https://antonlyakh.ru/blog/tags/protisty/ Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова Антон Лях ru E2 (v3559; Aegea) Антон Лях Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова 463 https://antonlyakh.ru/blog/all/seriya-zametok-ob-analize-traektoriy-dvizheniya-protist/ Wed, 22 Feb 2023 18:18:28 +0300 Антон Лях https://antonlyakh.ru/blog/all/seriya-zametok-ob-analize-traektoriy-dvizheniya-protist/ <p><br/></p> <p class="foot">Последнее обновление <i>5 янв. 2024 года</i>.</p> <div class="e2-text-picture"> <img src="https://antonlyakh.ru/blog/pictures/intro-pict.png" width="800" height="639" alt="" /> </div> <p>Планирую выпустить серию заметок про обработку видео с подвижными живыми микрообъектами. Мы хотим понять, как двигаются одноклеточные организмы (протисты) определенного вида при разных условиях, меняется ли что-то в их движении и что именно. Это наша задача.</p> <p><big><i>Задача:</i> определить, что меняется в движении протист при разных условиях</big></p> <p>Решение задачи состоит из нескольких шагов: подготовки культуры, съемки видео, обработки видео, выделения траекторий движения, анализа траекторий, общего анализа результатов, интерпретации, выводов.</p> <p><br/></p> <h3>Оглавление серии</h3> <p>Ниже приведен список шагов, оформленный в виде оглавления, и даны ссылки на готовые заметки с подробным описанием каждого шага. Шаги предварительные, они будут появляться и, иногда, исчезать. О том, как выращивать и поддерживать культуры одноклеточных и как снимать видео через микроскоп рассказывать не буду.</p> <p><br/></p> <ul> <li>Оглавление, введение, софт. <nobr style="color: silver">&larr; Вы здесь</nobr><br /> <br/></li> <li><b>Готовим видео</b></li> <li><a href="/blog/all/uluchshaem-kachestvo-video-dvizheniya-protist-i-narezaem-ego-na//">Улучшаем качество и нарезаем видео на кадры</a>.</li> <li><a href="/blog/all/kombiniruem-kadry-dvizheniya-protist-v-mnogosloynye-tify/">Комбинируем кадры в многослойные тифы</a>.</li> <li><a href="/blog/all/proval-pervoy-popytki-proslezhivaniya-putey-peremescheniya-proti/">Провал попытки прослеживания перемещения протист</a>.</li> <li><a href="/done/mov2bin/">mov2bin — скрипт для бинаризации видео движения микроорганизмов</a>.<br /> <br/></li> <li><b>Обрабатываем видео</b></li> <li><span style="color: gray">Выделяем траектории.</span><br /> <br/></li> <li><span style="color: gray">Анализируем траектории.</span><br /> <br/></li> </ul> <p>Серию заметок выпускаю прежде всего для себя, чтобы не забыть, что, как и когда делать. Также она будет полезна тем читателям, кто планирует или выполняет похожие эксперименты.</p> <p><br/></p> <h3>Немного о рутине</h3> <p>Обычно для выполнения рутинной работы берется (один) аспирант или инженер, который своим (еще не растраченным) упорством добивает этот этап до более-менее приемлемого результата. В худшем случае рутиной занимаются сами идеологи или один из них, который, впоследствии, еще и отхватывает пинков за ошибки. (О времена, о нравы!) Я же, по возможности, буду автоматизировать рутинные этапы, заставляя потеть машину.</p> <p><br/></p> <h3>Необходимый софт</h3> <p>Для автоматизации рутины использую:</p> <ul> <li><strike><a href="https://ss64.com/nt/">Пакетный файл Виндоус</a> (батч-файл, bat-файл)</strike></li> <li><a href="https://habr.com/ru/articles/47163/">Баш (bash) Юникса</a> для исполнения алгоритмов обработки видео и изображений;</li> <li><a href="https://ffmpeg.org/">FFmpeg</a> для автоматической работы с видео;</li> <li><a href="https://imagemagick.org">ImageMagick</a> для автоматической обработки изображений кадров;</li> <li><strike><a href="https://imagej.net/software/fiji/">Fiji</a> для построения траекторий.</strike></li> <li><kbd>Эр</kbd> для выделения объектов на кадрах и построения траекторий движения объектов.</li> </ul> <p>Заметил, что многие естествоиспытатели просто не умеют нагружать компьютер работой. Одну из заметок посвящу инструментам автоматизации, облегчающим научную жизнь.</p> <p><br/></p> <p>Занесите заметку в закладки, чтобы не потерять.</p> <p><br/></p>