{
    "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1",
    "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом список таксонов",
    "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова",
    "_rss_language": "ru",
    "_itunes_email": "",
    "_itunes_categories_xml": "",
    "_itunes_image": "",
    "_itunes_explicit": "",
    "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/spisok-taksonov\/",
    "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/spisok-taksonov\/json\/",
    "icon": false,
    "author": {
        "name": "Антон Лях",
        "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/",
        "avatar": false
    },
    "items": [
        {
            "id": "512",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-3-n\/",
            "title": "Список родов диатомовых. 3\/n",
            "content_html": "<p><a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-2-n\/\">В прошлый раз я вытащил данные о 1375 родах диатомовых из Вормса<\/a> и рассказал, что их можно сохранить в таблице Экселя.<\/p>\n<p>Такую таблицу можно использовать в качестве локальной базы таксономических данных для работы на одном устройстве. Но если нам нужен удаленный сетевой доступ с разных компьютеров, данные следует разместить в полноценной базе и разработать веб-интерфейс для работы с ней.<\/p>\n<p>К счастью, у меня есть опыт проектирования структуры БД и создания таксономических информационных систем.<\/p>\n<h2>Таксономическая БД<\/h2>\n<p>Таксономическая база данных (ТБД) нужна для составления компьютерных списков таксонов, виртуальных коллекций, атласов и определителей. Это костяк любой таксономической информационной системы.<\/p>\n<p>ТБД хранит названия таксонов, которые суть ключи для доступа к биологической, экологической, генетической, географической и морфологической информации об организмах.<\/p>\n<p><b>Более подробно о функциях и устройстве ТБД<\/b><br \/>\nможно почитать в заметке<\/p>\n<ul>\n<li>«<a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/sozdaem-taksonomicheskuyu-bazu-dannyh\/\">Создаем таксономическую базу данных<\/a>».<\/li>\n<\/ul>\n<p>и в статье 2018 года:<\/p>\n<ul>\n<li><i>Лях А. М., Лелеков С. Г.<\/i> (2018) <a href=\"https:\/\/sci-info.marine-research.ru\/biblios\/89\">Модульная структура таксономической базы данных<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n<p><b>Примеры использования ТБД можно увидеть<\/b>:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/marineparasites.org\/\">В коллекции паразитов рыб Мирового океана<\/a>, разработанной моей скромной персоной)<\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/arxip\/\">У Архипа<\/a> — библиотеки изображений диатомовых водорослей, который, на данный момент, ушел в неоплачиваемый отпуск.<\/li>\n<\/ul>\n<p>В ближайшее время помещу в ТБД список таксонов диатомовых и создам веб-страничку для доступа к ней.<\/p>\n",
            "date_published": "2025-03-13T20:51:40+03:00",
            "date_modified": "2025-04-01T03:53:59+03:00",
            "_date_published_rfc2822": "Thu, 13 Mar 2025 20:51:40 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "512",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [],
                "og_images": []
            }
        },
        {
            "id": "511",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-2-n\/",
            "title": "Список родов диатомовых. 2\/n",
            "content_html": "<p><a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-1-n\/\">В прошлый раз мы выяснили<\/a>, что список родов диатомовых можно извлечь из <a href=\"marinespecies.org\">Вормса<\/a>, если уметь немного программировать. Рассказываю, что из этого получилось.<\/p>\n<p>После борьбы с сервером Вормса и поиском наиболее оптимального способа получения данных, мне удалось собрать номенклатурную информацию о 1375 родах диатомовых водорослей.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/list-of-diatoms-genera--v01.png\" width=\"502\" height=\"624\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Часть из них невалидна, то есть относится к ошибочным, неверно описанным или синонимичным названиям.<\/p>\n<h2>Номенклатура в JSON<\/h2>\n<p>Информацию о каждом таксоне Вормс возвращает в json-файле. В том числе файл содержит  номенклатурные данные о высших таксонах рода. То есть у каждого рода (и любого другого таксона) указано его положение в таксономическом дереве.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-json-taxon.png\" width=\"502\" height=\"420\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Поэтому json-файл с данными о таксоне является самодостаточным: он не зависит от других файлов и содержит достаточно номенклатурных данных для определения названия, статуса и положения таксона в иерархическом древе. То есть json-файл это отдельная полноценная запись таксономической базы данных.<\/p>\n<p>Остается преобразовать полученные json-файлы в работоспособную базу.<\/p>\n<h2>JSON → Эксель<\/h2>\n<p>Данные о роде мы можем сохранить в виде строки текста, в которой значимые элементы отделены символом-разделителем. В качестве разделителя используем точку с запятой.<\/p>\n<p>В таком виде хранятся данные в csv файлах, которые умеет открывать Эксель. Поэтому, из всех собранных номенклатурных данных, мы можем сформировать многострочный csv-файл, в котором каждая строка будет соответствовать одному роду. Эксель сумеет его открыть и предоставит инструменты для фильтрации и выбора необходимых сведений. Простая номенклатурная база в Экселе будет работать (и смотреться) хорошо.<\/p>\n<p>Но Эксель мы не сможем нормально использовать на сервере. Поэтому для доступа к данным в вебе потребуется настоящая СУБД.<\/p>\n",
            "date_published": "2025-03-12T20:47:26+03:00",
            "date_modified": "2025-03-12T20:55:40+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/list-of-diatoms-genera--v01.png",
            "_date_published_rfc2822": "Wed, 12 Mar 2025 20:47:26 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "511",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/list-of-diatoms-genera--v01.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-json-taxon.png"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "510",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-1-n\/",
            "title": "Список родов диатомовых. 1\/n",
            "content_html": "<p>Для работы мне потребовался список всех известных к настоящему времени родов диатомовых. Вот результаты попыток его получить.<\/p>\n<h2>Статьи<\/h2>\n<p>Рода диатомовых перечислены в некоторых публикациях. Например, в каталоге родов диатомовых 1999 года<\/p>\n<p><i>Fourtanier E. & Kociolek J.P.<\/i> (1999) Catalogue of diatom genera.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-genera-(1999)---title.png\" width=\"602\" height=\"530\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Из которого вырос каталог названий диатомовых 2009 года, тех же авторов.<\/p>\n<p><i>Fourtanier E. & Kociolek J.P.<\/i> (2009) Catalogue of diatom names.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-names-(2009)---title.png\" width=\"602\" height=\"709\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Но мне нужен электронный список — текстовый файл или отформатированная таблица. Извлечь список из пдф статей — сложная задача. Поэтому этот вариант мне не подходит.<\/p>\n<h2>Базы данных<\/h2>\n<p>Очевидно, что в наш век, когда нейросети потихоньку покоряют человечество, найти в интернете базу данных с полным списком родов определенного таксона не составляет никакого труда. И да, такие базы есть.<\/p>\n<p>Почти все названия диатомовых хранят:<\/p>\n<ul>\n<li>Альгабейз (<a href=\"algaebase.org\">algaebase.org<\/a>),<\/li>\n<li>Вормс (<a href=\"marinespecies.org\">marinespecies.org<\/a>),<\/li>\n<li>Диатомбейз (<a href=\"diatombase.org\">diatombase.org<\/a>).<\/li>\n<\/ul>\n<p>При этом Диатомбейз не является независимой базой — она извлекает данные из базы Вормса и копирует его интерфейс. То есть ее можно спокойно вычеркнуть, оставив Альгабейз и Вормс.<\/p>\n<p>Ни одна из оставшихся двух баз, ни Альгабейз, ни Вормс, не позволяет просто взять и получить список таксонов определенного ранга.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-tree.png\" width=\"700\" height=\"762\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Для этого необходимо пробежать по дереву: от верха до нужного ранга, раскрывая по дороге все боковые ветви: над- и под-отделы и отделы, над- и под-классы и классы, надсемейства и семейства. Все без исключения.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-tree.png\" width=\"700\" height=\"762\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>При этом страничка с перечнем родов определенного высшего таксона представляет собой сложноструктурированный текст, из которого тоже не очень-то просто вычленить список родов.<\/p>\n<p>То есть вариант использования баз, в котором нужно ручками пролистать ветви таксономического дерева и повыковыривать названия родов тоже мне не подходит.<\/p>\n<h2>АПИ<\/h2>\n<p>Альгабейз не предоставляет никакой иной официальной возможности доступа к базе, кроме как через интерфейс веб-страницы. Майкл Гури зорко охраняет собранные таксономические данные.<\/p>\n<p>К счастью Вормс — это открытая система. Он предоставляет <a href=\"https:\/\/www.marinespecies.org\/rest\/\">АПИ для извлечения данных<\/a>.<\/p>\n<p>Но именно тот запрос, который должен вернуть названия всех таксонов заданного ранга, относящихся к конкретному родителю, в данный момент работает неправильно.<\/p>\n<pre class=\"e2-text-code\"><code class=\"\">\/AphiaRecordsByTaxonRankID\/{ID} \r\nGet the AphiaRecords for a given taxonRankID (max 50)<\/code><\/pre><p>Сейчас он возвращает только первые 50 названий (родов). Остальные остаются недоступными.<\/p>\n",
            "date_published": "2025-03-11T22:58:52+03:00",
            "date_modified": "2025-03-11T23:16:34+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-genera-(1999)---title.png",
            "_date_published_rfc2822": "Tue, 11 Mar 2025 22:58:52 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "510",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [
                    "system\/library\/highlight\/highlight.js",
                    "system\/library\/highlight\/highlight.css",
                    "system\/library\/highlight\/highlight.js",
                    "system\/library\/highlight\/highlight.css"
                ],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-genera-(1999)---title.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Catalogue-of-diatom-names-(2009)---title.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-tree.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-tree.png"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "430",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/vysshie-taksony-diatomovyh-vodorosley\/",
            "title": "Высшие таксоны диатомовых водорослей",
            "content_html": "<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/lebed-rak-i-shuka.jpg\" width=\"1000\" height=\"718\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\">Художник Арбеков Владимир Георгиевич<\/div>\n<\/div>\n<p>Во время наполнения таксономической базы данных научными названиями диатомовых водорослей у меня возникли вопросы:<\/p>\n<ul>\n<li>к каким высшим таксонам отнести диатомовых?<\/li>\n<li>сколько высших таксонов достаточно использовать?<\/li>\n<\/ul>\n<p>Исследование показало, что в этом вопросе у товарищей-диатомологов согласия нет.<\/p>\n<h2>Варианты высшей классификации диатомовых<\/h2>\n<p>Википедия — как самый быстродоступный синтезатор знаний — на этот счет имеет минимум <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Taxonomy_of_diatoms\">три мнения<\/a>. Рассмотрим их.<\/p>\n<h3>[Round, Crawford, Mann, 1990]<\/h3>\n<p>Апостолы диатомологии — троица Роунд, Крауфорд и Манн — выделяют отдел диатомовых, а в нем три класса с подклассами.<\/p>\n<ul>\n<li>Phylum Bacillariophyta\n<ul>\n  <li>Class Coscinodiscophyceae <i>— все центрические<\/i><\/li>\n  <li>Class Bacillariophyceae <i>— пеннатные со швом<\/i><\/li>\n  <li>Class Fragilariophyceae <i>— пеннатные без шва<\/i><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>Здесь хорошо, что диатомовые — это отдельный таксон стандартного ранга (отдел), в котором выделено три таксона такого же стандартного ранга (класса). А вот вложенные подклассы — это плохо.<\/p>\n<h3>[Ruggiero et al., 2015]<\/h3>\n<p>Ригуеро с коллегами, ни много, ни мало, предложили классификацию высших таксонов всех живых организмов. При этом они поместили диатомовых с некоторыми другими классами организмов в отдел Охрофитовых, из-за оранжево-коричневатой (охровой) окраски живых представителей. Для диатомовых авторы выделили класс, в который поместили подклассы с традиционными названиями.<\/p>\n<ul>\n<li>Phylum Ochrophyta\n<ul>\n  <li>Class Bacillariophyceae\n<ul>\n    <li>Subclass Bacillariophycidae<\/li>\n    <li>Subclass Coscinodiscophycidae<\/li>\n    <li>Subclass Fragilariophycidae<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>Фактически авторы сдвинули классификацию Раунда и коллег на уровень вниз.<\/p>\n<p>Такой же системы <a href=\"http:\/\/marinespecies.org\/aphia.php?p=taxdetails&id=148899\">придерживается ВОРМС<\/a>.<\/p>\n<h3>[Medlin, Kaczmarska, 2004]<\/h3>\n<p>Поcледователи генетических методов — Медлин и Кашмарская — считают, что диатомовые отдельный отдел. В нем есть два подотдела и три класса. Причем шовные и бешовные диатомовые слиты в единый класс пеннатных, тогда как центрические разделены на классы <i>радиальных центрических<\/i> и <i>полярных центрических<\/i>.<\/p>\n<ul>\n<li>Phylum Bacillariophyta\n<ul>\n  <li>Subphylum Coscinodiscophytina\n<ul>\n    <li>Class Coscinodiscophyceae <i>— радиальные центрические<\/i><\/li>\n  <\/ul>\n<\/li>\n  <li>Subphylum Bacillariophytina\n<ul>\n    <li>Class Mediophyceae <i>— полярные центрические<\/i><\/li>\n    <li>Class Bacillariophyceae <i>— все пеннатные<\/i><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>Деление на таксоны выполнено при помощи алгоритмических манипуляций над последовательностями нуклеотидов, что у меня сразу вызывает скепсис. Также не нравится объединение всех пеннатных в один класс. А вот выделение двух морфогрупп у центрических — с полюсами и без оных — нравится.<\/p>\n<p>Этой системы <a href=\"https:\/\/www.algaebase.org\/browse\/taxonomy\/?id=139141\">придерживается Альгабейз<\/a>.<\/p>\n<h3>Прочая филогеносситематика<\/h3>\n<p>Прочие филогенетические нововведения см. в <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Taxonomy_of_diatoms#Adl_et_al..2C_2019\">Википедии<\/a>.<\/p>\n<h2>Какую систему выбрать<\/h2>\n<p>Майкл Гуйри — один из авторов Альгабейза — очень разумно заметил, что:<\/p>\n<blockquote>\n<p>The use of a particular phylum or superphylum name for diatoms (or to include diatoms) <i>is a taxonomic decision.<\/i> All that I have endeavoured to do here is to clarify the valid use of the automatically typified phylum name Bacillariophyta for authors who wish to use such a phylum name exclusively for diatoms and to point out the validity or otherwise of other phyla names that are said to include the diatoms.<br \/>\n[Guiry, 2017]<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Другими словами, куда вы поместите диатомовых — в отдел или подотдел — это ваше дело.<\/p>\n<p>По сути <i>высшие таксоны — это искусственные категории,<\/i> созданные только для нашего удобства. Они помогают классифицировать объекты живой природы. Или не помогают, если система высших таксонов выбрана неудачно.<\/p>\n<blockquote>\n<p><big>Высшие таксоны — это искусственные категории<\/big><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Отсюда, система высших таксонов диатомовых водорослей:<\/p>\n<ul>\n<li>должна помогать упорядочивать одноклеточных по морфологическим признакам,<\/li>\n<li>должна состоять из таксонов нормального ранга, безо всяких промежуточных <i>под<\/i> и <i>над<\/i>.<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Альтернативная система высших таксонов диатомовых водорослей<\/h2>\n<p>Если обобщить упомянутые выше классификации, то по морфологии диатомовые микроводоросли удобно делить на:<\/p>\n<ul>\n<li>центрические однополюсные<\/li>\n<li>центрические многополюсные<\/li>\n<li>пеннатные бесшовные<\/li>\n<li>пеннатные моношовные<\/li>\n<li>пеннатные двушовные.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Также их удобно считать отдельным отделом, а следующие таксоны — классами.<\/p>\n<h3><span style=\"background-color:#ff9; font-wieght:bold; padding:2px 8px; margin-left:-8px; border-radius: 2px\">Новый класс Achnanthophyceae<\/span><\/h3>\n<p>Единственная проблема в том, что для моношовных диатомовых нет специального класса, их относят к отряду Achnanthales. Но для моих целей подойдет искусственный класс — класс Achnanthophyceae.<\/p>\n<p>Название класса Achnanthophyceae образовано из названия рода <i>Achnanthes<\/i> при помощи <a href=\"https:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/Класс_(биология)\">добавления окончания <i>-phyceae<\/i><\/a>. Очевидно, это не валидный таксон, но мне главное удобство.<\/p>\n<blockquote>\n<p><big>Род <i>Achnanthes<\/i> + <i>-phyceae<\/i> &rarr; класс Achnanthophyceae<\/big><\/p>\n<\/blockquote>\n<h2>Что использовать в таксономической БД<\/h2>\n<p>В таксономической базе данных собираюсь использовать следующие высшие таксоны диатомовых.<\/p>\n<div style=\"background-color:#ff9; margin-left:-16px; padding: 16px 16px 8px 16px; border-radius: 2px\"><div class=\"e2-text-table\">\n<table cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\" border=\"0\">\n<tr>\n<td style=\"text-align: left\"><b>Phylum Bacillariophyta<\/b><\/td>\n<td style=\"text-align: center\"><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left\">Class <i>Coscinodiscophyceae<\/i><\/td>\n<td style=\"text-align: left\"><i>центрические однополюсные<\/i><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left\">Class <i>Mediophyceae<\/i><\/td>\n<td style=\"text-align: left\"><i>центрические многополюсные<\/i><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left\">Class <i>Bacillariophyceae<\/i><\/td>\n<td style=\"text-align: left\"><i>пеннатные двушовные<\/i><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left\">Class <i>Achnanthophyceae<\/i><\/td>\n<td style=\"text-align: left\"><i>пеннатные одношовные<\/i><\/td>\n<\/tr>\n<tr>\n<td style=\"text-align: left\">Class <i>Fragilariophyceae<\/i><\/td>\n<td style=\"text-align: left\"><i>пеннатные без шва<\/i><\/td>\n<\/tr>\n<\/table>\n<\/div>\n<\/div><h2>Литература<\/h2>\n<ul>\n<li>Gury M. D. (2017) <a href=\"https:\/\/notulaealgarum.org\/documents\/Notulae%20Algarum%20No%2037.pdf\">The phylum name Bacillariophyta and other names of phyla used to include the diatoms<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n<ul>\n<li>Medlin L. K., Kaczmarska I. (2004) <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.2216\/i0031-8884-43-3-245.1\">Evolution of the diatoms: V. Morphological and cytological support for the major clades and a taxonomic revision<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n<ul>\n<li>Round F. E., Crawford R. M., Mann D. G. (1990) <i>The Diatoms. Biology and Morphology of the Genera.<\/i> Cambridge University Press, Cambridge. 747 pp.<\/li>\n<\/ul>\n<ul>\n<li>Ruggiero et al. (2015) <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1371\/journal.pone.0119248\">Higher Level Classification of All Living Organisms<\/a>.<\/li>\n<\/ul>\n",
            "date_published": "2021-05-30T09:09:09+03:00",
            "date_modified": "2021-06-03T16:04:10+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/lebed-rak-i-shuka.jpg",
            "_date_published_rfc2822": "Sun, 30 May 2021 09:09:09 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "430",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/lebed-rak-i-shuka.jpg"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "417",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/stepen-doveriya-k-spisku-taksonov\/",
            "title": "Степень доверия к списку таксонов",
            "content_html": "<p><a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/o-raznice-mezhdu-sistematikom-i-taksonomistom\/\">Настоящие таксономисты<\/a> любят публиковать  <s>длинные<\/s> списки видов, обнаруженных в каком-нибудь интересном месте. Отечественные исследователи часто называют их <i>чеклистами.<\/i> Звучит загадочно и, как и любой англицизм, придает весомость научной работе. (По мнению среднестатистического обывателя.)<\/p>\n<p>Списки видов обычно публикуют, когда проведена большая работа, исследован обширный материал, систематизирована масса литературных источников, а в результате — сказать особо не о чем, за редким исключением.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/bryantseva_2020_dinofito.png\" width=\"800\" height=\"344\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><i>Брянцева Ю. В.<\/i> 2020. Динофлагеляти Кримського півострова та його морського прибережжя<\/div>\n<\/div>\n<p>Несомненно, списки видов полезны. Но к ним, все-таки, следует относиться с определенной долей скепсиса.<\/p>\n<h2>Степень доверия к таксономическому списку<\/h2>\n<p>Степень доверия определяется тем, насколько находка конкретного вида подтверждена типовым материалом. Чтобы не утруждать любимого читателя занудной классификацией типовых экземпляров, упрощю определение:<\/p>\n<blockquote>\n<p><big><i>Простая мера доверия к таксономическому списку<\/i> зависит от наличия изображений видов, упомянутых в списке.<\/big><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Простая мера доверия выражается числом от единицы до трех:<\/p>\n<ul>\n<li>1 — изображений нет,<\/li>\n<li>2 — есть изображения среднего качества,<\/li>\n<li>3 — есть изображения отличного качества.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Значение меры может быть вещественным. Чем ниже мера, тем меньше доверия и больше скепсиса.<\/p>\n<p>Поясню на примере чеклистов диатомовых.<\/p>\n<h2>Степень доверия к списку видов диатомовых водорослей<\/h2>\n<p>Любой профессиональный диатомолог скажет, что:<\/p>\n<blockquote>\n<p>Для корректного опознания вида диатомовой водоросли необходимо изображение панциря, полученное с разных ракурсов с помощью сканирующего электронного микроскопа (СЭМ), а также изображения живой микроводоросли с протопластом.<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Отсюда:<\/p>\n<blockquote>\n<p>3 → <i>Максимальное доверие<\/i> у списка диатомовых, в котором каждый вид сопровождают фотографии, полученные с помощью СЭМ, и фотографии живых организмов.<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p>2 → <i>Среднее доверие<\/i> у списка, в котором каждый вид проиллюстрирован фотографиями, выполненные под световым микроскопом (СМ).<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p>1 → <i>Минимальное доверие<\/i> у списка, в котором только перечислены виды.<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p>2...3 → Есть СЭМ и СМ фотографии. Чем больше СЭМ, и больше фото живых клеток, тем ближе к трем.<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p>1...2 → Есть СМ фото и есть виды без фото. Чем больше видов без фото, тем ближе к единице.<\/p>\n<\/blockquote>\n<h2>Примеры<\/h2>\n<h3>Доверие единица<\/h3>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/ryabushko-2011.png\" width=\"373\" height=\"400\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><i>Рябушко Л. И., Бондаренко А. В.<\/i> 2011. Микроводоросли планктона и бентоса Азовского моря (чек-лист, синонимика, комментарий)<\/div>\n<\/div>\n<p>Доверие низкое. Потому что авторы не приводят фотографий, дают много ссылок на чужие работы, в которых также практически нет фотографий, и сами исследуют микроводоросли только в световой микроскоп, что ставит под сомнение находки некоторых видов. Не делайте так.<\/p>\n<h3>Доверие между единицей и двойкой<\/h3>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Bukhtiyarova-1999-Diatoms-of-Ukraine.png\" width=\"726\" height=\"690\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><i>Bukhtiyarova L. N.<\/i> 1999. Diatoms of Ukraine inland waters<\/div>\n<\/div>\n<p>Нет фотографий, но даны ссылки на фото в других источниках и приведены места находок, что подтверждает объективность исследований. Кроме того, Людмила Николаевна — авторитетный диатомолог. Поэтому доверие к списку есть. Но если решите делать список, все-таки следуйте следующим примерам.<\/p>\n<h3>Доверие двоечка<\/h3>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Sterken-et-al-2015.png\" width=\"600\" height=\"998\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><a href=\"http:\/\/dx.doi.org\/10.5091\/plecevo.2015.1103\"><i>Sterken et al.<\/i> 2015<\/a><\/div>\n<\/div>\n<p>Световые фотографии посредственного качества. Из-за этого сами авторы часто сомневаются в корректности определения видов. Это плохой пример для подражания. Хорошие примеры ниже ↓<\/p>\n<h3>Доверие между двумя и тремя<\/h3>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Stidolph-plate-52-text.png\" width=\"800\" height=\"600\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\">Stuart R. Stidolph diatom atlas. Plate 52<\/div>\n<\/div>\n<p>Все виды сопровождаются световыми фотографиями очищенных панцирей диатомовых. Хотя, в некоторых случаях, оптического разрешения недостаточно для уверенного определения видов, работа выполнена качественно.<\/p>\n<h3>Доверие между двумя и тремя<\/h3>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Taylor-et-al-2007.png\" width=\"800\" height=\"570\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><i>Taylor et al.<\/i> 2007. An illustrated guide to some common diatom species from South Africa<\/div>\n<\/div>\n<p>Все виды сопровождаются световыми фотографиями, почти для всех даны прижизненные фото с протопластом, у многих есть электронные фотографии деталей панциря. Доверия высокое. Отличный пример для подражания.<\/p>\n<h3>Доверие троечка<\/h3>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Saburova-2019.png\" width=\"980\" height=\"758\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><i>Al-Yamani F. Y., Saburova M. A.<\/i> (2019) Marine phytoplankton of Kuwait’s waters. Vol. 2. Diatoms<\/div>\n<\/div>\n<p>Превосходный список с превосходными иллюстрациями. Виды сопровождают фото живых клеток, СМ фото очищеных панцирей и СЭМ фотографии. Такие списки — редкость. Это превосходный пример для подражания.<\/p>\n<p>Если вы делайте также — напишите мне.<\/p>\n<p style=\"text-align:center; margin: 3em 0\">* * *<\/p>\n<p>В мере доверия можно учесть разные показатели. Например, авторитет исследователя. (Кстати, как его измерить?) Сейчас:<\/p>\n<blockquote>\n<p><big>Простая мера доверия списку таксонов не учитывает вашу субъективную оценку работы исследователя.<\/big><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Приведенная мера доверия отражает наличие или отсутствие изображений опубликованных видов. Она не учитывает ваши знания о профессионализме исследователя.<\/p>\n<p>Так, если оценивать качество работы, то моя оценка списку диатомовых Украины Л. Н. Бухтияровой (1999) — 10 из 10, ибо я знаю с какой тщательностью Людмила Николаевна готовит материал. А оценка, к примеру, списка Стеркена и ко. (2015) — 2 из 10, хоть там и есть световые фотографии створок диатомовых.<\/p>\n<p><br\/><br\/><\/p>\n<p>Придумайте свою меру доверия списку таксонов или усложните предложенную простую. Поделитесь находкой в комментариях.<\/p>\n<p><br\/><br\/><\/p>\n<p>Доверяй, но проверяй.<\/p>\n",
            "date_published": "2021-01-27T14:19:41+03:00",
            "date_modified": "2024-01-28T21:43:58+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/bryantseva_2020_dinofito.png",
            "_date_published_rfc2822": "Wed, 27 Jan 2021 14:19:41 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "417",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/bryantseva_2020_dinofito.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/ryabushko-2011.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Bukhtiyarova-1999-Diatoms-of-Ukraine.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Sterken-et-al-2015.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Stidolph-plate-52-text.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Taylor-et-al-2007.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Saburova-2019.png"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "195",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/ispolzuem-cvet-dlya-oboznacheniya-nazvaniy-taksonov\/",
            "title": "Используем цвет для обозначения названий таксонов",
            "content_html": "<p><small>Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе<\/small><\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png\" width=\"906\" height=\"700\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>В <a href=\"http:\/\/marineparasites.org\/taxa\/\">электронной коллекции морских паразитов<\/a> я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:<\/p>\n<ul>\n<li><i>Названия родов и видов начертаны курсивов,<\/i> а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют <a href=\"http:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/nauchnye-nazvaniya-organizmov-pishem-kursivom-i-s-bolshoy-bukvy\/\">правила оформления таксономических имен<\/a>.<\/li>\n<li><span style=\"color: #1c31b1\">Валидные (действующие) названия таксонов<\/span> покрашены в синий цвет, а <span style=\"color: #777\">синонимы<\/span> — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.<\/li>\n<li>За синонимом &rarr; идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.<\/li>\n<li><span style=\"background-color: #e4f5d7; padding: 1px 2px; margin-left: -2px;\">Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию,<\/span> помечены фоновым цветом.<\/li>\n<li>Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).<\/li>\n<\/ul>\n<p>На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.<\/p>\n<p>***<\/p>\n<p>Намедни открыл <a href=\"http:\/\/algaebase.org\/search\/genus\/detail\/?genus_id=N9704650865b438c9&-session=abv4:3E4C0C64032da276A5xk288EA760\">страницу Альгабейз<\/a>, а там — <s>невалидные таксоны выкрашены серым<\/s> валидные таксоны выкрашены в синий.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-list-of-thalassiosira-species.png\" width=\"906\" height=\"700\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в <s>синий<\/s> серый, и валидные названия не отличались от синонимов.<\/p>\n<p>Ждем продолжения от <a href=\"http:\/\/www.marinespecies.org\/aphia.php?p=taxlist\">ВОРМСа<\/a> и <a href=\"http:\/\/eol.org\/\">Энциклопедии жизни<\/a>.<\/p>\n",
            "date_published": "2018-01-30T20:05:19+03:00",
            "date_modified": "2023-08-07T14:42:35+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png",
            "_date_published_rfc2822": "Tue, 30 Jan 2018 20:05:19 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "true",
            "_rss_guid": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/ispolzuem-cvet-dlya-oboznacheniya-nazvaniy-taksonov\/",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-list-of-thalassiosira-species.png"
                ]
            }
        }
    ],
    "_e2_version": 3559,
    "_e2_ua_string": "E2 (v3559; Aegea)"
}