{
    "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1",
    "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом trackmate",
    "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова",
    "_rss_language": "ru",
    "_itunes_email": "",
    "_itunes_categories_xml": "",
    "_itunes_image": "",
    "_itunes_explicit": "",
    "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/trackmate\/",
    "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/trackmate\/json\/",
    "icon": false,
    "author": {
        "name": "Антон Лях",
        "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/",
        "avatar": false
    },
    "items": [
        {
            "id": "466",
            "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/proval-pervoy-popytki-proslezhivaniya-putey-peremescheniya-proti\/",
            "title": "Провал первой попытки прослеживания путей перемещения протист",
            "content_html": "<p><i>Профессор Плейшнер шел по улице. Проходя мимо явочной квартиры, он мельком взглянул на окно. Занавеска была отодвинута. На подоконнике стояло семнадцать утюгов и один цветок. «Явка провалена», — понял Плейшнер.<\/i><\/p>\n<p><br\/><\/p>\n<p>Это третья, аналитическая заметка из <a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/seriya-zametok-ob-analize-traektoriy-dvizheniya-protist\/\">серии об анализе траектории движения протист<\/a>.<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/uluchshaem-kachestvo-video-dvizheniya-protist-i-narezaem-ego-na\/\">В первой заметке<\/a> объяснил, как с помощью ffmpeg осветлить видео снятое на фотоаппарат,  соединенный с микроскопом.<\/p>\n<p>Здесь рассказываю, что полученное видео не подошло для прослеживания траекторий, нужно дальше работать над его качеством и, хоть немного, разобраться в методах анализа изображений и прослеживания траекторий.<\/p>\n<p>Напомню, что видео необходимо для построения траекторий движения микроорганизмов.<\/p>\n<p><br\/><br \/>\n<br\/><\/p>\n<p>Для решения задачи использую Трекмейт (<a href=\"https:\/\/imagej.net\/plugins\/trackmate\/\">TrackMate<\/a>).<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/trackmate-logo.png\" width=\"402\" height=\"236\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Трекмейт — это плагин к Фи-джи (Fiji), который предназначен для прослеживания, визуализации, редактирования и анализа траекторий движения объектов, снятых на видео. Интерфейс Трекмейта состоит из последовательности диалоговых окон, в которых необходимо выбрать алгоритмы обработки видеоизображений и указать параметры этих алгоритмов.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/trackmate-ui-s.png\" width=\"1026\" height=\"553\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p><br\/><\/p>\n<p><big>Мои попытки научить Трекмейт проследить траектории микроорганизмов провалились.<\/big><\/p>\n<p><br\/><br \/>\n<br\/><\/p>\n<p>Так вышло потому, что Трекмейт неверно выделил объекты предустановленными методами, то есть неверно выполнил <i>сегментацию изображений.<\/i><\/p>\n<p>Пробовал <i>пороговую сегментацию<\/i> (tresholding detector) и <i>методы сегментации по инвариантным точкам<\/i> (invariant feature detectors): LoG (Laplassian of Gaussian, Лапласиан Гаусиана :), DoG (differences of Gaussians, разница Гаусианов), Hessian (детектор Гессе).<\/p>\n<p>Пороговая сегментация нашла всего один объект, а алгоритмы сегментации по инвариантным точкам приняли за объект каждое пятнышко.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/hessian-detect-every-spot.png\" width=\"819\" height=\"566\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\">Детектор Гессе приметил каждое пятнышко<\/div>\n<\/div>\n<p>Другие доступные методы сегментации не попробовал.<\/p>\n<p><br\/><br \/>\n<br\/><\/p>\n<p>Далее взял результаты сегментации изображения детектором Гессе и, путем интуитивно-случайного подбора параметров (не записал их значения), оставил выделенными только нужные организмы и несколько мусорных пятен.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/hessian-detector-optimized.png\" width=\"1000\" height=\"476\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Однако их траектории проследить не удалось.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/found-tracks.png\" width=\"1000\" height=\"476\" alt=\"\" \/>\n<\/div>\n<p>Трекинг построил слишком короткие пути и не все относятся к протистам.<\/p>\n<div class=\"e2-text-picture\">\n<img src=\"https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/too-many-tracks.png\" width=\"1000\" height=\"476\" alt=\"\" \/>\n<div class=\"e2-text-caption\">Много коротких, частично некорректных треков — это провал<\/div>\n<\/div>\n<p><br\/><br \/>\n<br\/><\/p>\n<p><b>Cделал следующие выводы:<\/b><\/p>\n<ol start=\"1\">\n<li>Необходимо хотя бы в общих чертах понимать, как работают алгоритмы сегментации и трекинга, как на них влияют параметры и когда их стоит применять, а когда нет.<\/li>\n<li>Качество видеоизображений следует еще более улучшить: повысить контраст между подвижными организмами и статичным фоном, фон сгладить или вообще удалить.<\/li>\n<li>Желательно автоматически создать маску, на которой организмы будут отмечены цветом, а фон будет белым.<\/li>\n<li>Следует попробовать иные способы сегментации или другие программы выделения треков.<\/li>\n<\/ol>\n<p>Об этом расскажу в другой раз.<\/p>\n<p><br\/><br \/>\n<br\/><\/p>\n<p>Всем прочитавшим — Лаплассиана Гауссинана :)<\/p>\n",
            "date_published": "2023-03-10T20:50:45+03:00",
            "date_modified": "2023-03-10T20:50:38+03:00",
            "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/trackmate-logo.png",
            "_date_published_rfc2822": "Fri, 10 Mar 2023 20:50:45 +0300",
            "_rss_guid_is_permalink": "false",
            "_rss_guid": "466",
            "_e2_data": {
                "is_favourite": false,
                "links_required": [],
                "og_images": [
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/trackmate-logo.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/trackmate-ui-s.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/hessian-detect-every-spot.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/hessian-detector-optimized.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/found-tracks.png",
                    "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/too-many-tracks.png"
                ]
            }
        }
    ],
    "_e2_version": 3559,
    "_e2_ua_string": "E2 (v3559; Aegea)"
}