{ "version": "https:\/\/jsonfeed.org\/version\/1", "title": "Математик среди биологов: заметки с тегом вормс", "_rss_description": "Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова", "_rss_language": "ru", "_itunes_email": "", "_itunes_categories_xml": "", "_itunes_image": "", "_itunes_explicit": "", "home_page_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/vorms\/", "feed_url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/tags\/vorms\/json\/", "icon": false, "author": { "name": "Антон Лях", "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/", "avatar": false }, "items": [ { "id": "511", "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-2-n\/", "title": "Список родов диатомовых. 2\/n", "content_html": "

В прошлый раз мы выяснили<\/a>, что список родов диатомовых можно извлечь из Вормса<\/a>, если уметь немного программировать. Рассказываю, что из этого получилось.<\/p>\n

После борьбы с сервером Вормса и поиском наиболее оптимального способа получения данных, мне удалось собрать номенклатурную информацию о 1375 родах диатомовых водорослей.<\/p>\n

\n\"\"\n<\/div>\n

Часть из них невалидна, то есть относится к ошибочным, неверно описанным или синонимичным названиям.<\/p>\n

Номенклатура в JSON<\/h2>\n

Информацию о каждом таксоне Вормс возвращает в json-файле. В том числе файл содержит номенклатурные данные о высших таксонах рода. То есть у каждого рода (и любого другого таксона) указано его положение в таксономическом дереве.<\/p>\n

\n\"\"\n<\/div>\n

Поэтому json-файл с данными о таксоне является самодостаточным: он не зависит от других файлов и содержит достаточно номенклатурных данных для определения названия, статуса и положения таксона в иерархическом древе. То есть json-файл это отдельная полноценная запись таксономической базы данных.<\/p>\n

Остается преобразовать полученные json-файлы в работоспособную базу.<\/p>\n

JSON → Эксель<\/h2>\n

Данные о роде мы можем сохранить в виде строки текста, в которой значимые элементы отделены символом-разделителем. В качестве разделителя используем точку с запятой.<\/p>\n

В таком виде хранятся данные в csv файлах, которые умеет открывать Эксель. Поэтому, из всех собранных номенклатурных данных, мы можем сформировать многострочный csv-файл, в котором каждая строка будет соответствовать одному роду. Эксель сумеет его открыть и предоставит инструменты для фильтрации и выбора необходимых сведений. Простая номенклатурная база в Экселе будет работать (и смотреться) хорошо.<\/p>\n

Но Эксель мы не сможем нормально использовать на сервере. Поэтому для доступа к данным в вебе потребуется настоящая СУБД.<\/p>\n", "date_published": "2025-03-12T20:47:26+03:00", "date_modified": "2025-03-12T20:55:40+03:00", "image": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/list-of-diatoms-genera--v01.png", "_date_published_rfc2822": "Wed, 12 Mar 2025 20:47:26 +0300", "_rss_guid_is_permalink": "false", "_rss_guid": "511", "_e2_data": { "is_favourite": false, "links_required": [], "og_images": [ "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/list-of-diatoms-genera--v01.png", "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/pictures\/worms-json-taxon.png" ] } }, { "id": "510", "url": "https:\/\/antonlyakh.ru\/blog\/all\/spisok-rodov-diatomovyh-1-n\/", "title": "Список родов диатомовых. 1\/n", "content_html": "

Для работы мне потребовался список всех известных к настоящему времени родов диатомовых. Вот результаты попыток его получить.<\/p>\n

Статьи<\/h2>\n

Рода диатомовых перечислены в некоторых публикациях. Например, в каталоге родов диатомовых 1999 года<\/p>\n

Fourtanier E. & Kociolek J.P.<\/i> (1999) Catalogue of diatom genera.<\/p>\n

\n\"\"\n<\/div>\n

Из которого вырос каталог названий диатомовых 2009 года, тех же авторов.<\/p>\n

Fourtanier E. & Kociolek J.P.<\/i> (2009) Catalogue of diatom names.<\/p>\n

\n\"\"\n<\/div>\n

Но мне нужен электронный список — текстовый файл или отформатированная таблица. Извлечь список из пдф статей — сложная задача. Поэтому этот вариант мне не подходит.<\/p>\n

Базы данных<\/h2>\n

Очевидно, что в наш век, когда нейросети потихоньку покоряют человечество, найти в интернете базу данных с полным списком родов определенного таксона не составляет никакого труда. И да, такие базы есть.<\/p>\n

Почти все названия диатомовых хранят:<\/p>\n