Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова

Позднее Ctrl + ↑

Наблюдение 16. Опросы

Интересно, что когда вас спрашивают о делах, жизни и, в особенности, о волнующих проблемах, то это не всегда значит, что вам хотят помочь. Полученную информацию также могут использовать для еще большего усугубления проблем.

В особенности этим промышляют телефонные вопрошалки. Именно они собирают явную информацию для скрытого врага.

Отсюда вывод: не знаешь, кто спрашиваешь — не болтай.

Как не нужно оформлять описания диатомовых водорослей

В прошлый раз я рассказал, как оценить качество списка таксонов. В этот раз приведу пример плохого оформления видовых описаний. Замечу, что это — не вина автора, а вина издателя. Именно он допустил, чтобы важная информация превратилась в нечитаемую кашу.

Перед вами две страницы из статьи Людмилы Николаевны Бухтияровой [Bukhtiyarova, 2021]. Попробуйте определить:

  • диагнозы скольких видов представлены на страницах,
  • какие из этих видов проиллюстрированы фотографиями?

Что мешает

Найти и посчитать виды мешает курсив. Курсивом написаны видовые названия и курсивом помечены подзаголовки всех секций видовых описаний. Поэтому вы не можете сразу отделить одно от другого. Для этого нужно вчитываться в текст, а это сложно.

Как исправить

Правильное решение хаключается в выделении видовых названий. Например — жирным шрифтом.

Ниже, я использовал цвет. Желтым — отметил виды с описаниями, зеленым — видовые названия в подписи к фотографиям, а названия подзаголовком оставил как есть. Теперь видно, что на страницах говориться о 12 видах, а фотографии представляют 15 видов.

Те же страницы, на которых цветом отмечены видовые навания

Мораль

Если бы редактор побеспокоился о читателе, он бы все выделил сам или подзадорил бы технического редактора. К сожалению, сего мы не наблюдаем.

Если курсив используется для названий подзаголовков и названий видов, выделяйте виды дополнительно

Главное — забота о читателе.

* * *

Постскриптум. Обратите внимание, в честь кого и какого события назван Caloneis albus-columba.

Светлая ему память.

Оптическое взаимодействие клеток при морфогенезе: пересказ книги Будаговского А. В. «Дистанционное межклеточное взаимодействие»

А. В. Будаговский. Дистанционное межклеточное взаимодействие. Москва: НПЛЦ «Техника», 2004.

Когерентное биологическое поле

Живые клетки умеют взаимодействовать дистанционно при помощи биологического поля.

Это поле является обычным электромагнитным излучением низкой интенсивности, но оно обладает высокой когерентностью.

Когерентность поля подтверждается простым экспериментом. Если между дистанционно взаимодействующими клетками внести кварцевый экран, который слабо поглощает свет, но нарушает его пространственную упорядоченность, то эффект согласованного взаимодействия клеток исчезнет. Таким образом, нарушение когерентности излучения приводит к прекращению взаимодействия.

Клетки способны как излучать, так и фиксировать статистическую упорядоченность действующего на них излучения. Они выделяют когерентные сигналы из окружающего фона и интерпретируют их. Эти сигналы влияют на метаболические, морфологические и генетические процессы в клетке.

Коммуникации при помощи когерентного излучения — универсальная: она наблюдается как среди гомологичных, так и существенно разных организмов, например, между животными и растительными клетками.

Сила действия

Сила действия излучения зависит от функционального состояния организма-источника и приемника, расстояния между ними, длительности оптического контакта, степени упорядоченности поля.

Наиболее ярко дистанционное взаимодействие проявляется в критические периоды развития организма или в неблагоприятных условиях.

Длина волн, спектр и интенсивность

Живое электромагнитное когерентное излучение захватывает оптическую область спектра, а также область крайневысокого и сверхвысокого диапазона радиоволн. Оно аппаратурно зафиксировано в диапазоне длин волн 300-800 нм.

В 2004 году отсутствовали данные о спектральном составе биологического излучения, но известно, что интенсивность излучения значительно ниже естественных шумов.

Источник и приемник излучения

Источник энергии — радиационный фон.
Согласно концепции А. М. Кузина, источником энергии для генерации биополя лужит природный радиационный фон. Эксперименты показали, что малые дозы ионизирующей радиации стимулируют индукцию полевых сигналов.

ДНК — генератор когерентных фотонов.
Ф.-А. Попп установил способность биополимерных структур, в частности ДНК, генерировать когерентные фотоны [Popp F.-A.].

Можно предположить, что ядро эукариот и кольцевая ДНК прокариот формируют излучение в виде поля с определенной топологией.

Остается неясным, каким образом конфигурация поля связана с последовательностью нуклеотидов.

Белок-мембранные комплексы воспринимают излучение.
Г. Фрелих [H. Frohlich], Н. Д. Девятков, Ю. Б. Гайдидей и другие авторы считают, что в оптической области спектра детектором излучения могут быть белок-мембранные комплексы: хромопротеиды ассоциированные с липидным бислоем.

Биополе и морфогенез

Когерентное биологическое поле обеспечивает непрерывность и целостность структурной организации живых организмов. Оно управляет процессом морфо- и онтогенеза.

Впечатление от книги

В книге автор привел хороший обзор литературы об исследовании биологических (морфогенных, морфогенетических, митогенетических) полей. Однако основные положения автор спрятал среди длинных запутанных фраз со специфическими терминами, поэтому отфильтровать суть я смог только со второго-третьего раза.

Книга влючает пять глав, но третья глава абсолютно бесполезна. В ней автор обещал рассказать о способе определения геометрических параметров излучателей, но сам алгоритм не привел. Дан только вывод неясных полезных формул.

Страницы третьей главы

Четвертую и пятую главу также можно было безболезнено пропустить через фильтр Главреда и получить компактное, но емкое и полезное изложение методики и результатов. А так — это плохо структурированный лес описаний и данных.

В целом, чтобы понять книгу, достаточно прочитать первую главу и заключение.

Геометрическая модель эритроцита крови рыб. Версия 2010 года

В 2010 году ко мне обратились коллеги из ИнБЮМа с просьбой построить трехмерную геометрическую модель эритроцита рыб. Модель была необходима для определения объема и площади поверхности эритроцитов при заданных размерах.

Коллеги описали, как выглядит типичный рыбий эритроцит. Это диск эллиптической формы, в центре которого находится эллипсоидное ядро, а край диска имеет тороидальную форму. (Коллеги использовали несколько иные термины, но слова «эллипсоидный» и «тороидальный» более соответствуют форме объекта.)

 

Я описал алгоритм создания 3Д-модели эритроцита и написал программу.

Скачать программу со страницы проекта

Высшие таксоны диатомовых водорослей

Художник Арбеков Владимир Георгиевич

Во время наполнения таксономической базы данных научными названиями диатомовых водорослей у меня возникли вопросы:

  • к каким высшим таксонам отнести диатомовых?
  • сколько высших таксонов достаточно использовать?

Исследование показало, что в этом вопросе у товарищей-диатомологов согласия нет.

Варианты высшей классификации диатомовых

Википедия — как самый быстродоступный синтезатор знаний — на этот счет имеет минимум три мнения. Рассмотрим их.

[Round, Crawford, Mann, 1990]

Апостолы диатомологии — троица Роунд, Крауфорд и Манн — выделяют отдел диатомовых, а в нем три класса с подклассами.

  • Phylum Bacillariophyta
    • Class Coscinodiscophyceae — все центрические
    • Class Bacillariophyceae — пеннатные со швом
    • Class Fragilariophyceae — пеннатные без шва

Здесь хорошо, что диатомовые — это отдельный таксон стандартного ранга (отдел), в котором выделено три таксона такого же стандартного ранга (класса). А вот вложенные подклассы — это плохо.

[Ruggiero et al., 2015]

Ригуеро с коллегами, ни много, ни мало, предложили классификацию высших таксонов всех живых организмов. При этом они поместили диатомовых с некоторыми другими классами организмов в отдел Охрофитовых, из-за оранжево-коричневатой (охровой) окраски живых представителей. Для диатомовых авторы выделили класс, в который поместили подклассы с традиционными названиями.

  • Phylum Ochrophyta
    • Class Bacillariophyceae
      • Subclass Bacillariophycidae
      • Subclass Coscinodiscophycidae
      • Subclass Fragilariophycidae

Фактически авторы сдвинули классификацию Раунда и коллег на уровень вниз.

Такой же системы придерживается ВОРМС.

[Medlin, Kaczmarska, 2004]

Поcледователи генетических методов — Медлин и Кашмарская — считают, что диатомовые отдельный отдел. В нем есть два подотдела и три класса. Причем шовные и бешовные диатомовые слиты в единый класс пеннатных, тогда как центрические разделены на классы радиальных центрических и полярных центрических.

  • Phylum Bacillariophyta
    • Subphylum Coscinodiscophytina
      • Class Coscinodiscophyceae — радиальные центрические
    • Subphylum Bacillariophytina
      • Class Mediophyceae — полярные центрические
      • Class Bacillariophyceae — все пеннатные

Деление на таксоны выполнено при помощи алгоритмических манипуляций над последовательностями нуклеотидов, что у меня сразу вызывает скепсис. Также не нравится объединение всех пеннатных в один класс. А вот выделение двух морфогрупп у центрических — с полюсами и без оных — нравится.

Этой системы придерживается Альгабейз.

Прочая филогеносситематика

Прочие филогенетические нововведения см. в Википедии.

Какую систему выбрать

Майкл Гуйри — один из авторов Альгабейза — очень разумно заметил, что:

The use of a particular phylum or superphylum name for diatoms (or to include diatoms) is a taxonomic decision. All that I have endeavoured to do here is to clarify the valid use of the automatically typified phylum name Bacillariophyta for authors who wish to use such a phylum name exclusively for diatoms and to point out the validity or otherwise of other phyla names that are said to include the diatoms.
[Guiry, 2017]

Другими словами, куда вы поместите диатомовых — в отдел или подотдел — это ваше дело.

По сути высшие таксоны — это искусственные категории, созданные только для нашего удобства. Они помогают классифицировать объекты живой природы. Или не помогают, если система высших таксонов выбрана неудачно.

Высшие таксоны — это искусственные категории

Отсюда, система высших таксонов диатомовых водорослей:

  • должна помогать упорядочивать одноклеточных по морфологическим признакам,
  • должна состоять из таксонов нормального ранга, безо всяких промежуточных под и над.

Альтернативная система высших таксонов диатомовых водорослей

Если обобщить упомянутые выше классификации, то по морфологии диатомовые микроводоросли удобно делить на:

  • центрические однополюсные
  • центрические многополюсные
  • пеннатные бесшовные
  • пеннатные моношовные
  • пеннатные двушовные.

Также их удобно считать отдельным отделом, а следующие таксоны — классами.

Новый класс Achnanthophyceae

Единственная проблема в том, что для моношовных диатомовых нет специального класса, их относят к отряду Achnanthales. Но для моих целей подойдет искусственный класс — класс Achnanthophyceae.

Название класса Achnanthophyceae образовано из названия рода Achnanthes при помощи добавления окончания -phyceae. Очевидно, это не валидный таксон, но мне главное удобство.

Род Achnanthes + -phyceae → класс Achnanthophyceae

Что использовать в таксономической БД

В таксономической базе данных собираюсь использовать следующие высшие таксоны диатомовых.

Phylum Bacillariophyta
Class Coscinodiscophyceae центрические однополюсные
Class Mediophyceae центрические многополюсные
Class Bacillariophyceae пеннатные двушовные
Class Achnanthophyceae пеннатные одношовные
Class Fragilariophyceae пеннатные без шва

Литература

  • Round F. E., Crawford R. M., Mann D. G. (1990) The Diatoms. Biology and Morphology of the Genera. Cambridge University Press, Cambridge. 747 pp.

Идиот, коньюктурщик и хитрец

Есть некоторые слова, значение которых не всегда понятны. Попробую внести ясность.

Вот что пишут про идиотов.

Идиот — это человек, страдающий идиотией, глубокой формой умственной отсталости. Чаще используется в качестве оскорбления, как синоним слов «дурак», «тупица», «придурок». Например: «Рома, ты идиот! Зачем ты это сделал?»

Также

Идиотизмом называют глупые и нелогичные поступки и явления. Например: «Происходит какой-то идиотизм».

Вот, что говорят про коньюктурщиков.

Конъюнктурщик — человек, ловко использующий текущие обстоятельства, положение в обществе и коллективе ради корыстных целей и в ущерб нравственным, а иногда и правовым принципам. Например: «Ярослав — отпетый коньюктурщик, на всех наплюет ради собственной карьеры».

А вот как описывают хитрецов

Большинство крендельщиков считало Рому и Ярослава хитрецами и пройдохами, которые сумели ловко добиться своей цели.

Может ли быть идиот коньюктурщиком и хитрецом? Скорее всего нет. А вот хитрец с коньюктурщиком вполне уживаются, взаимодополняют и даже взаимозаменяют друг друга.

Зри в корень.

Наблюдение 15. Таксист, Путин и сдача

Таксист снова оказался приезжим. Приезжий таксист снова жаловался на дорогой бензин, газ, солярку и был опять недоволен указами Путина. Приезжий таксис, который был недоволен указами Путина, снова не дал мне сдачу — 20 рублей.

Я вывел закономерность

ПБП ⇒ -сдача

Она значит, что приезжие таксисты, которые жалуются на дорогой бензин и критикуют Путина, не дадут вам сдачу за проезд.

Интересно, каким должен быть президент, чтобы приезжие таксисты начали выполнять элементарные правила работы с клиентом?

Заповедь

Питер Брейгель младший. Серия «Фламандские пословицы»

Не стоит метать бисер перед свиньями.

Не стоит рассказывать о чем-то важном или новом или сокровенном людям, которые: вас не принимают всерьез, не уважают вашего мнения, считают правыми только себя, а всех остальных — дураками, крайне консервативны в суждениях, болтливы. Такое общение вам ничего не даст. Зато ваши оппоненты получат новую тему для застольного разговора, насмешек и подтверждения собственной значимости.

Не давайте святыни псам и не бросайте жемчуга вашего перед свиньями, чтобы они не попрали его ногами своими и, обратившись, не растерзали вас.
Евангелие от Матфея 7:6

Иисус был прав.

Дисперсионный анализ средних длин раковин моллюсков

Коллега попросил помочь с выполнение дисперсионного анализа. Рассказываю, что получилось.

У нас есть три ряда длин раковин моллюсков, полученные в три разных года: 1981, 1998 и 2012. Мы хотим узнать, есть ли статистически достоверное различие между средними длинами в каждый период или нет? Расскажу, как это сделать.

Фрагмент исходных данных

Сначала посмотрим на статистическое описание данных.

Средние и медианы неплохо отличаются, наверное различия все-таки есть.

Потом построим диаграммы размахов, в простонародье — ящики с усами.

Второй и третий ящики практически полностью пересекаются с первым. Значит различия недостоверны?

Теперь попробуем попарно сравнить средние при помощи t-теста стьюдента: первое со вторым, второе с третьим и третье с первым. Наши данные независимы, потому что мы каждый раз измеряли разных моллюсков. Значит применим t-тест для независимых выборок. Но предварительно проверим данные на нормальность. Если выборки имеют нормальное распределение, используем t-тест. Если ненормальное, прочитаем Сергея Мастицкого (стр. 36):

Если значение распределены ненормально, применение параметрического t-теста будет часто приводить к искаженным результатам. В таких случаях следует воспользоваться непараметрическим аналогом теста стьюдента. Например можно использовать u-тест манна-уитни.

Вперед.

Попарные сравнения u-тестом манна-уитни

Попарные сравнения показали отличия средних.

А теперь читаем книгу Мастицкого уже на стр. 43:

Тесть стьюдента и его непараметрические аналоги предназначены для сравнения исключительно двух выборок. Очень часто исследователи допускают ошибку: используют t-тест для попарных сравнений более двух выборок.

Надо же, оказывается мы допустили частую ошибку статистических профанов. И как нам быть?

Для избежания данной ошибки необходимо использовать дисперсионный анализ.

Алилуя! Но теперь надо прочитать хорошие книги о дисперсионном анализе?

Нет, совсем не обязательно. Автоматизация статистических вычислений, в настоящее время, достигла таких высот, что вам всего лишь нужно нажать правильные кнопки. Все остальное сделает машина. Например так работает Сигмаплот. Он сам проверит данные на нормальность и выберет правильный тип дисперсионного анализа.

Наши данные оказались ненормальными, поэтому Сигмаплот предложил непараметрический дисперсионный анализ крускала-уолиса (H-тест) и объяснил полученные результаты.

Если бы мы воспользовались Статистикой или Эр, нам пришлось бы интерпретировать полученные цифры. Для этого следует хорошо разобраться в дисперсионном анализе и сопутствующих методах. То есть пройти хороший курс биометрии.

Но тот-кто-знает, что «интерфейс — зло» и «потеть должна машина», тот выберет способ «нажал на кнопку и получил развернутый ответ». Мозги, в этом случае, пригодятся для интерпретации ответа.


Пирамида Лебедева

Выбирайте сами. И, да — это не реклама Сигмаплота. Просто мне понравилось, как он интерпретировал результат.

Книги, в любом случае, читать полезно.

Книги о дисперсионном анализе

М. попросила проверить, достоверно ли различие между длинами раковин моллюсков? Причем с помощью дисперсионного анализа. А я, как это бывает, позабыл как его выполнить. Чтобы вспомнить, принялся читать книги. И родился у меня рейтинг прочитанного.

Не мудрствуя лукаво, разделил книги на две категории: многоразовые — к которым буду обращаться и перечитывать, и одноразовые — пролистал и выбросил в корзину.

Многоразовые книги

Мастицкий С. Э. (2009) Методическое пособие по использовании программы Statistica при обработке данных биологических исследований. Минск: Ин-т рыбного хозяйства.

Прекрасное руководство для прикладных статистов.

Автор кратко описывает для каких рядов данных подходит тот или иной прием и рассказывает, как их выполнить в «Статистике». Книга полезна, даже если вы не используете «Статистику».





Любищев А. А. (1986) Дисперсионный анализ в биологии. М.: Изд-во Моск. ун-та.

О том как планировать эксперименты и интерпретировать результаты без помощи компьютера.

Книга написана в середине 20-го века. Написано легко, с разбором многочисленных примеров и методикой ручных вычислений. Буду не раз к ней возвращаться.





Плохинский Н. А. (1960) Дисперсионный анализ. Новосибирск: Изд-во СО АН СССР.

Дисперсионный анализ на бумаге.

Ясно и прекрасно.





Одноразовые книги

Аренс Х., Лёйтер Ю. (1985) Многомерный дисперсионный анализ / Пер. с немецкого. М.: Финансы и статистика.

Полезно, кратко, по делу.

Книга попала в одноразовые, потому что ее основная аудитория — программисты, которые собираются писать софт для стат. анализа с нуля.





Маркова Е. В., Денисов В. И., Полетаева И. А., Пономарев В. В. (1982) Дисперсионный анализ и синте планов на ЭВМ. М.: Наука.

За деревьями леса не видно.

Много деталей, но не всегда ясна суть. Ориентирована на программистов, на что и указывает название.





Шеффе Г. (1980) Дисперсионный анализ / Пер. с английского. Изд. второе. М.: Наука. Гл. ред. физ.-мат. лит-ры.

Сложно, для истинных математиков.

Книга переполнена формулами, определениями и доказательствами. Написана для математиков, которые хотят досконально во всем разобраться и, возможно, сделать лучше. Остальные не увидят здесь сути анализа.





Яковлев В., Яковлева О. (2015) Дисперсионный анализ в Excel. Lap Lambert Acad. Publ.

Хрень полная.

Не тратьте время — выбрасывайте в корзину, не читая.





Рейтинг отражает мое лично впечатление от указанных книг. Ваше мнение может быть другим.



Читайте книги.

Задачи науки

По мнению В. А. Геодакяна [1970] все науки решают один и тот же последовательный ряд задач.

  1. Описывают поведение системы и ее свойства.
  2. Объясняют поведение.
  3. Предсказывают поведение.
  4. Управляют поведением.
  5. Создают системы с определенным поведением.

Эти пять задач не всегда решают последовательно. Нередко учный решает одну, наиболее «трудную», а потом возвращается к более «легким», так как приобретенное знание часто требует уточнения или даже коренной перестройки прежних представлений.

* * *

См. ежегодник «Системные исследования» за 1970 год.

Наблюдение 14. Убрали еще одного умного альтернативщика?

Оказывается 27 января 2021 года умер Вадим Ловчиков.

Еще один из плеяды умных альтернативщиков с необычным взглядом на физику. Автор книги «Научный апокалипсис или теория всего». Один из ведущих ютуб канала «День-ТВ». Интересный дядька.

В моем списке он третий.

Степень доверия к списку таксонов

Настоящие таксономисты любят публиковать длинные списки видов, обнаруженных в каком-нибудь интересном месте. Отечественные исследователи часто называют их чеклистами. Звучит загадочно и, как и любой англицизм, придает весомость научной работе. (По мнению среднестатистического обывателя.)

Списки видов обычно публикуют, когда проведена большая работа, исследован обширный материал, систематизирована масса литературных источников, а в результате — сказать особо не о чем, за редким исключением.

Брянцева Ю. В. 2020. Динофлагеляти Кримського півострова та його морського прибережжя

Несомненно, списки видов полезны. Но к ним, все-таки, следует относиться с определенной долей скепсиса.

Степень доверия к таксономическому списку

Степень доверия определяется тем, насколько находка конкретного вида подтверждена типовым материалом. Чтобы не утруждать любимого читателя занудной классификацией типовых экземпляров, упрощю определение:

Простая мера доверия к таксономическому списку зависит от наличия изображений видов, упомянутых в списке.

Простая мера доверия выражается числом от единицы до трех:

  • 1 — изображений нет,
  • 2 — есть изображения среднего качества,
  • 3 — есть изображения отличного качества.

Значение меры может быть вещественным. Чем ниже мера, тем меньше доверия и больше скепсиса.

Поясню на примере чеклистов диатомовых.

Степень доверия к списку видов диатомовых водорослей

Любой профессиональный диатомолог скажет, что:

Для корректного опознания вида диатомовой водоросли необходимо изображение панциря, полученное с разных ракурсов с помощью сканирующего электронного микроскопа (СЭМ), а также изображения живой микроводоросли с протопластом.

Отсюда:

3 → Максимальное доверие у списка диатомовых, в котором каждый вид сопровождают фотографии, полученные с помощью СЭМ, и фотографии живых организмов.

2 → Среднее доверие у списка, в котором каждый вид проиллюстрирован фотографиями, выполненные под световым микроскопом (СМ).

1 → Минимальное доверие у списка, в котором только перечислены виды.

2...3 → Есть СЭМ и СМ фотографии. Чем больше СЭМ, и больше фото живых клеток, тем ближе к трем.

1...2 → Есть СМ фото и есть виды без фото. Чем больше видов без фото, тем ближе к единице.

Примеры

Доверие единица

Рябушко Л. И., Бондаренко А. В. 2011. Микроводоросли планктона и бентоса Азовского моря (чек-лист, синонимика, комментарий)

Доверие низкое. Потому что авторы не приводят фотографий, дают много ссылок на чужие работы, в которых также практически нет фотографий, и сами исследуют микроводоросли только в световой микроскоп, что ставит под сомнение находки некоторых видов. Не делайте так.

Доверие между единицей и двойкой

Bukhtiyarova L. N. 1999. Diatoms of Ukraine inland waters

Нет фотографий, но даны ссылки на фото в других источниках и приведены места находок, что подтверждает объективность исследований. Кроме того, Людмила Николаевна — авторитетный диатомолог. Поэтому доверие к списку есть. Но если решите делать список, все-таки следуйте следующим примерам.

Доверие двоечка

Световые фотографии посредственного качества. Из-за этого сами авторы часто сомневаются в корректности определения видов. Это плохой пример для подражания. Хорошие примеры ниже ↓

Доверие между двумя и тремя

Stuart R. Stidolph diatom atlas. Plate 52

Все виды сопровождаются световыми фотографиями очищенных панцирей диатомовых. Хотя, в некоторых случаях, оптического разрешения недостаточно для уверенного определения видов, работа выполнена качественно.

Доверие между двумя и тремя

Taylor et al. 2007. An illustrated guide to some common diatom species from South Africa

Все виды сопровождаются световыми фотографиями, почти для всех даны прижизненные фото с протопластом, у многих есть электронные фотографии деталей панциря. Доверия высокое. Отличный пример для подражания.

Доверие троечка

Al-Yamani F. Y., Saburova M. A. (2019) Marine phytoplankton of Kuwait’s waters. Vol. 2. Diatoms

Превосходный список с превосходными иллюстрациями. Виды сопровождают фото живых клеток, СМ фото очищеных панцирей и СЭМ фотографии. Такие списки — редкость. Это превосходный пример для подражания.

Если вы делайте также — напишите мне.

* * *

В мере доверия можно учесть разные показатели. Например, авторитет исследователя. (Кстати, как его измерить?) Сейчас:

Простая мера доверия списку таксонов не учитывает вашу субъективную оценку работы исследователя.

Приведенная мера доверия отражает наличие или отсутствие изображений опубликованных видов. Она не учитывает ваши знания о профессионализме исследователя.

Так, если оценивать качество работы, то моя оценка списку диатомовых Украины Л. Н. Бухтияровой (1999) — 10 из 10, ибо я знаю с какой тщательностью Людмила Николаевна готовит материал. А оценка, к примеру, списка Стеркена и ко. (2015) — 2 из 10, хоть там и есть световые фотографии створок диатомовых.



Придумайте свою меру доверия списку таксонов или усложните предложенную простую. Поделитесь находкой в комментариях.



Доверяй, но проверяй.

Ищу книгу П. Р. Макаревича и Е. И. Дружковой «Сезонные циклические процессы в прибрежных планктонных альгоценозах северных морей»

Издана Южным научным центром (Ростов-на-Дону) в 2010 году.

«В монографии на основании многолетних исследований с привлечением обширного литературного материала определены особенности структурной организации и функционирования планктонных альгоценозов прибрежных экосистем морей Северной Европы. Предложена модель годового сукцессионного цикла микрофитопланктона. Разработана и представлена в соотвествии с фазами сезонных циклов микроводорослей концептуальная схема годового цикла нанофитопланктона высокобореальной зоны. Проанализирована годовая динамика продукционно-деструкционных параметров».

Если у кого-то есть ПДФ или кто-то может прислать саму книгу, пишите на почту: me@antonlyakh.ru

Названия размерных фракций фитопланктона

Живые диатомовые водоросли рода Rhopalodia из ВК Филиппа Сапожникова

Добавлю четкости нечетким биологическим формулировкам. Сегодня — таблица с названиями фракций фитопланктона. Границы размеров фракций проведены по значениям десятичного логарифма.

Название Размеры, мкм
Фемтопланктон 0,01-0,1
Пикопланктон 0,1-1,0
Нанопланктон 1-10
Микропланктон 10-100

Источник: Sicko-Goad L., Stoermer E. F. (1984) The need for uniform terminology concerning phytoplankton cell size fractions and examples of picoplankton from the Laurentian Great Lakes.

***

Не знаю:

  • как называются организмы меньших и больших фракций?
  • является ли данная размерная классификация общепринятой и действующей?
  • справедлива ли она для всего планктона?

Кто знает, напишите в комментариях.

Морфологическая адаптация центрической диатомовой Minidiscus comicus к крошечному размеру

Некоторые биологические публикации достойны краткого пересказа. Вот одна из таких статей. Она рассказывает, как один из видов диатомовых водорослей меняет геометрию панциря, чтобы выжить при крошеных размерах.

***

Jewson D., Kuwata A., Cros L., Fortuno J.-M., Estrada M. (2016) Morphological adaptation to small size in the marine diatom Minidiscus comicus. Scientia Marina. 80 (S1): 89-96.

***

Объект исследования: центрическая диатомовая водоросль Minidiscus comicus.

Minidiscus comicus с римопортулой и фултопортулами. Переделка рис. 1 А, Б из [Jewson et al., 2016]

Minidiscus comicus относится к группе самых маленьких диатомовых. Его диаметр панциря меняется от 1,9 до 6 мкм.

Исходные положения.

  • Подавляющее большинство диатомовых после многократных делений становится меньше.
  • Уменьшение размеров приводит к закономерному уменьшению внутреннего объема панциря.
  • Существует некоторый критический минимальный объем, после которого одноклеточные организмы существовать не могут.
  • Если считать, что панцирь Minidiscus comicus имеет форму круглого цилиндра (как на рисунке), то при минимальных значениях диаметра (менее 3 мкм), объем панциря станет критическим. Но организмы живут при таких маленьких размерах. Значит они каким-то образом адаптируются.

Задача: выяснить, что происходит с морфологией панциря панциря Minidiscus comicus при уменьшении диаметра панциря.

Размерный спектр Minidiscus comicus из западной части Средиземного моря. Пунктирная линия соответствует значению диаметра, ниже которого клетки образуют ауксоспоры и восстанавливают первоначальный крупный размер. Переделка рис. 5 из [Jewson et al., 2016]

Результаты

  • Диаметр панциря Minidiscus comicus действительно уменьшается после многократных делений.
  • Однако, уменьшение диаметра приводит к изменению формы панциря: круглый цилиндр с плоскими створкамикруглый цилиндр с выпуклыми створкамишар.
Адаптация формы панциря Minidiscus comicus к уменьшению диаметра панциря. Размерные отрезки соответствуют 1 мкм. Компиляция рис. 1, 3 и 4 из [Jewson et al., 2016]

Трансформация цилиндрического панциря в шарообразный позволяет избежать двукратного уменьшения объема панциря и сохранить достаточный для жизни внутренний объем панциря при крохотном диаметре.

Вычисленные объемы панциря Minidiscus comicus стремятся к объему шара, когда диаметр стремиться к двум микрометрам. Рис. 5 из [Jewson et al., 2016]

Авторы не выяснили

  • Какие еще виды диатомовых демонстрируют подобную морфологическую адаптацию.
  • Каким образом плоские створки становятся выпуклыми.

***

В целом — это прекрасный пример хорошо выполненной работы. Советую использовать в качестве образца.

С Новым годом.

Как написать научную статью. 5. Используйте как-бы-цитаты

В прошлый раз я рекомендовал регулярно все записывать. В этот раз поговорим о том, как правильно записывать чужие мысли — как-бы-цитаты.

Как-бы-цитаты — это (слегка) изменные фрагменты чужого текста. Когда вы берете одно-два предложение из чужой работы, изменяете несколько слов и вставляете в свою статью. Вот пара примеров на английском: авторский текст и как-бы-цитаты.

We have attempted to determine the most effective way to illustrate the guide.
We have presented the most effective way to designate biological illustrations.

An effective key must be one that is effective in communicating: the user must be able to understand the information being presented within each couplet.
An effective illustration must be one that is effective in communicating: the user must be able to understand the information being presented withing each part of the image.

С одной стороны, так делать можно пока вам не дали по рукам. Потому что одни и те же мысли часто посещают разные головы, как одни и те же эйдосы Платона навещают умы разных философов. Поэтому то, что вы еще только обдумываете, скорее всего кто-то уже давно опубликовал. Надо только тщательно поискать.

Примерно так одна и та же мысль приходит в разные головы. В октаве пятидесятницы

Особенно как-бы-цитирование удобно, когда вы пишите работу на неродном языке. А в настоящее время большинство отечественных ученых вынуждены писать статьи на колониальном английском. Как говорил классик: «Я русский бы выучил только за то, что им мне нельзя выражаться».

Вернемся к цитатам. Разве можно как-то более точно выразить мысль Оливера Колемана о важности цифровых иллюстраций для биологических работ? Руки сами тянутся к копи-пасту.

The digital drawing method for scientific illustrations using Adobe Illustrator has become a standard method for taxonomic descriptions in many labs. The great advantages of this method lie in increased speed and the possibility to create such smooth lines that would not be possible using traditional free-hand ink drawing [Coleman, 2009].

Однако, порядочные российские издательства всегда проверяют текст на плагиат. Поэтому если вы будете напрямую использовать чужие фрагменты, даже с указанием ссылок на исходные работы и номера страниц, порядочная российская редакция завернет такую статью. Даже если это ваши предыдущие статьи! То есть порядочные российские редакции стимулируют развитие оригинального мышления. Или, по крайней мере, заставляют чаще заглядывать в словарь синонимов.

Я подчеркиваю — так работают порядочные российские издательства. Непорядочные за ваши деньги опубликуют любую лабуду.

Как поступят иностранные издательства я точно не знаю. Но могу предположить, что иностранные тоже опубликуют лабуду. Потому что некоторые мои коллеги из статьи в статью копируют одни и те же рисунки и абзацы текста (на английском языке), и эти статьи выходят в свет. Но не стоит им уподобляться.

Если вам дорог научный авторитет, то любые заимствованные фрагменты пересказывайте по-своему. Превращайте заимствования в как-бы-цитаты.

Берегите научный авторитет с молоду

А где уместны как-бы-цитаты? Они уместны: в обзоре литературы; во введении, где вы обосновываете актуальность работы; в описании методики; в небольшом количестве в обсуждении. В разделе с результатами цитаты не уместны: пишите о своих результатах своими словами.

Результаты — табу для как-бы-цитат

Продолжение следует.

Ранее Ctrl + ↓