{
    "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1",
    "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом таксономическое дерево",
    "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова",
    "_rss_language": "ru",
    "_itunes_email": "",
    "_itunes_categories_xml": "",
    "_itunes_image": "",
    "_itunes_explicit": "",
    "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/taksonomicheskoe-derevo\/",
    "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/taksonomicheskoe-derevo\/json\/",
    "icon": false,
    "author": {
        "name": "Антон Лях",
        "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/",
        "avatar": false
    },
    "items": [
        {
            "id": "514",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/neustoychivost-filogneticheskogo-dereva\/",
            "title": "Неустойчивость филогнетического дерева",
            "content_html": "<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/fbstraktnoe-filogeneticheskoe-drevo.png\" width=\"800\" height=\"800\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p class=\"loud\">Филогенетическое дерево, построенное по молекулярно-генетическим данным, неустойчиво.<\/p>\n<p>Потому, что:<\/p>\n<ul>\n<li>если к имеющемуся множеству последовательностей добавить пару десятков новых и перестроить дерево, то это его изменит;<\/li>\n<li>если мы поменяем способ объединения (группировки) данных, то это тоже изменит дерево;<\/li>\n<li>если мы возьмем молекулярные данные другого сорта, то и это изменит дерево.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Следовательно, структура филогенетического дерева непостоянна.<\/p>\n<hr \/>\n<p>Об этом же <a href=\"https:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/Филогенетическое_дерево#Ограничения_использования_филогенетических_деревьев\">пишет википедия<\/a>:<\/p>\n<blockquote>\n<p>[...] дерево, построенное на основе ограниченных данных (например, последовательности единственного гена или белка), требует скептического отношения к себе, потому что дерево, построенное на основе другого независимого источника данных, нередко будет отличаться от первого.<\/p>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<p>[...] реконструкция филогенетического дерева представляет собой оценку филогении особенностей (например, эволюционной истории какого-либо отдельного гена), а не филогении организмов, из которых были отобраны эти особенности, хотя в идеале обе филогении должны быть близки друг к другу.<\/p>\n<\/blockquote>\n",
            "date_published": "2025-03-16T23:59:20+03:00",
            "date_modified": "2025-03-16T23:59:11+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/fbstraktnoe-filogeneticheskoe-drevo.png",
            "_date_published_rfc2822": "Sun, 16 Mar 2025 23:59:20 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "514",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/fbstraktnoe-filogeneticheskoe-drevo.png"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "279",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/taxonomicheskie-ocenki-erunda\/",
            "title": "Связь между количеством таксонов разных рангов и характеристиками среды  — ерунда",
            "content_html": "<p>Процедура выделения таксонов субъективна.<\/p>\n<p>Морфологическое описание вида в большей степени основано на мнении и авторитете исследователей и тщательности сбора морфологических данных, чем на объективных критериях. Генетическое выделение видов вообще происходит автоматически при помощи методов кластеризации нуклеотидных цепочек. Из-за этого виды часто переходят из рода в род, роды — из семейства в семейство и так далее. Перестановки затрагивают даже царства, <a href=\"https:\/\/www.researchgate.net\/post\/How_many_biological_kingdoms_are_there_Five_or_Six\">число которых до сих пор не ясно<\/a>.<\/p>\n<p>Конечно, есть виды, которые четко отделяются друг от друга. Но также существует масса видов, например среди микроскопических организмов, которые отличаются, буквально, наличием какой-нибудь поры, зубчиком иной формы или другим изгибом кончика шва. Сказать, что такие отличия значимы, можно только после исследования полного жизненного цикла организмов и фиксации всех изменений, которые с ними происходят. Таких исследований крайне мало.<\/p>\n<p>Поэтому оценки, использующие количество таксонов разных рангов, всего лишь отражают структуру части таксономического дерева в конкретный момент времени. Не более того. Следовательно выводы о связи каких-либо характеристик организмов или среды со структурой таксономического дерева основаны на изменчивых (ненадежных) данных.<\/p>\n<blockquote>\n<p><big>Таксоны описывают субъективно, а число таксонов используют для объективных выводов<\/big><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>По этой причине работы, в которых авторы только на основе иерархических свойств обнаруженных видов (их положения в таксономическом дереве и распределения по таксонам) делают вывод об антропогенном воздействии на регион, у меня вызывают недоумение.<\/p>\n",
            "date_published": "2019-03-24T12:37:49+03:00",
            "date_modified": "2019-03-24T12:37:39+03:00",
            "_date_published_rfc2822": "Sun, 24 Mar 2019 12:37:49 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "279",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [],
                "og_images": []
            }
        },
        {
            "id": "195",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/ispolzuem-cvet-dlya-oboznacheniya-nazvaniy-taksonov\/",
            "title": "Используем цвет для обозначения названий таксонов",
            "content_html": "<p><small>Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе<\/small><\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png\" width=\"906\" height=\"700\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>В <a href=\"http:\/\/marineparasites.org\/taxa\/\">электронной коллекции морских паразитов<\/a> я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:<\/p>\n<ul>\n<li><i>Названия родов и видов начертаны курсивов,<\/i> а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют <a href=\"http:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/nauchnye-nazvaniya-organizmov-pishem-kursivom-i-s-bolshoy-bukvy\/\">правила оформления таксономических имен<\/a>.<\/li>\n<li><span style=\"color: #1c31b1\">Валидные (действующие) названия таксонов<\/span> покрашены в синий цвет, а <span style=\"color: #777\">синонимы<\/span> — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.<\/li>\n<li>За синонимом &rarr; идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.<\/li>\n<li><span style=\"background-color: #e4f5d7; padding: 1px 2px; margin-left: -2px;\">Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию,<\/span> помечены фоновым цветом.<\/li>\n<li>Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).<\/li>\n<\/ul>\n<p>На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.<\/p>\n<p>***<\/p>\n<p>Намедни открыл <a href=\"http:\/\/algaebase.org\/search\/genus\/detail\/?genus_id=N9704650865b438c9&-session=abv4:3E4C0C64032da276A5xk288EA760\">страницу Альгабейз<\/a>, а там — <s>невалидные таксоны выкрашены серым<\/s> валидные таксоны выкрашены в синий.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-list-of-thalassiosira-species.png\" width=\"906\" height=\"700\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в <s>синий<\/s> серый, и валидные названия не отличались от синонимов.<\/p>\n<p>Ждем продолжения от <a href=\"http:\/\/www.marinespecies.org\/aphia.php?p=taxlist\">ВОРМСа<\/a> и <a href=\"http:\/\/eol.org\/\">Энциклопедии жизни<\/a>.<\/p>\n",
            "date_published": "2018-01-30T20:05:19+03:00",
            "date_modified": "2023-08-07T14:42:35+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png",
            "_date_published_rfc2822": "Tue, 30 Jan 2018 20:05:19 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "true",
            "_rss_guid": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/ispolzuem-cvet-dlya-oboznacheniya-nazvaniy-taksonov\/",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/colored-taxonomic-names.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/algaebase-list-of-thalassiosira-species.png"
                ]
            }
        },
        {
            "id": "11",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/sozdaem-taksonomicheskuyu-bazu-dannyh\/",
            "title": "Создаем таксономическую базу данных",
            "content_html": "<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/taxonomic-tree-of-frog.png\" width=\"700\" height=\"681\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small>Таксономические связи между ядовитыми видами тропических лягушек-древолазов (рисунок из <a href=\"http:\/\/www.mapress.com\/zootaxa\/list\/2011\/3083.html\">статьи Брауна и др., 2011<\/a>)<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p><small>Заметка-конспект для составителей таксономических баз данных<\/small><\/p>\n<p>Таксономическая база данных (ТБД) нужна для составления компьютерных списков таксонов, виртуальных коллекций, атласов и определителей. Это костяк любой таксономической информационной системы.<\/p>\n<p>ТБД хранит <i>названия таксонов<\/i>, которые суть ключи для доступа к биологической, экологической, генетической, географической и морфологической информации об организмах.<\/p>\n<p>Концепция биологического таксона сегодня нам не понадобится. Важно запомнить, что биологические таксоны относят к семи основным рангам: <i>виду<\/i>, <i>роду<\/i>, <i>семейству<\/i>, <i>отряду<\/i> животных или <i>порядку<\/i> растений, <i>классу<\/i>, <i>типу<\/i> животных или <i>отделу<\/i> растений и <i>царству<\/i>. Вид — это низший ранг, царство — наивысший ранг.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Вид &rarr; Род &rarr; Семейство &rarr; Отряд или Порядок &rarr; Класс &rarr; Тип или Отдел &rarr; Царство<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>Ранг вида — основной. Он является началом отсчета, как ноль в математике. Таксоны рангом выше вида — от рода, до царства — называются <i>высшими таксонами<\/i>. Бывают таксоны рангом ниже вида: подвиды, вариететы и формы. Встречаются промежуточные ранги: подпорядки, инфраотряды, надсемейства. Однако исследователи оспаривают их необходимость, поэтому обойдемся без них.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Вид — начало отсчета; таксоны от рода до царства — высшие таксоны<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>В дальнейшем я буду различать виды и таксоны рангом выше вида, которые буду называть просто таксонами.<\/p>\n<p>Ранги иерархически подчинены друг другу: таксоны высших рангов содержат таксоны нижних рангов. Например, род пантер (<i>Panthera<\/i>) относится к семейству кошачьих (Felidae) и содержит четыре вида: <i>Panthera tigris<\/i> (тигр), <i>P. leo<\/i> (лев), <i>P. pardus<\/i> (леопард) и <i>P. onca<\/i> (ягуар). Иерархические связи между таксонами разных рангов удобно визуализировать в виде дерева. Его называют <i>деревом таксонов<\/i>.<\/p>\n<p>По мнению систематиков, дерево таксонов должно отображать естественные эволюционные связи между организмами: показывать, кто от кого произошел. На практике многие таксономические деревья не являются естественными.<\/p>\n<p>Я оставлю спор о таксономических деревьях систематикам и кратко сформулирую требования к ТБД, рассмотрю научные названия и авторов таксонов, синонимы и омонимы, коснусь фрагментарности таксономического дерева и закончу описанием первичной структуры ТБД.<\/p>\n<h2>Требования к ТБД<\/h2>\n<p>Три необходимых требования к таксономической базе данных:<\/p>\n<ol start=\"1\">\n<li>Хранит дерево названий таксонов. Дерево может быть фрагментарным — содержит таксоны не всех уровней.<\/li>\n<li>Название таксона удовлетворяет правилам биологической номенклатуры.<\/li>\n<li>Каждое название таксона уникально. Если названия совпадают, значит у них разные авторы. Если авторы не указаны, но названия совпадают, значит они омонимы и относятся к разным царствам. Другие случаи запрещены.<\/li>\n<\/ol>\n<h2>Латинские названия таксонов<\/h2>\n<p>Правила номенклатуры регулируют построение латинского названия таксона. Высший таксон — одно слово, вид — два слова, внутривидовой таксон — три или четыре слова. Слова состоят из латинских букв, могут иметь тире. Название таксона всегда пишут с заглавной буквы<\/p>\n<p>Так как вид — основная единица эволюции, начну с него.<\/p>\n<p><b>Название вида<\/b> — биномен. Состоит из двух частей: <i>названия рода<\/i> и <i>видового эпитета<\/i>. Например <i>Rapana venosa<\/i> — хищный брюхоногий моллюск: <i>Rapana<\/i> — название рода, <i>venosa<\/i> — видовой эпитет. Видовой эпитет без названия рода не употребляется.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Rapana-venosa.png\" width=\"800\" height=\"560\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small><i>Rapana venosa<\/i> занесен в Черное море в 30-х годах прошлого века и за несколько десятков лет полностью уничтожил устричные банки. Однако он оказался полезным. <a href=\"http:\/\/base.ukrpatent.org\/searchINV\/search.php?action=viewdetails&IdClaim=157637&chapter=abstractRU&sid=e614d305f751417769aae22003467cd7\">Правильно приготовленное мясо рапаны<\/a> любят гурманы, оно <a href=\"http:\/\/delvaneo.ru\/fishing\/carassius\/effektivnye-nasadki-dlya-lovli-morskikh-karasej\/molyusk-rapana.html\">годится для наживки<\/a>, красивая раковина идет на сувениры и в ней обожают селиться раки-отшельники <a href=\"https:\/\/www.youtube.com\/watch?v=5dn38omoxAo\"><i>Clibanarius erythropus<\/i><\/a>. (Источники фото <a href=\"http:\/\/bit.ly\/1V051GS\">знает Гугл<\/a>)<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p>Для краткости в видовом названии род сокращают до первой буквы, если он был упомянут ранее. Так как о раках-отшельниках клебанариях я написал под рисунком, то теперь род раков можно сократить: «На каменистом мелководье я нахожу отшельников <i>C. erythropus<\/i>».<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Сначала пишем полностью — <i>Mytilus galloprovincialis<\/i>, потом кратко — <i>M. galloprovincialis<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Название вида всегда курсивом<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>Название вида позволяет определить род, к которому относится организм.<\/p>\n<p><b>Название высшего таксона<\/b> — униномен, значит состоит из одного слова. Вот так: «Род <i>Rapana<\/i> относится к семейству <i>Muricidae<\/i> класса <i>Gastropoda<\/i>».<\/p>\n<p>Название рода, как и вида, всегда пишут курсивом. Названия высших таксонов — нет, но если напишете, ничего страшного не произойдет.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/uclg.ru\/education\/biologiya\/11_klass\/evolyutsiya\/razvitie_jizni_na_zemle\/lecture_klassifikatsiya_jivyih_obyektov.html\">Специфические окончания<\/a> названий некоторых высших таксонов помогают опознать ранг. Так названия семейств животных оканчиваются на <i>-idae<\/i>.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Alligator-mississippiensis.png\" width=\"800\" height=\"600\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small><a href=\"https:\/\/commons.wikimedia.org\/wiki\/File:Alligator_mississippiensis_01.JPG\">Аллигатор миссисипский<\/a> — один из представителей Alligatoridae. Окончание <i>-idae<\/i> показывает, что перед нами семейство животных<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p><b>Название внутривидового таксона<\/b> — триномен или квадромен (слышал о пентомене, но не видел) — начинается с названия вида, за которым следует один или два внутривидовых эпитета.<\/p>\n<p>Внутривидовое название чаще всего обозначает <i>подвид, вариетет<\/i> или <i>форму<\/i>.<\/p>\n<ul>\n<li>Эпитет подвида пишут следом за видом: <i>Pilorcula trifilaris <b>quadrifilaris<\/b><\/i><\/li>\n<li>Эпитет вариетета отделяют сокращением var.: <i>Vivipata pyramidalis<\/i> <b>var.<\/b> <i><b>erjaveci<\/b><\/i><\/li>\n<li>Эпитет формы отделяют сокращением f.: <i>Mya truncata<\/i> <b>f.<\/b> <i><b>ovata<\/b><\/i><\/li>\n<\/ul>\n<p>Внутривидовые названия признает не каждый исследователь. Систематики стараются переописать внутривидовой таксон — сделать из него вид, в крайнем случае подвид, а отвергнутые внутривидовые названия становятся синонимами.<\/p>\n<p><a name=\"taxon-authority\"><\/a><\/p>\n<h2>Авторы таксона<\/h2>\n<p>Я занимаюсь микроводорослями, поэтому больше знаком с ботаническим кодексом. Он отличается от зоологического в требовании ко включению авторов таксонов в название таксона.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/www.rfbr.ru\/rffi\/ru\/books\/o_18237\">Международный кодекс ботанической номенклатуры<\/a> обязует, чтобы за названием таксона-растения следовали фамилии исследователей — авторов таксона, — которые впервые придумали это название и описали таксон.<\/p>\n<p>Фамилии обычно сокращают. После пишут год открытия или ревизии таксона. В целом получается полноценная ссылка на публикацию.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Mya<\/i> Linnaeus, 1758 — Линней в 1758 году опубликовал описание моллюсков рода Миа в <a href=\"http:\/\/biodiversitylibrary.org\/item\/10277#page\/3\/mode\/1up\">монографическом труде<\/a><\/p>\n<\/blockquote>\n<p><a href=\"http:\/\/www.rfbr.ru\/rffi\/ru\/books\/o_63476\">Международный кодекс зоологической номенклатуры<\/a> утверждает, что фамилия автора не входит в название таксона и приводить ее необязательно.<\/p>\n<p>Получается, что ТБД может содержать авторов таксонов или обходиться без них. По собственному опыту скажу, что с авторами удобнее работать с данными.<\/p>\n<p>ТБД без авторов таксонов, в соответствии со сформулированными выше требованиями, не должна содержать одинаковые названия таксонов, относящиеся к одному царству. Но она разрешает названия-омонимы, о которых я расскажу ниже.<\/p>\n<p>ТБД с авторами таксонов должна понимать разнообразные способы написания фамилии и инициалов одного автора. Иначе в ТБД появится множество идентичных по смыслу записей — множество ключей от одной двери. Так O. F. Müller, O.F. Müller, Müller, O. Müller и OF Muller — один и тот же человек. Для опознания совпадающих фамилий, например, можно использовать автоматически наполняемый словарь или специально обученного инженера.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Научите систему понимать, что O. F. Müller, O.F. Müller, Müller, O. Müller, OF Muller и прочие Мюллеры — один человек<\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<h2>Синонимы<\/h2>\n<p>Синонимы — вторичные названия одного таксона. Они соответствуют правилам номенклатуры, но не считаются валидными — действующими названиями.<\/p>\n<p>Синонимы появляются, когда исследователь не знает, что таксону уже дано название, или когда он относит таксон к другому рангу. Синоним может называться также, как и правильный таксон, тогда он отличается от него автором.<\/p>\n<p><i>Chaetoceros socialis<\/i> H. S. Lauder — валидное название вида диатомовых водорослей, которое имеет пять синонимов:<\/p>\n<ul>\n<li><i>Chaetoceros radians<\/i> F. Schutt 1895<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> f. <i>autumnalis<\/i> A. I. Proshkina-Lavrenko 1953<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> f. <i>vernalis<\/i> A. I. Proshkina-Lavrenko 1953<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> f. <i>radians<\/i> (F. Schutt) A. I. Proshkina-Lavrenko 1963<\/li>\n<li><i>Chaetoceros socialis<\/i> var. <i>radians<\/i> (F. Schutt) P. M. Tsarenko 2009<\/li>\n<\/ul>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/chaetoceros-socialis-algaebase.png\" width=\"750\" height=\"563\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small><a href=\"http:\/\/algaebase.org\/search\/species\/detail\/?species_id=L01c50f6879331b8d\"><i>Chaetoceros socialis<\/i> H. S. Lauder<\/a> — Хетоцерос социальный. Вид планктонных диатомовых водорослей, образующих «социум» — спутанную колонию<\/small><\/div>\n<\/div>\n<p>Синонимичное название связано с принятым названием таксона. Я изображаю такую связь стрелкой, направленной от синонима к валидному названию.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Chaetoceros radians<\/i> F. Schutt &rarr; <i>Chaetoceros socialis<\/i> H. S. Lauder<\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Для хранения синонимов я создаю в ТБД  поле, где указываю идентификатор валидного названия или помещаю ноль, если название валидно.<\/p>\n<h2>Омонимы<\/h2>\n<p>Омонимы — это одинаковые названия таксонов, которые относятся к разным видам или таксономическим группам. Например <i>Centropogon australis<\/i> обозначает вид рыбы и растения.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Centropogon-australis.png\" width=\"800\" height=\"298\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\"><small>Симпатичный <a href=\"http:\/\/davesgarden.com\/community\/forums\/fp.php?pid=8837890\">красный цветок<\/a> и <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Centropogon_%28fish%29#\/media\/File:Centropogon_australis.jpg\">рыба<\/a>, похожая на ерша, по латыни называются одинаково — <i>Centropogon australis<\/i><\/small><\/div>\n<\/div>\n<p>По правилам биологической номенклатуры омонимы должны попадать под юрисдикцию разных кодексов биологической номенклатуры, то есть относится к разным царствам. Поэтому омонимы из разных царств допустимы. Так <i>Empusa<\/i> — это разрешенное название рода богомолов (царство животных) и энтомофторовых зигомицетов (царство грибов). Недопустимые омонимы систематики отлавливают и переписывают.<\/p>\n<p>Омонимичные названия отличаются фамилиями авторов: только так их можно опознать при чтении. <i>C. australis<\/i> (White, 1790) — это вид рыбы, а <i>C. australis<\/i> (E. Wimm.) Gleason — вид растения. Кстати, Энциклопедия жизни игнорирует это правило — она <a href=\"http:\/\/eol.org\/pages\/218466\/overview\">не выносит авторов в заголовок<\/a>, но в результатах поиска <a href=\"http:\/\/eol.org\/search?q=Centropogon+australis&show_all=true\">указывает высшие таксоны<\/a>.<\/p>\n<p>Омонимы нарушают идиллию разработчика ТБД. Разработчику важно запомнить, что название таксона само по себе не уникально и не может служить уникальным индексом записей базы данных. Для уникального ключа нужна пара: название таксона, автор. При этом имена авторов должны быть унифицированы, о чем я говорил выше.<\/p>\n<h2>Структура таксономической базы данных<\/h2>\n<p>Для представления в БД таксономического дерева использую <i>вложенные множества<\/i>.<\/p>\n<p><i>Родителя узла-таксона<\/i> храню в отдельном поле. Потому что часто надо определить идентификатор рода, к которому относится заданный вид, а средствами вложенных множества это делать неудобно.<\/p>\n<p><i>Ранг таксона<\/i> тоже в отдельное поле. Это позволяет строить дерево с произвольной иерархией.<\/p>\n<p><i>Синоним<\/i> — поле со ссылкой на идентификатор принятого таксономического названия.<\/p>\n<p>Получается следующая структура:<\/p>\n<ul>\n<li>[Представление вложенных множеств]<\/li>\n<li>Ранг таксона<\/li>\n<li>Название таксона<\/li>\n<li>Автор таксона<\/li>\n<li>Ссылка на валидное название таксона, если синоним<\/li>\n<\/ul>\n<h2>Нужны ли высшие ранги?<\/h2>\n<p>Нет. Если вы не разрабатываете специальную базу для систематиков, то полная иерархия высших таксономических рангов не понадобится. Вместо них потребуется один-два высших ранга, род и вид.<\/p>\n<p>Пусть я собираю информацию о форме оболочек мироводорослей. Сначала я делю микроводоросли на классы: диатомовые, динофлагелляты, кокколитофориды и прочие. Потом на роды и виды. Внутривидовым таксонам, если встречаются, присваиваю ранг вида — пользователь по названию разберет, что это внутривидовой таксон, а мне удобно хранить данные. Получается трехступенчатая иерархия: <i>класс &rarr; род &rarr; вид<\/i>.<\/p>\n<p>Теперь я дополняю базу формами рыб. Разделяю рыб на уровне сеймества, использую род и вид. Опять получается три ступени: <i>семейство &rarr; род &rarr; вид<\/i>.<\/p>\n<p>Помню, что рыбы — животные, а микроводоросли — растения. Чтобы их отделить, вставляю самый верхний ранг — царство. Поучается четыре иерархических ступени, у которых вторые уровни отличаются.<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Царство животных &rarr; семейство &rarr; род &rarr; вид<\/i><br \/>\n<i>Царство растений &rarr; класс &rarr; род &rarr; вид<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Из примеров следует, что две ступени таксономической иерархии — род и вид — используются в любой ТБД. К ним добавляется третья — один из высших таксономических рангов. Если организмы из разных царств, добавляем  четвертую ступень.<\/p>\n<blockquote>\n<blockquote>\n<p>Для организмов из одного царства достаточно трех ступеней, из разных — четырех: <i>царство &rarr; какой-то высший ранг &rarr; род &rarr; вид<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<\/blockquote>\n<p>Высший ранг может быть любым подходящим для группы организмов. Вот я решил добавить в упомянутую базу данные о раковинах моллюсков: брюхоногих из класса Gastropoda и двустворчатых из класса Bivalvia. Для них определяю в базе ранг класса, не вижу смысла разделять моллюсков на уровне семейства, поэтому получаю следующую структуру:<\/p>\n<blockquote>\n<p><i>Царство животных &rarr; семейство рыб &rarr; род &rarr; вид<\/i><br \/>\n<i>Царство животных &rarr; класс моллюсков &rarr; род &rarr; вид<\/i><br \/>\n<i>Царство растений &rarr; класс микроводорослей &rarr; род &rarr; вид<\/i><\/p>\n<\/blockquote>\n<p>Структура базы позволяет хранить такое фрагментарное дерево.<\/p>\n<h2>Ключевые положения<\/h2>\n<ol start=\"1\">\n<li>Храню авторов таксонов, так как они помогают отличить валидные таксоны, синонимы и омонимы.<\/li>\n<li>Фамилии авторов следует унифицировать.<\/li>\n<li>Синоним — это ссылка на валидное название.<\/li>\n<li>Не обязательно запоминать все высшие таксоны вида.<\/li>\n<\/ol>\n<p>На этом все. В следующий раз опишу логику функций для работы с ТБД.<\/p>\n<h2>Дополнительное чтение<\/h2>\n<p><a href=\"http:\/\/stackoverflow.com\/questions\/4048151\/what-are-the-options-for-storing-hierarchical-data-in-a-relational-database\">Семь подходов для хранения деревьев в БД<\/a>.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/List_of_botanists_by_author_abbreviation\">Аббревиатуры фамилий ботаников<\/a>. Например, <b>L<\/b>. — Карл Линней (1707—1778).<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/ru.wikipedia.org\/wiki\/Обозначения,_используемые_в_наименованиях_таксонов\">В названиях таксонов используют массу сокращений<\/a>. Например, <b>f. sp.<\/b> (сокр. от лат. <i>forma specialis<\/i>) в ботанике и микологии указывает на форму паразита, адаптированного к специфическому хозяину.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.researchgate.net\/publication\/299532423_Taksonomiceskie_informacionnye_sistemy_Instituta_morskih_biologiceskih_issledovanij\">Наша статья о пользе таксономических баз данных<\/a> на примере севастопольского Института морских биологических исследований РАН.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/herba.msu.ru\/shipunov\/os\/homonyms\/index.php\">Омонимы в царстве растений, животных и бактерий<\/a>.<\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<hr \/>\n<p>Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.<\/p>\n<iframe src=\"https:\/\/yoomoney.ru\/quickpay\/fundraise\/button?billNumber=wfB4EAHx4LE.231103&\" width=\"330\" height=\"50\" frameborder=\"0\" allowtransparency=\"true\" scrolling=\"no\"><\/iframe>\n<p>​<\/p>\n",
            "date_published": "2016-05-01T21:46:18+03:00",
            "date_modified": "2023-11-03T12:09:33+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/taxonomic-tree-of-frog.png",
            "_date_published_rfc2822": "Sun, 01 May 2016 21:46:18 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "true",
            "_rss_guid": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/sozdaem-taksonomicheskuyu-bazu-dannyh\/",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": true,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/taxonomic-tree-of-frog.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Rapana-venosa.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Alligator-mississippiensis.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/chaetoceros-socialis-algaebase.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/Centropogon-australis.png"
                ]
            }
        }
    ],
    "_e2_version": 3559,
    "_e2_ua_string": "E2 (v3559; Aegea)"
}