{
    "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1",
    "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом автор таксона",
    "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова",
    "_rss_language": "ru",
    "_itunes_email": "",
    "_itunes_categories_xml": "",
    "_itunes_image": "",
    "_itunes_explicit": "",
    "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/avtor-taksona\/",
    "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/avtor-taksona\/json\/",
    "icon": false,
    "author": {
        "name": "Антон Лях",
        "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/",
        "avatar": false
    },
    "items": [
        {
            "id": "209",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/citing-homonyms-and-hemiomonyms\/",
            "title": "Разнообразие способов цитирования омонимов таксономических названий",
            "content_html": "<style type=\"text\/css\">\r\n.gray {color: #777;}\r\n<\/style>\n<h2>Омонимы и гемиомонимы<\/h2>\n<p>Когда разные виды или роды организмов имеют одинаковые <a href=\"http:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/nauchnoe-i-obydennoe-nazvanie-organizma\/\">научные названия<\/a>, они являются омонимами или гемиомонимами.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i><b>Platydactylus australis<\/b><\/i> Dumeril, 1856<br \/>\n<i><b>Platydactylus australis<\/b><\/i> Walker, 1869<br \/>\n<i><b>Platydactylus australis<\/b><\/i> Saussure, 1878<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Если одинаково названы организмы из одного царства — это омонимы (англ. <i>homonyms<\/i>). Если из разных — <i>гемиомонимы<\/i> (англ. <i>hemyhomonyms<\/i>). Ниже, для удобства, гемиомонимы я тоже буду называть омонимами.<\/p>\n<p><small>Термин гемиомоним ввел <a href=\"http:\/\/biodiversitylibrary.org\/page\/12230677\">Старобогатов в 1991 году<\/a>.<\/small><\/p>\n<h2>Откуда беруться омонимы<\/h2>\n<p>Омонимы появляются по двум причинам.<\/p>\n<p>Первая — когда исследователь, назвавший организм, не знал о том, что такое название уже кто-то использовал. Больше всего таких омонимов появилось в 19 — начале 20 века.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Platydactylus australis<\/i> Dumeril, 1856 <span class=\"gray\">— так Думерил назвал австралийского геккона;<\/span><br \/>\n<i>Platydactylus australis<\/i> Walker, 1869 <span class=\"gray\">— Валкер назвал так же найденного позже сверчка;<\/span><br \/>\n<i>Platydactylus australis<\/i> Saussure, 1878 <span class=\"gray\">— Сасю так же назвал еще одного сверчка.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Вторая — когда исследователь принял организм нового неизвестного вида за известный. Такие истуации случаются до сих пор.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Drosophila pygmaea<\/i> Duda, 1926 <span class=\"gray\">— так Дуда назвал вид плодовых мушкек;<\/span><br \/>\n<i>Drosophila pygmaea<\/i> Duda, 1927 <span class=\"gray\">— а потом еще раз отнес к нему мушек другого вида;<\/span><br \/>\n<i>Drosophila pygmaea<\/i> (Bulliard) Quélet, 1886 <span class=\"gray\">— а вообще так изначально был назван гриб.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n<h2>Как цитировать омонимы<\/h2>\n<p>Когда в статье приведено научное название вида, которое является омонимом, и нет дополнительных указаний, что это за организм, то получить однозначную информацию о нем, руководствуясь только названием, не удастся. Если в таксономической базе данных хранятся омонимичные названия, то найти нужную запись только по такому названию тоже не получиться — результат будет неоднозначным.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> — это <a href=\"https:\/\/www.google.com\/search?q=Orestias+elegans+fish\">рыба<\/a> или <a href=\"https:\/\/www.google.com\/search?q=Orestias+elegans+orchid\">орхидея<\/a>?<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Поэтому, чтобы отличить омонимы друг от друга, используют несколько приемов:<\/p>\n<ul>\n<li>указывают автора или год;<\/li>\n<li>дописывают высший таксон;<\/li>\n<li>указывают нетаксономическую группу или аббревиатуру царства;<\/li>\n<li>используют идентификатор записи вбазе данных.<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Цитируем омонимы по автору или году<\/h2>\n<p>Обычно к названию таксона дописывают авторов и год, когда данный таксон был описан.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> <b>Ridley, 1887<\/b> <span class=\"gray\">— орхидея,<\/span><br \/>\n<i>Orestias elegans<\/i> <b>Garman, 1895<\/b> <span class=\"gray\">— рыба.<\/span><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Но когда авторов много или у них длинные фамилии, перечислять их неудобно. Поэтому <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1111\/j.1095-8312.2007.00900.x\">Дубоис предложил писать только год появления названия<\/a>.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> <b>1887<\/b><br \/>\n<i>Orestias elegans<\/i> <b>1895<\/b><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Это позволяет сократить запись и отличить омонимы друг от друга, потому что омонимов с одинаковым годом описания не существует.<\/p>\n<h2>Цитируем омонимы по высшему таксону<\/h2>\n<p>В другом способе записи между родовым и видовым эпитетом в скобках указывают высший таксон (обычно — семейство), к которому относится вид.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias<\/i> (Orchidaceae) <i>elegans<\/i><br \/>\n<i>Orestias<\/i> (Cyprinodontoidei) <i>elegans<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Либо семейство дописывают после названия вида.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> (Orchidaceae)<br \/>\n<i>Orestias elegans<\/i> (Cyprinodontoidei)<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Так как придумано <a href=\"https:\/\/biology.stackexchange.com\/questions\/14888\/how-many-taxonomic-families-are-there\">несколько тысяч названий семейств<\/a>, то определить по названию семейства царство организма могут единицы. Поэтому перед семейством дописывают название отряда или царства.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> (Plantae: Orchidaceae)<br \/>\n<i>Orestias elegans<\/i> (Animalia: Cyprinodontoidei)<\/p>\n<\/blockquote>\n<h2>Указываем группу организмов или аббревиатуру царства<\/h2>\n<p>В данном случае после названия указывают нетаксономическую группу организма.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> (fish)<br \/>\n<i>Orestias elegans<\/i> (plant)<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Алексей Шипунов после названий омонимов, <a href=\"http:\/\/herba.msu.ru\/shipunov\/os\/homonyms\/index.php\">пишет односимвольную аббревиатуру царства<\/a>.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Orestias elegans<\/i> (z)<br \/>\n<i>Orestias elegans<\/i> (b)<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Но если в одном царстве несколько омонимов, прием не сработает.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Platydactylus australis<\/i> (z)<br \/>\n<i>Platydactylus australis<\/i> (z)<br \/>\n<i>Platydactylus australis<\/i> (z)<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p><i>Drosophila pygmaea<\/i> (f)<br \/>\n<i>Drosophila pygmaea<\/i> (z)<br \/>\n<i>Drosophila pygmaea<\/i> (z)<\/p>\n<\/blockquote>\n<h2>Цитируем омонимы по идентификатору записи в базе данных<\/h2>\n<p>Во всех упомянутых подходах используются понятные человеку обозначения. Это человекоориентированная запись омонимов. Но, так как сеть и базы данных все больше и больше занимают умы, некоторые систематики предлагают использовать машинный подход к обозначению таксонов.<\/p>\n<p>Так, Рамболд с сотоварищами вместо авторов и года публикации названий видов, <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.12705\/665.12\">предложили писать числовой идентификатор записи с названием из таксономической базе данных<\/a>.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Lecanora varia<\/i> (Hoffm.) Ach.<br \/>\n<b><i>Lecanora varia<\/i> [<a href=\"http:\/\/www.indexfungorum.org\/names\/NamesRecord.asp?RecordID=389546\">#389546<\/a>]<\/b><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Авторы ограничились только царством грибов. Потому что владельцы трех микологических баз данных (Fungal Names, Index Fungorium, MycoBank) договорились о единой системе идентификации записей. То есть во всех трех базах совпадают номера записей с одними и теми же названиями.<\/p>\n<p>Авторы пишут, что так компьютерам будет удобнее понимать названия в тексте, да и люди смогут их различить. Но этот прием нарушает основной принцип разработки интерфейсов — <a href=\"https:\/\/www.artlebedev.ru\/best\/ui\/humaneness\/\">человечность<\/a>.<\/p>\n<p>К счастью, сообщество систематиков достаточно консервативно, поэтому в ближайшее время прием не приживется.<\/p>\n<h2>Как правильно цитировать омонимы<\/h2>\n<p>Среди всех перечисленных способов цитирования омонимов, мне нравится цитирование по году. Кратко, красиво и понятно:<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Platydactylus australis<\/i> 1856<br \/>\n<i>Platydactylus australis<\/i> 1869<br \/>\n<i>Platydactylus australis<\/i> 1878<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p><i>Drosophila pygmaea<\/i> 1886<br \/>\n<i>Drosophila pygmaea<\/i> 1926<br \/>\n<i>Drosophila pygmaea<\/i> 1927<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Пишите, какая из записей омонимов вам более по душе, или предлагайте свою.<\/p>\n<h2>Полезное<\/h2>\n<p><a href=\"http:\/\/www.cmar.csiro.au\/datacentre\/irmng\/homonyms.htm\">Актуальный перечень омонимичных названий семейств, родов и видов<\/a>.<\/p>\n",
            "date_published": "2018-08-16T00:51:58+03:00",
            "date_modified": "2021-08-08T23:14:06+03:00",
            "_date_published_rfc2822": "Thu, 16 Aug 2018 00:51:58 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "true",
            "_rss_guid": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/citing-homonyms-and-hemiomonyms\/",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": []
            }
        },
        {
            "id": "11",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/sozdaem-taksonomicheskuyu-bazu-dannyh\/",
            "title": "Создаем таксономическую базу данных",
            "content_html": "<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/taxonomic-tree-of-frog.png\" width=\"700\" height=\"681\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small>Таксономические связи между ядовитыми видами тропических лягушек-древолазов (рисунок из <a href=\"http:\/\/www.mapress.com\/zootaxa\/list\/2011\/3083.html\">статьи Брауна и др., 2011<\/a>)<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p><small>Заметка-конспект для составителей таксономических баз данных<\/small><\/p>\n<p>Таксономическая база данных (ТБД) нужна для составления компьютерных списков таксонов, виртуальных коллекций, атласов и определителей. Это костяк любой таксономической информационной системы.<\/p>\n<p>ТБД хранит <i>названия таксонов<\/i>, которые суть ключи для доступа к биологической, экологической, генетической, географической и морфологической информации об организмах.<\/p>\n<p>Концепция биологического таксона сегодня нам не понадобится. Важно запомнить, что биологические таксоны относят к семи основным рангам: <i>виду<\/i>, <i>роду<\/i>, <i>семейству<\/i>, <i>отряду<\/i> животных или <i>порядку<\/i> растений, <i>классу<\/i>, <i>типу<\/i> животных или <i>отделу<\/i> растений и <i>царству<\/i>. Вид — это низший ранг, царство — наивысший ранг.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Вид &rarr; Род &rarr; Семейство &rarr; Отряд или Порядок &rarr; Класс &rarr; Тип или Отдел &rarr; Царство<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>Ранг вида — основной. Он является началом отсчета, как ноль в математике. Таксоны рангом выше вида — от рода, до царства — называются <i>высшими таксонами<\/i>. Бывают таксоны рангом ниже вида: подвиды, вариететы и формы. Встречаются промежуточные ранги: подпорядки, инфраотряды, надсемейства. Однако исследователи оспаривают их необходимость, поэтому обойдемся без них.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Вид — начало отсчета; таксоны от рода до царства — высшие таксоны<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>В дальнейшем я буду различать виды и таксоны рангом выше вида, которые буду называть просто таксонами.<\/p>\n<p>Ранги иерархически подчинены друг другу: таксоны высших рангов содержат таксоны нижних рангов. Например, род пантер (<i>Panthera<\/i>) относится к семейству кошачьих (Felidae) и содержит четыре вида: <i>Panthera tigris<\/i> (тигр), <i>P. leo<\/i> (лев), <i>P. pardus<\/i> (леопард) и <i>P. onca<\/i> (ягуар). Иерархические связи между таксонами разных рангов удобно визуализировать в виде дерева. Его называют <i>деревом таксонов<\/i>.<\/p>\n<p>По мнению систематиков, дерево таксонов должно отображать естественные эволюционные связи между организмами: показывать, кто от кого произошел. На практике многие таксономические деревья не являются естественными.<\/p>\n<p>Я оставлю спор о таксономических деревьях систематикам и кратко сформулирую требования к ТБД, рассмотрю научные названия и авторов таксонов, синонимы и омонимы, коснусь фрагментарности таксономического дерева и закончу описанием первичной структуры ТБД.<\/p>\n<h2>Требования к ТБД<\/h2>\n<p>Три необходимых требования к таксономической базе данных:<\/p>\n<ol start=\"1\">\n<li>Хранит дерево названий таксонов. Дерево может быть фрагментарным — содержит таксоны не всех уровней.<\/li>\n<li>Название таксона удовлетворяет правилам биологической номенклатуры.<\/li>\n<li>Каждое название таксона уникально. Если названия совпадают, значит у них разные авторы. Если авторы не указаны, но названия совпадают, значит они омонимы и относятся к разным царствам. Другие случаи запрещены.<\/li>\n<\/ol>\n<h2>Латинские названия таксонов<\/h2>\n<p>Правила номенклатуры регулируют построение латинского названия таксона. Высший таксон — одно слово, вид — два слова, внутривидовой таксон — три или четыре слова. Слова состоят из латинских букв, могут иметь тире. Название таксона всегда пишут с заглавной буквы<\/p>\n<p>Так как вид — основная единица эволюции, начну с него.<\/p>\n<p><b>Название вида<\/b> — биномен. Состоит из двух частей: <i>названия рода<\/i> и <i>видового эпитета<\/i>. Например <i>Rapana venosa<\/i> — хищный брюхоногий моллюск: <i>Rapana<\/i> — название рода, <i>venosa<\/i> — видовой эпитет. Видовой эпитет без названия рода не употребляется.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Rapana-venosa.png\" width=\"800\" height=\"560\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small><i>Rapana venosa<\/i> занесен в Черное море в 30-х годах прошлого века и за несколько десятков лет полностью уничтожил устричные банки. Однако он оказался полезным. <a href=\"http:\/\/base.ukrpatent.org\/searchINV\/search.php?action=viewdetails&IdClaim=157637&chapter=abstractRU&sid=e614d305f751417769aae22003467cd7\">Правильно приготовленное мясо рапаны<\/a> любят гурманы, оно <a href=\"http:\/\/delvaneo.ru\/fishing\/carassius\/effektivnye-nasadki-dlya-lovli-morskikh-karasej\/molyusk-rapana.html\">годится для наживки<\/a>, красивая раковина идет на сувениры и в ней обожают селиться раки-отшельники <a href=\"https:\/\/www.youtube.com\/watch?v=5dn38omoxAo\"><i>Clibanarius erythropus<\/i><\/a>. (Источники фото <a href=\"http:\/\/bit.ly\/1V051GS\">знает Гугл<\/a>)<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p>Для краткости в видовом названии род сокращают до первой буквы, если он был упомянут ранее. Так как о раках-отшельниках клебанариях я написал под рисунком, то теперь род раков можно сократить: «На каменистом мелководье я нахожу отшельников <i>C. erythropus<\/i>».<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Сначала пишем полностью — <i>Mytilus galloprovincialis<\/i>, потом кратко — <i>M. galloprovincialis<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Название вида всегда курсивом<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>Название вида позволяет определить род, к которому относится организм.<\/p>\n<p><b>Название высшего таксона<\/b> — униномен, значит состоит из одного слова. Вот так: «Род <i>Rapana<\/i> относится к семейству <i>Muricidae<\/i> класса <i>Gastropoda<\/i>».<\/p>\n<p>Название рода, как и вида, всегда пишут курсивом. Названия высших таксонов — нет, но если напишете, ничего страшного не произойдет.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/uclg.ru\/education\/biologiya\/11_klass\/evolyutsiya\/razvitie_jizni_na_zemle\/lecture_klassifikatsiya_jivyih_obyektov.html\">Специфические окончания<\/a> названий некоторых высших таксонов помогают опознать ранг. Так названия семейств животных оканчиваются на <i>-idae<\/i>.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Alligator-mississippiensis.png\" width=\"800\" height=\"600\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small><a href=\"https:\/\/commons.wikimedia.org\/wiki\/File:Alligator_mississippiensis_01.JPG\">Аллигатор миссисипский<\/a> — один из представителей Alligatoridae. Окончание <i>-idae<\/i> показывает, что перед нами семейство животных<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p><b>Название внутривидового таксона<\/b> — триномен или квадромен (слышал о пентомене, но не видел) — начинается с названия вида, за которым следует один или два внутривидовых эпитета.<\/p>\n<p>Внутривидовое название чаще всего обозначает <i>подвид, вариетет<\/i> или <i>форму<\/i>.<\/p>\n<ul>\n<li>Эпитет подвида пишут следом за видом: <i>Pilorcula trifilaris <b>quadrifilaris<\/b><\/i><\/li>\n<li>Эпитет вариетета отделяют сокращением var.: <i>Vivipata pyramidalis<\/i> <b>var.<\/b> <i><b>erjaveci<\/b><\/i><\/li>\n<li>Эпитет формы отделяют сокращением f.: <i>Mya truncata<\/i> <b>f.<\/b> <i><b>ovata<\/b><\/i><\/li>\n<\/ul>\n<p>Внутривидовые названия признает не каждый исследователь. Систематики стараются переописать внутривидовой таксон — сделать из него вид, в крайнем случае подвид, а отвергнутые внутривидовые названия становятся синонимами.<\/p>\n<p><a name=\"taxon-authority\"><\/a><\/p>\n<h2>Авторы таксона<\/h2>\n<p>Я занимаюсь микроводорослями, поэтому больше знаком с ботаническим кодексом. Он отличается от зоологического в требовании ко включению авторов таксонов в название таксона.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/www.rfbr.ru\/rffi\/ru\/books\/o_18237\">Международный кодекс ботанической номенклатуры<\/a> обязует, чтобы за названием таксона-растения следовали фамилии исследователей — авторов таксона, — которые впервые придумали это название и описали таксон.<\/p>\n<p>Фамилии обычно сокращают. После пишут год открытия или ревизии таксона. В целом получается полноценная ссылка на публикацию.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Mya<\/i> Linnaeus, 1758 — Линней в 1758 году опубликовал описание моллюсков рода Миа в <a href=\"http:\/\/biodiversitylibrary.org\/item\/10277#page\/3\/mode\/1up\">монографическом труде<\/a><\/p>\n<\/blockquote>\n<p><a href=\"http:\/\/www.rfbr.ru\/rffi\/ru\/books\/o_63476\">Международный кодекс зоологической номенклатуры<\/a> утверждает, что фамилия автора не входит в название таксона и приводить ее необязательно.<\/p>\n<p>Получается, что ТБД может содержать авторов таксонов или обходиться без них. По собственному опыту скажу, что с авторами удобнее работать с данными.<\/p>\n<p>ТБД без авторов таксонов, в соответствии со сформулированными выше требованиями, не должна содержать одинаковые названия таксонов, относящиеся к одному царству. Но она разрешает названия-омонимы, о которых я расскажу ниже.<\/p>\n<p>ТБД с авторами таксонов должна понимать разнообразные способы написания фамилии и инициалов одного автора. Иначе в ТБД появится множество идентичных по смыслу записей — множество ключей от одной двери. Так O. F. Müller, O.F. Müller, Müller, O. Müller и OF Muller — один и тот же человек. Для опознания совпадающих фамилий, например, можно использовать автоматически наполняемый словарь или специально обученного инженера.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Научите систему понимать, что O. F. Müller, O.F. Müller, Müller, O. Müller, OF Muller и прочие Мюллеры — один человек<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<h2>Синонимы<\/h2>\n<p>Синонимы — вторичные названия одного таксона. Они соответствуют правилам номенклатуры, но не считаются валидными — действующими названиями.<\/p>\n<p>Синонимы появляются, когда исследователь не знает, что таксону уже дано название, или когда он относит таксон к другому рангу. Синоним может называться также, как и правильный таксон, тогда он отличается от него автором.<\/p>\n<p><i>Chaetoceros socialis<\/i> H. S. Lauder — валидное название вида диатомовых водорослей, которое имеет пять синонимов:<\/p>\n<ul>\n<li><i>Chaetoceros radians<\/i> F. Schutt 1895<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> f. <i>autumnalis<\/i> A. I. Proshkina-Lavrenko 1953<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> f. <i>vernalis<\/i> A. I. Proshkina-Lavrenko 1953<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> f. <i>radians<\/i> (F. Schutt) A. I. Proshkina-Lavrenko 1963<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> var. <i>radians<\/i> (F. Schutt) P. M. Tsarenko 2009<\/li>\n<\/ul>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/chaetoceros-socialis-algaebase.png\" width=\"750\" height=\"563\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small><a href=\"http:\/\/algaebase.org\/search\/species\/detail\/?species_id=L01c50f6879331b8d\"><i>Chaetoceros socialis<\/i> H. S. Lauder<\/a> — Хетоцерос социальный. Вид планктонных диатомовых водорослей, образующих «социум» — спутанную колонию<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p>Синонимичное название связано с принятым названием таксона. Я изображаю такую связь стрелкой, направленной от синонима к валидному названию.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Chaetoceros radians<\/i> F. Schutt &rarr; <i>Chaetoceros socialis<\/i> H. S. Lauder<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Для хранения синонимов я создаю в ТБД  поле, где указываю идентификатор валидного названия или помещаю ноль, если название валидно.<\/p>\n<h2>Омонимы<\/h2>\n<p>Омонимы — это одинаковые названия таксонов, которые относятся к разным видам или таксономическим группам. Например <i>Centropogon australis<\/i> обозначает вид рыбы и растения.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Centropogon-australis.png\" width=\"800\" height=\"298\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small>Симпатичный <a href=\"http:\/\/davesgarden.com\/community\/forums\/fp.php?pid=8837890\">красный цветок<\/a> и <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Centropogon_%28fish%29#\/media\/File:Centropogon_australis.jpg\">рыба<\/a>, похожая на ерша, по латыни называются одинаково — <i>Centropogon australis<\/i><\/small><\/div>\n<\/div>\n<p>По правилам биологической номенклатуры омонимы должны попадать под юрисдикцию разных кодексов биологической номенклатуры, то есть относится к разным царствам. Поэтому омонимы из разных царств допустимы. Так <i>Empusa<\/i> — это разрешенное название рода богомолов (царство животных) и энтомофторовых зигомицетов (царство грибов). Недопустимые омонимы систематики отлавливают и переписывают.<\/p>\n<p>Омонимичные названия отличаются фамилиями авторов: только так их можно опознать при чтении. <i>C. australis<\/i> (White, 1790) — это вид рыбы, а <i>C. australis<\/i> (E. Wimm.) Gleason — вид растения. Кстати, Энциклопедия жизни игнорирует это правило — она <a href=\"http:\/\/eol.org\/pages\/218466\/overview\">не выносит авторов в заголовок<\/a>, но в результатах поиска <a href=\"http:\/\/eol.org\/search?q=Centropogon+australis&show_all=true\">указывает высшие таксоны<\/a>.<\/p>\n<p>Омонимы нарушают идиллию разработчика ТБД. Разработчику важно запомнить, что название таксона само по себе не уникально и не может служить уникальным индексом записей базы данных. Для уникального ключа нужна пара: название таксона, автор. При этом имена авторов должны быть унифицированы, о чем я говорил выше.<\/p>\n<h2>Структура таксономической базы данных<\/h2>\n<p>Для представления в БД таксономического дерева использую <i>вложенные множества<\/i>.<\/p>\n<p><i>Родителя узла-таксона<\/i> храню в отдельном поле. Потому что часто надо определить идентификатор рода, к которому относится заданный вид, а средствами вложенных множества это делать неудобно.<\/p>\n<p><i>Ранг таксона<\/i> тоже в отдельное поле. Это позволяет строить дерево с произвольной иерархией.<\/p>\n<p><i>Синоним<\/i> — поле со ссылкой на идентификатор принятого таксономического названия.<\/p>\n<p>Получается следующая структура:<\/p>\n<ul>\n<li>[Представление вложенных множеств]<\/li>\n<li>Ранг таксона<\/li>\n<li>Название таксона<\/li>\n<li>Автор таксона<\/li>\n<li>Ссылка на валидное название таксона, если синоним<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Нужны ли высшие ранги?<\/h2>\n<p>Нет. Если вы не разрабатываете специальную базу для систематиков, то полная иерархия высших таксономических рангов не понадобится. Вместо них потребуется один-два высших ранга, род и вид.<\/p>\n<p>Пусть я собираю информацию о форме оболочек мироводорослей. Сначала я делю микроводоросли на классы: диатомовые, динофлагелляты, кокколитофориды и прочие. Потом на роды и виды. Внутривидовым таксонам, если встречаются, присваиваю ранг вида — пользователь по названию разберет, что это внутривидовой таксон, а мне удобно хранить данные. Получается трехступенчатая иерархия: <i>класс &rarr; род &rarr; вид<\/i>.<\/p>\n<p>Теперь я дополняю базу формами рыб. Разделяю рыб на уровне сеймества, использую род и вид. Опять получается три ступени: <i>семейство &rarr; род &rarr; вид<\/i>.<\/p>\n<p>Помню, что рыбы — животные, а микроводоросли — растения. Чтобы их отделить, вставляю самый верхний ранг — царство. Поучается четыре иерархических ступени, у которых вторые уровни отличаются.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Царство животных &rarr; семейство &rarr; род &rarr; вид<\/i><br \/>\n<i>Царство растений &rarr; класс &rarr; род &rarr; вид<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Из примеров следует, что две ступени таксономической иерархии — род и вид — используются в любой ТБД. К ним добавляется третья — один из высших таксономических рангов. Если организмы из разных царств, добавляем  четвертую ступень.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Для организмов из одного царства достаточно трех ступеней, из разных — четырех: <i>царство &rarr; какой-то высший ранг &rarr; род &rarr; вид<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>Высший ранг может быть любым подходящим для группы организмов. Вот я решил добавить в упомянутую базу данные о раковинах моллюсков: брюхоногих из класса Gastropoda и двустворчатых из класса Bivalvia. Для них определяю в базе ранг класса, не вижу смысла разделять моллюсков на уровне семейства, поэтому получаю следующую структуру:<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Царство животных &rarr; семейство рыб &rarr; род &rarr; вид<\/i><br \/>\n<i>Царство животных &rarr; класс моллюсков &rarr; род &rarr; вид<\/i><br \/>\n<i>Царство растений &rarr; класс микроводорослей &rarr; род &rarr; вид<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Структура базы позволяет хранить такое фрагментарное дерево.<\/p>\n<h2>Ключевые положения<\/h2>\n<ol start=\"1\">\n<li>Храню авторов таксонов, так как они помогают отличить валидные таксоны, синонимы и омонимы.<\/li>\n<li>Фамилии авторов следует унифицировать.<\/li>\n<li>Синоним — это ссылка на валидное название.<\/li>\n<li>Не обязательно запоминать все высшие таксоны вида.<\/li>\n<\/ol>\n<p>На этом все. В следующий раз опишу логику функций для работы с ТБД.<\/p>\n<h2>Дополнительное чтение<\/h2>\n<p><a href=\"http:\/\/stackoverflow.com\/questions\/4048151\/what-are-the-options-for-storing-hierarchical-data-in-a-relational-database\">Семь подходов для хранения деревьев в БД<\/a>.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/List_of_botanists_by_author_abbreviation\">Аббревиатуры фамилий ботаников<\/a>. Например, <b>L<\/b>. — Карл Линней (1707—1778).<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/Обозначения,_используемые_в_наименованиях_таксонов\">В названиях таксонов используют массу сокращений<\/a>. Например, <b>f. sp.<\/b> (сокр. от лат. <i>forma specialis<\/i>) в ботанике и микологии указывает на форму паразита, адаптированного к специфическому хозяину.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.researchgate.net\/publication\/299532423_Taksonomiceskie_informacionnye_sistemy_Instituta_morskih_biologiceskih_issledovanij\">Наша статья о пользе таксономических баз данных<\/a> на примере севастопольского Института морских биологических исследований РАН.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/herba.msu.ru\/shipunov\/os\/homonyms\/index.php\">Омонимы в царстве растений, животных и бактерий<\/a>.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<hr \/>\n<p>Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.<\/p>\n<iframe src=\"https:\/\/yoomoney.ru\/quickpay\/fundraise\/button?billNumber=wfB4EAHx4LE.231103&\" width=\"330\" height=\"50\" frameborder=\"0\" allowtransparency=\"true\" scrolling=\"no\"><\/iframe>\n<p>​<\/p>\n",
            "date_published": "2016-05-01T21:46:18+03:00",
            "date_modified": "2023-11-03T12:09:33+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/taxonomic-tree-of-frog.png",
            "_date_published_rfc2822": "Sun, 01 May 2016 21:46:18 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "true",
            "_rss_guid": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/sozdaem-taksonomicheskuyu-bazu-dannyh\/",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/taxonomic-tree-of-frog.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Rapana-venosa.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Alligator-mississippiensis.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/chaetoceros-socialis-algaebase.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Centropogon-australis.png"
                ]
            }
        }
    ],
    "_e2_version": 3559,
    "_e2_ua_string": "E2 (v3559; Aegea)"
}