Математик среди биологов: заметки с тегом биологическая иллюстрация

Покажите улучшение градиентом

Антон Лях — Mon, 07 Aug 2023 15:30:08 +0300

Градиент цветов традиционно используют для изображения плавных отличий каких-либо признаков.

Широтный градиент распределения окраски птиц. Cooney et al., 2002, fig. 2

Он хорошо отображает динамику распределения значений. Но с его помощью также можно показать какое-то улучшение. Для этого объекты с начальными (худшими) параметрами отметьте самым тусклым цветом. Далее постепенно повышайте насыщенность цветов. Наилучший результат покажите самым насыщенным цветом.

Для примера на рисунке ниже ↓ изображено, как улучшается форма биологических объектов при использовании все большего и большего числа параметров — гармоник эллиптического преобразования Фурье.

Самый светлый серый цвет раскрашивает примитивные эллиптические формы, восстановленные из одной гармоники (второй ряд), а насыщенный черный (последний ряд) — наилучшие формы, восстановленные из 32 гармоник, которые практически не отличаются от исходных. Градиент серого иллюстрирует поэтапное восстановление исходных форм.

А на следующем рисунке ↓ изображен тот же процесс, но без использования градиента.

Очевидно, что градиент лучше передает динамику процесса.

Подписывайте масштабные отрезки

Антон Лях — Sat, 05 Nov 2022 23:27:27 +0300

Держите строй. Правила поведения на ВДНХ. 2020 год

Изучим обозначения масштаба на рисунках и фотографиях микроводорослей, случайно выбранных из статей 1950-2020-х годов.

Увеличено в × раз

Когда автор четко понимал, какого размера будет иллюстрация после печати, под ней писали, во сколько раз увеличен тот или иной объект.

Knudson, 1952

Для понимания истинного размера, необходимо было измерить объект линейкой и разделить на приведенное число. То есть авторы связывали масштаб объекта с конкретным размером иллюстрации.

У каждого рисунка свое увеличение. Koppen, 1975

В цифровую эпоху, когда размер оцифрованного листа может быть любым, а его реальный размер в миллиметрах не известен, такой прием позволяет только приблизительно оценить истинные размеры изображенных организмов.

Сейчас подобный способ обозначения масштаба — моветон.

Масштаб 10 мкм

По мнению Платона эйдосы существуют вне времени, но приходят в свое время. Поэтому со временем иллюстраторы поняли, что вместо увеличения лучше нарисовать масштабный отрезок известной длины.

Длины отрезков подписаны рядом. Florin, 1957. ПДФ

Однако, по требованиям редакций, из-за технических сложностей или по иным причинам, но длину масштабного отрезка стали писать в легенде.

Много масштабных отрезков, но все имеют одинаковую длину — 10 мкм. Sterrenburg, 1991

Удобство чтения рисунка от этого сильно пострадало.

Geisen et al., 2003. Plate 6.

Потому что для определения масштаба приходится переводить взгляд с фотографии на легенду и там выискивать, какой масштаб соответствует фото с заданным номером, а затем — возвращаться назад.

У каждого рисунок свой отрезок и отдельная подпись в легенде. Benico et al., 2019

Когда масштабных отрезков много, они отличаются длинной и в их расположении нет порядка — поиск в легенде нужной длины превращается в мучение.

Легенда содержит шесть длин масштабных отрезков. Almeida et al., 2016

Здесь пять длин масштабов, но разобраться где-какая — очень сложно. Генкал и Ярушина, 2018

Не делайте так.

Пишите длину около масшабного отрезка

Авторы и редакции журналов, которые заботятся о читателе, подписывают длину рядом с отрезком.

Lai et al., 2019. Fig. 3

Wetzel et al., 2017

Поступайте также.

Выводы

Масштабный отрезок — самое важное обозначение на изображениях микроорганизмов. Только он позволяет понять истинный размер бактерии, водоросли, клетки или простейшего. Поэтому длину масштабного отрезка читатель должен считывать мгновенно, сразу, с листа. Позаботьтесь о читателе — укажите размер рядом с отрезком.

Если вы полагаете, что требования редакции так делать не позволяют, все равно сделайте удобно читателю наперекор требованиям. Редактор тоже человек. Увидев, что такой прием лучше принятого в редакции, скорее всего он его пропустит.

Выровнять шеренги. Правила поведения на ВДНХ. 2020

Буду в Минске 23-28 августа на 17-й Диатомовой школе с лекцией об оформлении биологических иллюстраций

Антон Лях — Wed, 18 Aug 2021 22:55:54 +0300

23 августа буду выступать в Минске на Диатомовой школе. Буду рассказывать о правилах оформления биологических иллюстраций.

Обычно делают как слева, а надо — как справа

Так, на любой биологической иллюстрации, где есть масштабный отрезок, длина отрезка должна быть написана рядом с ним.

Запомнить это простое правило поможет картинка-мотиватор, которую выпустили работники ВДНХ. На ней четко прописана необходимая дистанция.

Правила поведения на ВДНХ во время карантина. Волдподиум

О прочих правилах расскажу на лекции. Презентацию лекции планирую выложить в онлайн. Кому интересно, ставьте лайки или пишите комментарии.

Первая часть серии заметок:
Подписывайте масштабные отрезки