Список родов диатомовых. 1/n

Антон Лях — Tue, 11 Mar 2025 22:58:52 +0300

Для работы мне потребовался список всех известных к настоящему времени родов диатомовых. Вот результаты попыток его получить.

Статьи

Рода диатомовых перечислены в некоторых публикациях. Например, в каталоге родов диатомовых 1999 года

Fourtanier E. & Kociolek J.P. (1999) Catalogue of diatom genera.

Из которого вырос каталог названий диатомовых 2009 года, тех же авторов.

Fourtanier E. & Kociolek J.P. (2009) Catalogue of diatom names.

Но мне нужен электронный список — текстовый файл или отформатированная таблица. Извлечь список из пдф статей — сложная задача. Поэтому этот вариант мне не подходит.

Базы данных

Очевидно, что в наш век, когда нейросети потихоньку покоряют человечество, найти в интернете базу данных с полным списком родов определенного таксона не составляет никакого труда. И да, такие базы есть.

Почти все названия диатомовых хранят:

Альгабейз (algaebase.org),
Вормс (marinespecies.org),
Диатомбейз (diatombase.org).

При этом Диатомбейз не является независимой базой — она извлекает данные из базы Вормса и копирует его интерфейс. То есть ее можно спокойно вычеркнуть, оставив Альгабейз и Вормс.

Ни одна из оставшихся двух баз, ни Альгабейз, ни Вормс, не позволяет просто взять и получить список таксонов определенного ранга.

Для этого необходимо пробежать по дереву: от верха до нужного ранга, раскрывая по дороге все боковые ветви: над- и под-отделы и отделы, над- и под-классы и классы, надсемейства и семейства. Все без исключения.

При этом страничка с перечнем родов определенного высшего таксона представляет собой сложноструктурированный текст, из которого тоже не очень-то просто вычленить список родов.

То есть вариант использования баз, в котором нужно ручками пролистать ветви таксономического дерева и повыковыривать названия родов тоже мне не подходит.

АПИ

Альгабейз не предоставляет никакой иной официальной возможности доступа к базе, кроме как через интерфейс веб-страницы. Майкл Гури зорко охраняет собранные таксономические данные.

К счастью Вормс — это открытая система. Он предоставляет АПИ для извлечения данных.

Но именно тот запрос, который должен вернуть названия всех таксонов заданного ранга, относящихся к конкретному родителю, в данный момент работает неправильно.

/AphiaRecordsByTaxonRankID/{ID} 
Get the AphiaRecords for a given taxonRankID (max 50)

Сейчас он возвращает только первые 50 названий (родов). Остальные остаются недоступными.

Используем цвет для обозначения названий таксонов

Антон Лях — Tue, 30 Jan 2018 20:05:19 +0300

Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе

В электронной коллекции морских паразитов я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:

Названия родов и видов начертаны курсивов, а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют правила оформления таксономических имен.
Валидные (действующие) названия таксонов покрашены в синий цвет, а синонимы — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.
За синонимом → идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.
Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию, помечены фоновым цветом.
Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).

На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.

***

Намедни открыл страницу Альгабейз, а там — ~~невалидные таксоны выкрашены серым~~ валидные таксоны выкрашены в синий.

Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в ~~синий~~ серый, и валидные названия не отличались от синонимов.

Ждем продолжения от ВОРМСа и Энциклопедии жизни.

Математик среди биологов: заметки с тегом альгабейз

Список родов диатомовых. 1/n

Статьи

Базы данных

АПИ

Используем цвет для обозначения названий таксонов