{
    "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1",
    "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом протисты",
    "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова",
    "_rss_language": "ru",
    "_itunes_email": "",
    "_itunes_categories_xml": "",
    "_itunes_image": "",
    "_itunes_explicit": "",
    "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/protisty\/",
    "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/protisty\/json\/",
    "icon": false,
    "author": {
        "name": "Антон Лях",
        "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/",
        "avatar": false
    },
    "items": [
        {
            "id": "463",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/seriya-zametok-ob-analize-traektoriy-dvizheniya-protist\/",
            "title": "Серия заметок об анализе траекторий движения протист",
            "content_html": "<p><br\/><\/p>\n<p class=\"foot\">Последнее обновление <i>5 янв. 2024 года<\/i>.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/intro-pict.png\" width=\"800\" height=\"639\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Планирую выпустить серию заметок про обработку видео с подвижными живыми микрообъектами. Мы хотим понять, как двигаются одноклеточные организмы (протисты) определенного вида при разных условиях, меняется ли что-то в их движении и что именно. Это наша задача.<\/p>\n<p><big><i>Задача:<\/i> определить, что меняется в движении протист при разных условиях<\/big><\/p>\n<p>Решение задачи состоит из нескольких шагов: подготовки культуры, съемки видео, обработки видео, выделения траекторий движения, анализа траекторий, общего анализа результатов, интерпретации, выводов.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<h3>Оглавление серии<\/h3>\n<p>Ниже приведен список шагов, оформленный в виде оглавления, и даны ссылки на готовые заметки с подробным описанием каждого шага. Шаги предварительные, они будут появляться и, иногда, исчезать. О том, как выращивать и поддерживать культуры одноклеточных и как снимать видео через микроскоп рассказывать не буду.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<ul>\n<li>Оглавление, введение, софт. <nobr style=\"color: silver\">&larr; Вы здесь<\/nobr><br \/>\n<br\/><\/li>\n<li><b>Готовим видео<\/b><\/li>\n<li><a href=\"\/blog\/all\/uluchshaem-kachestvo-video-dvizheniya-protist-i-narezaem-ego-na\/\/\">Улучшаем качество и нарезаем видео на кадры<\/a>.<\/li>\n<li><a href=\"\/blog\/all\/kombiniruem-kadry-dvizheniya-protist-v-mnogosloynye-tify\/\">Комбинируем кадры в многослойные тифы<\/a>.<\/li>\n<li><a href=\"\/blog\/all\/proval-pervoy-popytki-proslezhivaniya-putey-peremescheniya-proti\/\">Провал попытки прослеживания перемещения протист<\/a>.<\/li>\n<li><a href=\"\/done\/mov2bin\/\">mov2bin — скрипт для бинаризации видео движения микроорганизмов<\/a>.<br \/>\n<br\/><\/li>\n<li><b>Обрабатываем видео<\/b><\/li>\n<li><span style=\"color: gray\">Выделяем траектории.<\/span><br \/>\n<br\/><\/li>\n<li><span style=\"color: gray\">Анализируем траектории.<\/span><br \/>\n<br\/><\/li>\n<\/ul>\n<p>Серию заметок выпускаю прежде всего для себя, чтобы не забыть, что, как и когда делать. Также она будет полезна тем читателям, кто планирует или выполняет похожие эксперименты.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<h3>Немного о рутине<\/h3>\n<p>Обычно для выполнения рутинной работы берется (один) аспирант или инженер, который своим (еще не растраченным) упорством добивает этот этап до более-менее приемлемого результата. В худшем случае рутиной занимаются сами идеологи или один из них, который, впоследствии, еще и отхватывает пинков за ошибки. (О времена, о нравы!) Я же, по возможности, буду автоматизировать рутинные этапы, заставляя потеть машину.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<h3>Необходимый софт<\/h3>\n<p>Для автоматизации рутины использую:<\/p>\n<ul>\n<li><strike><a href=\"https:\/\/ss64.com\/nt\/\">Пакетный файл Виндоус<\/a> (батч-файл, bat-файл)<\/strike><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/habr.com\/ru\/articles\/47163\/\">Баш (bash) Юникса<\/a> для исполнения алгоритмов обработки видео и изображений;<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/ffmpeg.org\/\">FFmpeg<\/a> для автоматической работы с видео;<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/imagemagick.org\">ImageMagick<\/a> для автоматической обработки изображений кадров;<\/li>\n<li><strike><a href=\"https:\/\/imagej.net\/software\/fiji\/\">Fiji<\/a> для построения траекторий.<\/strike><\/li>\n<li><kbd>Эр<\/kbd> для выделения объектов на кадрах и построения траекторий движения объектов.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Заметил, что многие естествоиспытатели просто не умеют нагружать компьютер работой. Одну из заметок посвящу инструментам автоматизации, облегчающим научную жизнь.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<p>Занесите заметку в закладки, чтобы не потерять.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n",
            "date_published": "2023-02-22T18:18:28+03:00",
            "date_modified": "2024-01-06T00:25:09+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/intro-pict.png",
            "_date_published_rfc2822": "Wed, 22 Feb 2023 18:18:28 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "463",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/intro-pict.png"
                ]
            }
        }
    ],
    "_e2_version": 3559,
    "_e2_ua_string": "E2 (v3559; Aegea)"
}