Продолжаю рассуждать об алгоритме идентификации огромного числа видов диатомовых

Я медленно распаковываю присланный архив и передо мною открывается пятьсот фотографий диатомовых водорослей. Боже, они все такие разные, и я не знаю, какие виды на них изображены. А через два месяца мне нужно написать отчет и упомянуть большую часть из этих видов. Но как к ним подступиться, с чего начать? Ведь диатомовых очень много, а я знаю так мало. Караул!

В аннотации к статье Tyree et al. (2020) Reduction of taxonomic bias in diatom species data приведена следующая рекомендация:

«postcount identification and documentation of taxa (as opposed to an approach in which analysts assign names while they enumerate)».

Полностью она звучит так:
Precount voucher floras. [...] Each analyst was instructed to provide the project leader with a digital image of a representative specimen for all taxa that made up 5% or more of an individual count. [...] Multiple images were collected to document the size and morphological range of each taxon, which were then assigned aunique mOTU code. The images were assembled into image catalogs, or precount voucher floras, and made available to analysts. Analysts then had the opportunity to comment and reformulate mOTUs and their member images before the formal analysis began. Once analysis of microslides started, newly encountered taxa were photographed, assigned a code, added to the flora, and made available to project analysts for use throughout the analysis period.

Это натолкнуло меня на мысль о порядке определения видов диатомовых. Он подходит только для определения видов по фотографиям.

(1) Сначала объединяем фотографии особей в группы по схожести видимых признаков, невзирая на таксономическую принадленость изображенных организмов.

Фактически, на первом этапе мы выделяем морфотаксоны.

(2) После, пересматриваем организмы группы. Если какой-то организм из группы чем-то значимо отличается от остальных организмов этой группы, переносим его в другой морфотаксон.

На втором шаге присваиваем имена морфотаксонам.

(3) В финале, определяем видовую принадлежность организмов группы и называем виды, либо оставляем название морфотаксона, если вид определить не удалось.

Такой же алгоритм упомянут на сайте diatoms.org:

Steps to Eliminate Taxonomic Bias

1. A priori, images are collected and organized into morphological OTUs.
2. Each OTU is assigned a provisional name (GOM01, GOM02, etc.)
3. Taxonomists add images to the voucher flora, when new taxa are encountered during analysis.
4. Identification of species is delayed, until the final step of analysis.
5. The voucher publicly available and serves as a permanent record of the study.
6. Permanent slides are deposited in a public herbarium to support the voucher.

Tyree et al. (2020) дает рекомендации по именованию морфотаксонов:

Formal scientific names. [...] analysts [...] enumerated taxa based on the mOTU codes from the shared voucher floras. When analyses were completed, mOTU codes were reconciled, and formal scientific names were assigned during collaborative workshops. During the workshops, project analysts [...] assigned scientific names to mOTUs. For each scientific name assigned, analysts recorded their initials and the taxonomic concept reference used when identifying the taxon. Any mOTU that did not correspond with a validly published species was referenced by its project-specific code (e. g. “Achnanthidium sp. 1 SESQA”). Such names were entered into [...] Taxonomic Database [...] as a bench name, with the voucher flora serving as the image representation of the name.

Изображения диатомовых сгруппированные по морфотаксонам. Bishop et al., 2017

Последовательность шагов для определения диатомовых выглядит так:

• Делим изображения на морфотаксоны
• Корректируем состав морфотаксонов
• Идентифицируем виды, относящиеся к морфотаксонам
• Соотносим с морфотаксоном валидное видовое название или оставляем рабочее название морфотаксона
• Заносим результаты в таксономическую базу данных

Эта последовательность подходит для идентификации других групп организмов.

В предыдущих сериях:

• Эффективный способ определения видов диатомовых водорослей.
• Как определить огромное число видов диатомовых за разумный срок?