Используемая терминология. «Научную статью» я сокращаю до «статьи». «Научный журнал» — до «журнала». «Статья в журнале» — это научная статья опубликованная в рецензируемом научном журнале.

(Иванов, 2018) + [17] = [Иванов, 2018]

Редакторы нормальных журналов требуют при оформлении ссылок указывать фамилии первых авторов и год издания. Ссылка обрамляется круглыми скобками.

Дифференциальное уравнение, как того требуют законы термодинамики (Hamm, 2003), допускает интеграл от функции, обращающейся в бесконечность в изолированной точке (Aitken et al., 2016). Если для простоты пренебречь потерями на теплопроводность, то видно, что кварк оправдывает убывающий тройной интеграл (Dimas & Buehler, 2012).

Такая ссылка понятна и запоминаема.

Редакторы посредственных журналов требуют указывать порядковый номер публикации в списке литературы, окруженный квадратными скобками.

Дифференциальное уравнение, как того требуют законы термодинамики [17], допускает интеграл от функции, обращающейся в бесконечность в изолированной точке [1]. Если для простоты пренебречь потерями на теплопроводность, то видно, что кварк оправдывает убывающий тройной интеграл [4].

Такая ссылка непонятна и запомнить ее сложно.

Когда я пишу черновик статьи, то ссылаюсь на первых авторов с годом, но окружаю ссылку квадратными скобками.

Дифференциальное уравнение, как того требуют законы термодинамики [Hamm, 2003], допускает интеграл от функции, обращающейся в бесконечность в изолированной точке [Aitken et al., 2016]. Если для простоты пренебречь потерями на теплопроводность, то видно, что кварк оправдывает убывающий тройной интеграл [Dimas & Buehler, 2012].

В этом случае я получаю все преимущества ссылок нормальных журналов и, дополнительно, сразу вижу, что это ссылка на литературу. Гипотетический еще-не-написанный скрипт опознает в тексте такие ссылки и сконвертирует их в соответствии с требованиями журнала.

Пользуйтесь на здоровье.

Если вы знаете или написали скрипт, который будет конвертировать [ссылки] в нужный формат, напишите об этом в комментариях.