8.

<newtag lang="ru">╨Я╨╛╨╝╨╜╨╕, ╤З╤В╨╛ ╤А╤Г╤Б╤Б╨║╨╕╨╣ тАФ ╨╜╨╡ ╤П╨╖╤Л╨║ ╨╝╨╡╨╢╨┤╤Г╨╜╨░╤А╨╛╨┤╨╜╨╛╨│╨╛ ╨╛╨▒╤Й╨╡╨╜╨╕╤П.</newtag>

Загружаем файл в браузер — браузер правильно рисует вектор и не ругается на теги.

Открываем файл в Иллюстраторе или Инкскейпе. Правим. Сохраняем. Смотрим исходник — теги с данными сохранились. Иллюстратор и Инскейп теги не портят.

Мало того, можно окружить новым тегом команду рисования.

<newtag scale="1" scaleunit="mkm"><line ... /></newtag>

Это скроет векторный объект, и он не будет виден ни в браузере, ни в векторных редакторах, но будет доступен парсеру.

18 октября   СВГ

Наблюдение 5. Ищите да обрящете.

Природа устроена так, что при решении любой задачи, через какое-то время начинают появляться подсказки. Главное, вовремя их засечь и зафиксировать. Если не успеть — пропадут. Если успеть — то запустится процесс поиска решения.

Кажется в психологии это явление имеет название и объяснение. Вроде того, что внимание фокусируется на задаче и более чутко улавливает все намеки на возможные ответы.

Мистики скажут, что сознание подключается к сверхразуму и от него приходит подсказка. (Сверхразум — это практически ноосфера Вернадского.)

Верующие говорят о чуде.

Философы тоже имеют объяснение этого процесса: вспомним эйдосы Платона.

Но мне удобнее воспринимать данный процесс как один из законов природы, непризнанный наукой.

Ищите да обрящете.

Дополнено 17 декабря 2018 г.
Сегодня раздумывал о том, как лучше представить программу Эль-Фурье и объяснить, что такое эллиптическое преобразование Фурье. Отвлекся на Ютуб и, о чудесный закон природы, наткнулся на видео, которое раскрывает механизм преобразования Фурье.

Закон работает, однако.

666

Мои текущие баллы в Стаковерфлоу:

P.S. С 10 сентября 2018 баллы выросли.

О разнице гуманитарных и математических статей (перепост)

В дополнение к предыдущему перепосту.

Рассуждения злого дикобраза.
«Существенное различие между гуманитариями и физиками/математиками: у гуманитариев принято в статьях разжёвывать весь узкоспециальный материал так, чтобы он был одинаково понятен не только узким специалистам, но и обычному читателю. Значительную часть гуманитарного текста составляет справочный материал: упомянул какой-нибудь факт — дай точную ссылку на источник, специальный термин — дай определение, проблему — изложи историю вопросы со списком основной литературы, мнение — приведи список работ, где оно поддерживается (а также где не-, и где высказываются альтернативные мнения), новое (выше ещё не встречавшееся в этой статье) имя/название/понятие — укажи основные справочные данные. Меня всегда раздражает необходимость тянуть из статьи в статью весь этот воз информации, совершенно не нужной для обоснования или опровержения основных положений данной конкретной работы. Во многом именно поэтому работы гуманитариев кажутся такими простыми — всё ведь и ежу понятно! Физики/математики, как говорят, так не делают, поэтому непосвящённому их публикации кажутся китайской грамотой.»

Правдоподобное и верное в точных и гуманитарных науках (перепост)

Правдоподобное vs верное

«В математике (да и в физике) полно утверждений, которые кажутся вполне правдоподобными, верными, но на самом деле ложны. И эту ложность можно строго доказать. Наоборот, есть утверждения далеко не очевидные, на первый взгляд спорные, парадоксальные, даже, казалось бы, ложные, но верность которых на самом также можно строго доказать. В математике доказательства чисто логические, в физике логическая непротиворечивость теоретической конструкции подкрепляется еще и экспериментом. Главное заключается в том, что всегда есть возможность утверждение доказать или опровергнуть, потому что в этих наук есть механизм доказательства. (Я не касаюсь здесь тонкостей, связанных с теоремами Гёделя — в реальной жизни они не играют существенной роли.)

В так называемых гуманитарных науках строгие доказательства по сути отсутствуют. И возникает чисто практическая проблема — как определить, справедливо ли правдоподобное рассуждение (результат), которое кажется верным, или ложно? И еще более интересная проблема — как выявлять среди якобы ложных утверждений те, которые на самом деле верны?

Я не утверждаю, что гуманитарные науки вообще „бездоказательны“, но там в принципе отсутствует феномен „строго доказательства“. Кстати, если быть справедливым, во многих разделах физики „строгие доказательства“ на практике также отсутствуют, но это надо обсуждать отдельно и подробно...Замечу лишь, что возможность „строгого доказательства“ там в принципе существует.

А здесь я лишь хочу зафиксировать следующую особенность: в гум.науках возможна ситуация, когда сгенерированное „авторитетом“ утверждение будет циркулировать по научному сообществу, его будут „обсуждать“, но при этом о его истинности ничего нельзя будет сказать однозначно! Вопрос о истинности утверждения будут решать путем „надувания щек“ и результат определится тем, у кого „научное пузо“ больше. И второе... Глубоких парадоксальных, „квазиложных“ утверждений в гум.науках нет просто потому, что нет возможности, механизма для их доказательства. И наука развивается на уровне полупустых полубанальностей...»

P. S. Биология по большей степени гуманитарная наука, где практически нет строгих доказательств выдвигаемых гипотез.

Ранее Ctrl + ↓