{
    "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1",
    "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом альгабейз",
    "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова",
    "_rss_language": "ru",
    "_itunes_email": "",
    "_itunes_categories_xml": "",
    "_itunes_image": "",
    "_itunes_explicit": "",
    "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/algabeyz\/",
    "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/algabeyz\/json\/",
    "icon": false,
    "author": {
        "name": "Антон Лях",
        "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/",
        "avatar": false
    },
    "items": [
        {
            "id": "510",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-1-n\/",
            "title": "Список родов диатомовых. 1\/n",
            "content_html": "<p>Для работы мне потребовался список всех известных к настоящему времени родов диатомовых. Вот результаты попыток его получить.<\/p>\n<h2>Статьи<\/h2>\n<p>Рода диатомовых перечислены в некоторых публикациях. Например, в каталоге родов диатомовых 1999 года<\/p>\n<p><i>Fourtanier E. & Kociolek J.P.<\/i> (1999) Catalogue of diatom genera.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-genera-(1999)---title.png\" width=\"602\" height=\"530\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Из которого вырос каталог названий диатомовых 2009 года, тех же авторов.<\/p>\n<p><i>Fourtanier E. & Kociolek J.P.<\/i> (2009) Catalogue of diatom names.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-names-(2009)---title.png\" width=\"602\" height=\"709\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Но мне нужен электронный список — текстовый файл или отформатированная таблица. Извлечь список из пдф статей — сложная задача. Поэтому этот вариант мне не подходит.<\/p>\n<h2>Базы данных<\/h2>\n<p>Очевидно, что в наш век, когда нейросети потихоньку покоряют человечество, найти в интернете базу данных с полным списком родов определенного таксона не составляет никакого труда. И да, такие базы есть.<\/p>\n<p>Почти все названия диатомовых хранят:<\/p>\n<ul>\n<li>Альгабейз (<a href=\"algaebase.org\">algaebase.org<\/a>),<\/li>\n<li>Вормс (<a href=\"marinespecies.org\">marinespecies.org<\/a>),<\/li>\n<li>Диатомбейз (<a href=\"diatombase.org\">diatombase.org<\/a>).<\/li>\n<\/ul>\n<p>При этом Диатомбейз не является независимой базой — она извлекает данные из базы Вормса и копирует его интерфейс. То есть ее можно спокойно вычеркнуть, оставив Альгабейз и Вормс.<\/p>\n<p>Ни одна из оставшихся двух баз, ни Альгабейз, ни Вормс, не позволяет просто взять и получить список таксонов определенного ранга.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-tree.png\" width=\"700\" height=\"762\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Для этого необходимо пробежать по дереву: от верха до нужного ранга, раскрывая по дороге все боковые ветви: над- и под-отделы и отделы, над- и под-классы и классы, надсемейства и семейства. Все без исключения.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-tree.png\" width=\"700\" height=\"762\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>При этом страничка с перечнем родов определенного высшего таксона представляет собой сложноструктурированный текст, из которого тоже не очень-то просто вычленить список родов.<\/p>\n<p>То есть вариант использования баз, в котором нужно ручками пролистать ветви таксономического дерева и повыковыривать названия родов тоже мне не подходит.<\/p>\n<h2>АПИ<\/h2>\n<p>Альгабейз не предоставляет никакой иной официальной возможности доступа к базе, кроме как через интерфейс веб-страницы. Майкл Гури зорко охраняет собранные таксономические данные.<\/p>\n<p>К счастью Вормс — это открытая система. Он предоставляет <a href=\"https:\/\/www.marinespecies.org\/rest\/\">АПИ для извлечения данных<\/a>.<\/p>\n<p>Но именно тот запрос, который должен вернуть названия всех таксонов заданного ранга, относящихся к конкретному родителю, в данный момент работает неправильно.<\/p>\n<pre class=\"e2-text-code\"><code class=\"\">\/AphiaRecordsByTaxonRankID\/{ID} \r\nGet the AphiaRecords for a given taxonRankID (max 50)<\/code><\/pre><p>Сейчас он возвращает только первые 50 названий (родов). Остальные остаются недоступными.<\/p>\n",
            "date_published": "2025-03-11T22:58:52+03:00",
            "date_modified": "2025-03-11T23:16:34+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-genera-(1999)---title.png",
            "_date_published_rfc2822": "Tue, 11 Mar 2025 22:58:52 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "510",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [
                    "system\/library\/highlight\/highlight.js",
                    "system\/library\/highlight\/highlight.css",
                    "system\/library\/highlight\/highlight.js",
                    "system\/library\/highlight\/highlight.css"
                ],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-genera-(1999)---title.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-names-(2009)---title.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-tree.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-tree.png"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "195",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/ispolzuem-cvet-dlya-oboznacheniya-nazvaniy-taksonov\/",
            "title": "Используем цвет для обозначения названий таксонов",
            "content_html": "<p><small>Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе<\/small><\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png\" width=\"906\" height=\"700\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>В <a href=\"http:\/\/marineparasites.org\/taxa\/\">электронной коллекции морских паразитов<\/a> я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:<\/p>\n<ul>\n<li><i>Названия родов и видов начертаны курсивов,<\/i> а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют <a href=\"http:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/nauchnye-nazvaniya-organizmov-pishem-kursivom-i-s-bolshoy-bukvy\/\">правила оформления таксономических имен<\/a>.<\/li>\n<li><span style=\"color: #1c31b1\">Валидные (действующие) названия таксонов<\/span> покрашены в синий цвет, а <span style=\"color: #777\">синонимы<\/span> — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.<\/li>\n<li>За синонимом &rarr; идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.<\/li>\n<li><span style=\"background-color: #e4f5d7; padding: 1px 2px; margin-left: -2px;\">Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию,<\/span> помечены фоновым цветом.<\/li>\n<li>Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).<\/li>\n<\/ul>\n<p>На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.<\/p>\n<p>***<\/p>\n<p>Намедни открыл <a href=\"http:\/\/algaebase.org\/search\/genus\/detail\/?genus_id=N9704650865b438c9&-session=abv4:3E4C0C64032da276A5xk288EA760\">страницу Альгабейз<\/a>, а там — <s>невалидные таксоны выкрашены серым<\/s> валидные таксоны выкрашены в синий.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-list-of-thalassiosira-species.png\" width=\"906\" height=\"700\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в <s>синий<\/s> серый, и валидные названия не отличались от синонимов.<\/p>\n<p>Ждем продолжения от <a href=\"http:\/\/www.marinespecies.org\/aphia.php?p=taxlist\">ВОРМСа<\/a> и <a href=\"http:\/\/eol.org\/\">Энциклопедии жизни<\/a>.<\/p>\n",
            "date_published": "2018-01-30T20:05:19+03:00",
            "date_modified": "2023-08-07T14:42:35+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png",
            "_date_published_rfc2822": "Tue, 30 Jan 2018 20:05:19 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "true",
            "_rss_guid": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/ispolzuem-cvet-dlya-oboznacheniya-nazvaniy-taksonov\/",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-list-of-thalassiosira-species.png"
                ]
            }
        }
    ],
    "_e2_version": 3559,
    "_e2_ua_string": "E2 (v3559; Aegea)"
}