Математик среди биологов: заметки с тегом полезности

Карта названий Севастопольских бухт

Антон Лях — Wed, 03 Apr 2024 16:20:50 +0300

Нашел у себя в запастниках карту с названиями Севастопольских бухт. Рисовал сам. К сожалению карта только в виде растра, вектор потерялся.

Если найду или сделаю вектор, поделюсь.

Справочник по УДК

Антон Лях — Sun, 25 Feb 2024 13:00:17 +0300

Нашел неплохой справочник по УДК

https://perviy-vestnik.ru/udc/

Достоинство — динамический поиск: набрал текст — увидел результат.

Недостаток — УРЛ странички статичен, не меняется при переходе к разделу справочника, и не удобно скакать по разделам.

УРЛ все время такой:

/perviy-vestnik.ru/udc/

Хочется, чтобы было так:

/perviy-vestnik.ru/udc/004.6/ — и ты в разделе о «Данных».
/perviy-vestnik.ru/udc/004.94/ — и ты в разделе о «Компьютерном моделировании».
/perviy-vestnik.ru/udc/57.02/ — и ты в разделе «Биологические и этологические процессы: механизмы, взаимодействие с окружением».

Шпаргалки по пакетам R

Антон Лях — Sun, 10 Sep 2023 18:29:38 +0300

R — это мощный язык программирования и среда анализа данных, широко используемая в области статистики и науки о данных. Благодаря своей гибкости и расширяемости, в R разработаны тысячи пакетов, предоставляющих разнообразные функции и инструменты для работы с данными, статистического анализа, графического представления и др.

Пакеты R позволяют пользователям расширять функциональность языка R, добавлять новые методы анализа данных, реализовывать свои алгоритмы и многое другое. Они часто распространяются через специальный репозиторий CRAN (Comprehensive R Archive Network), что делает установку и использование пакетов простым и удобным процессом.

Чат-джи-пи-ти.

Шпаргалки по пакетам R на гитхабе.

Пример шпаргалки для пакета stringr, который сильно упрощает работу со строками.

Оригинал stingr шпаргалки.

Серия заметок об анализе траекторий движения протист

Антон Лях — Wed, 22 Feb 2023 18:18:28 +0300

Последнее обновление 5 янв. 2024 года.

Планирую выпустить серию заметок про обработку видео с подвижными живыми микрообъектами. Мы хотим понять, как двигаются одноклеточные организмы (протисты) определенного вида при разных условиях, меняется ли что-то в их движении и что именно. Это наша задача.

Задача: определить, что меняется в движении протист при разных условиях

Решение задачи состоит из нескольких шагов: подготовки культуры, съемки видео, обработки видео, выделения траекторий движения, анализа траекторий, общего анализа результатов, интерпретации, выводов.

Оглавление серии

Ниже приведен список шагов, оформленный в виде оглавления, и даны ссылки на готовые заметки с подробным описанием каждого шага. Шаги предварительные, они будут появляться и, иногда, исчезать. О том, как выращивать и поддерживать культуры одноклеточных и как снимать видео через микроскоп рассказывать не буду.

Оглавление, введение, софт. ← Вы здесь
Готовим видео
Улучшаем качество и нарезаем видео на кадры.
Комбинируем кадры в многослойные тифы.
Провал попытки прослеживания перемещения протист.
mov2bin — скрипт для бинаризации видео движения микроорганизмов.
Обрабатываем видео
Выделяем траектории.
Анализируем траектории.

Серию заметок выпускаю прежде всего для себя, чтобы не забыть, что, как и когда делать. Также она будет полезна тем читателям, кто планирует или выполняет похожие эксперименты.

Немного о рутине

Обычно для выполнения рутинной работы берется (один) аспирант или инженер, который своим (еще не растраченным) упорством добивает этот этап до более-менее приемлемого результата. В худшем случае рутиной занимаются сами идеологи или один из них, который, впоследствии, еще и отхватывает пинков за ошибки. (О времена, о нравы!) Я же, по возможности, буду автоматизировать рутинные этапы, заставляя потеть машину.

Необходимый софт

Для автоматизации рутины использую:

~~Пакетный файл Виндоус (батч-файл, bat-файл)~~
Баш (bash) Юникса для исполнения алгоритмов обработки видео и изображений;
FFmpeg для автоматической работы с видео;
ImageMagick для автоматической обработки изображений кадров;
~~Fiji для построения траекторий.~~
Эр для выделения объектов на кадрах и построения траекторий движения объектов.

Заметил, что многие естествоиспытатели просто не умеют нагружать компьютер работой. Одну из заметок посвящу инструментам автоматизации, облегчающим научную жизнь.

Занесите заметку в закладки, чтобы не потерять.

СВГ Клинер — утилита, которая очищает СВГ от мусора

Антон Лях — Sat, 25 Feb 2017 14:35:19 +0300

СВГ Клинер помогает очистить СВГ-файл от мусора и без потерь уменьшить его размер.

Без потерь значит, что утилита не разрушает СВГ. Она сохраняет векторные объекты и:

удаляет данные, которые внедряют в файл векторные редакторы, не нужные для отображения свг-файла;
оптимизирует структуру СВГ;
удаляет невидимые или неиспользуемые элементы.

Проект на Гитхабе. Есть версия с графическим интерфейсом.