Последнее обновление 5 янв. 2024 года.

Планирую выпустить серию заметок про обработку видео с подвижными живыми микрообъектами. Мы хотим понять, как двигаются одноклеточные организмы (протисты) определенного вида при разных условиях, меняется ли что-то в их движении и что именно. Это наша задача.

Задача: определить, что меняется в движении протист при разных условиях

Решение задачи состоит из нескольких шагов: подготовки культуры, съемки видео, обработки видео, выделения траекторий движения, анализа траекторий, общего анализа результатов, интерпретации, выводов.

Оглавление серии

Ниже приведен список шагов, оформленный в виде оглавления, и даны ссылки на готовые заметки с подробным описанием каждого шага. Шаги предварительные, они будут появляться и, иногда, исчезать. О том, как выращивать и поддерживать культуры одноклеточных и как снимать видео через микроскоп рассказывать не буду.

• Оглавление, введение, софт. ← Вы здесь
  
  
• Готовим видео
• Улучшаем качество и нарезаем видео на кадры.
• Комбинируем кадры в многослойные тифы.
• Провал попытки прослеживания перемещения протист.
• mov2bin — скрипт для бинаризации видео движения микроорганизмов.
  
  
• Обрабатываем видео
• Выделяем траектории.
  
  
• Анализируем траектории.
  
  

Серию заметок выпускаю прежде всего для себя, чтобы не забыть, что, как и когда делать. Также она будет полезна тем читателям, кто планирует или выполняет похожие эксперименты.

Немного о рутине

Обычно для выполнения рутинной работы берется (один) аспирант или инженер, который своим (еще не растраченным) упорством добивает этот этап до более-менее приемлемого результата. В худшем случае рутиной занимаются сами идеологи или один из них, который, впоследствии, еще и отхватывает пинков за ошибки. (О времена, о нравы!) Я же, по возможности, буду автоматизировать рутинные этапы, заставляя потеть машину.

Необходимый софт

Для автоматизации рутины использую:

• Пакетный файл Виндоус (батч-файл, bat-файл)
• Баш (bash) Юникса для исполнения алгоритмов обработки видео и изображений;
• FFmpeg для автоматической работы с видео;
• ImageMagick для автоматической обработки изображений кадров;
• Fiji для построения траекторий.
• Эр для выделения объектов на кадрах и построения траекторий движения объектов.

Заметил, что многие естествоиспытатели просто не умеют нагружать компьютер работой. Одну из заметок посвящу инструментам автоматизации, облегчающим научную жизнь.

Занесите заметку в закладки, чтобы не потерять.