{ "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1", "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом синоним", "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова", "_rss_language": "ru", "_itunes_email": "", "_itunes_categories_xml": "", "_itunes_image": "", "_itunes_explicit": "", "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/sinonim\/", "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/sinonim\/json\/", "icon": false, "author": { "name": "Антон Лях", "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/", "avatar": false }, "items": [ { "id": "11", "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/sozdaem-taksonomicheskuyu-bazu-dannyh\/", "title": "Создаем таксономическую базу данных", "content_html": "
\n\"\"\n
Таксономические связи между ядовитыми видами тропических лягушек-древолазов (рисунок из статьи Брауна и др., 2011<\/a>)<\/small><\/div>\n<\/div>\n

Заметка-конспект для составителей таксономических баз данных<\/small><\/p>\n

Таксономическая база данных (ТБД) нужна для составления компьютерных списков таксонов, виртуальных коллекций, атласов и определителей. Это костяк любой таксономической информационной системы.<\/p>\n

ТБД хранит названия таксонов<\/i>, которые суть ключи для доступа к биологической, экологической, генетической, географической и морфологической информации об организмах.<\/p>\n

Концепция биологического таксона сегодня нам не понадобится. Важно запомнить, что биологические таксоны относят к семи основным рангам: виду<\/i>, роду<\/i>, семейству<\/i>, отряду<\/i> животных или порядку<\/i> растений, классу<\/i>, типу<\/i> животных или отделу<\/i> растений и царству<\/i>. Вид — это низший ранг, царство — наивысший ранг.<\/p>\n

\n
\n

Вид → Род → Семейство → Отряд или Порядок → Класс → Тип или Отдел → Царство<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n

Ранг вида — основной. Он является началом отсчета, как ноль в математике. Таксоны рангом выше вида — от рода, до царства — называются высшими таксонами<\/i>. Бывают таксоны рангом ниже вида: подвиды, вариететы и формы. Встречаются промежуточные ранги: подпорядки, инфраотряды, надсемейства. Однако исследователи оспаривают их необходимость, поэтому обойдемся без них.<\/p>\n

\n
\n

Вид — начало отсчета; таксоны от рода до царства — высшие таксоны<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n

В дальнейшем я буду различать виды и таксоны рангом выше вида, которые буду называть просто таксонами.<\/p>\n

Ранги иерархически подчинены друг другу: таксоны высших рангов содержат таксоны нижних рангов. Например, род пантер (Panthera<\/i>) относится к семейству кошачьих (Felidae) и содержит четыре вида: Panthera tigris<\/i> (тигр), P. leo<\/i> (лев), P. pardus<\/i> (леопард) и P. onca<\/i> (ягуар). Иерархические связи между таксонами разных рангов удобно визуализировать в виде дерева. Его называют деревом таксонов<\/i>.<\/p>\n

По мнению систематиков, дерево таксонов должно отображать естественные эволюционные связи между организмами: показывать, кто от кого произошел. На практике многие таксономические деревья не являются естественными.<\/p>\n

Я оставлю спор о таксономических деревьях систематикам и кратко сформулирую требования к ТБД, рассмотрю научные названия и авторов таксонов, синонимы и омонимы, коснусь фрагментарности таксономического дерева и закончу описанием первичной структуры ТБД.<\/p>\n

Требования к ТБД<\/h2>\n

Три необходимых требования к таксономической базе данных:<\/p>\n

    \n
  1. Хранит дерево названий таксонов. Дерево может быть фрагментарным — содержит таксоны не всех уровней.<\/li>\n
  2. Название таксона удовлетворяет правилам биологической номенклатуры.<\/li>\n
  3. Каждое название таксона уникально. Если названия совпадают, значит у них разные авторы. Если авторы не указаны, но названия совпадают, значит они омонимы и относятся к разным царствам. Другие случаи запрещены.<\/li>\n<\/ol>\n

    Латинские названия таксонов<\/h2>\n

    Правила номенклатуры регулируют построение латинского названия таксона. Высший таксон — одно слово, вид — два слова, внутривидовой таксон — три или четыре слова. Слова состоят из латинских букв, могут иметь тире. Название таксона всегда пишут с заглавной буквы<\/p>\n

    Так как вид — основная единица эволюции, начну с него.<\/p>\n

    Название вида<\/b> — биномен. Состоит из двух частей: названия рода<\/i> и видового эпитета<\/i>. Например Rapana venosa<\/i> — хищный брюхоногий моллюск: Rapana<\/i> — название рода, venosa<\/i> — видовой эпитет. Видовой эпитет без названия рода не употребляется.<\/p>\n

    \n\"\"\n
    Rapana venosa<\/i> занесен в Черное море в 30-х годах прошлого века и за несколько десятков лет полностью уничтожил устричные банки. Однако он оказался полезным. Правильно приготовленное мясо рапаны<\/a> любят гурманы, оно годится для наживки<\/a>, красивая раковина идет на сувениры и в ней обожают селиться раки-отшельники Clibanarius erythropus<\/i><\/a>. (Источники фото знает Гугл<\/a>)<\/small><\/div>\n<\/div>\n

    Для краткости в видовом названии род сокращают до первой буквы, если он был упомянут ранее. Так как о раках-отшельниках клебанариях я написал под рисунком, то теперь род раков можно сократить: «На каменистом мелководье я нахожу отшельников C. erythropus<\/i>».<\/p>\n

    \n
    \n

    Сначала пишем полностью — Mytilus galloprovincialis<\/i>, потом кратко — M. galloprovincialis<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n

    \n
    \n

    Название вида всегда курсивом<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n

    Название вида позволяет определить род, к которому относится организм.<\/p>\n

    Название высшего таксона<\/b> — униномен, значит состоит из одного слова. Вот так: «Род Rapana<\/i> относится к семейству Muricidae<\/i> класса Gastropoda<\/i>».<\/p>\n

    Название рода, как и вида, всегда пишут курсивом. Названия высших таксонов — нет, но если напишете, ничего страшного не произойдет.<\/p>\n

    Специфические окончания<\/a> названий некоторых высших таксонов помогают опознать ранг. Так названия семейств животных оканчиваются на -idae<\/i>.<\/p>\n

    \n\"\"\n
    Аллигатор миссисипский<\/a> — один из представителей Alligatoridae. Окончание -idae<\/i> показывает, что перед нами семейство животных<\/small><\/div>\n<\/div>\n

    Название внутривидового таксона<\/b> — триномен или квадромен (слышал о пентомене, но не видел) — начинается с названия вида, за которым следует один или два внутривидовых эпитета.<\/p>\n

    Внутривидовое название чаще всего обозначает подвид, вариетет<\/i> или форму<\/i>.<\/p>\n