Филогенетическое дерево, построенное по молекулярно-генетическим данным, неустойчиво.

Потому, что:

• если к имеющемуся множеству последовательностей добавить пару десятков новых и перестроить дерево, то это его изменит;
• если мы поменяем способ объединения (группировки) данных, то это тоже изменит дерево;
• если мы возьмем молекулярные данные другого сорта, то и это изменит дерево.

Следовательно, структура филогенетического дерева непостоянна.

---

Об этом же пишет википедия:

[...] дерево, построенное на основе ограниченных данных (например, последовательности единственного гена или белка), требует скептического отношения к себе, потому что дерево, построенное на основе другого независимого источника данных, нередко будет отличаться от первого.

[...] реконструкция филогенетического дерева представляет собой оценку филогении особенностей (например, эволюционной истории какого-либо отдельного гена), а не филогении организмов, из которых были отобраны эти особенности, хотя в идеале обе филогении должны быть близки друг к другу.