Во время анализа больших дендрограмм у меня возникает необходимость выделить отдельную ветвь для подробного изучения. Например у нижеследующей дендрограммы намерен оставить ветку, отмеченную красным, а также по одному листу из соседних ветвей, отмеченных синим.

Нужно оставить только отмеченные ветви

Примечание. Размер шрифта на денрограмме уменьшил при помощи R-кода ↓.

# Размер подписей на оси
par(cex.axis=0.8)
# Размер подписей листьев
dend <- set(dend, "labels_cex", 0.9)
# Рисует дендрограмму
plot(dend)

В R (вроде бы пока еще) нет специальной процедуры для вырезания ветвей. Зато в пакете dendextend есть функция prune.

Prune обрезает дерево, то есть удаляет из него указанные листья. Так, если в качестве параметра передать названия листьев, отмеченных на рис. красным, prune именно их и вырежет.

dend_pruned <- prune(dend, c("L_grandis__da", "L_kedahensis__TG__da", "L_chabaudi__da", "L_fenestrum__KM221913__da"))
plot(dend_pruned)

Отмеченные ветви удалены

Получается, чтобы оставить только отмеченные листья, мне нужно перечислить все остальные. Когда дендрограмма большая, перечислять листья вручную я буду довольно долго.

«Пусть потеет машина», гласит дизайнерская мудрость. Поручим компьютеру сделать необходимые перестроения.

Для этого предлагаю функцию invert_prune. Она получает на вход список листьев, которые нужно оставить в дендрограмме, и возвращает список листьев, которые должна обрезать функция prune.

invert_prune <- function(dend, remained_leaves) {
  setdiff( labels(dend), remained_leaves )
}

Пользуемся ею так:

dend_pruned <- prune(dend, 
invert_prune(dend, c("L_grandis__da", "L_kedahensis__TG__da", "L_chabaudi__da", "L_fenestrum__KM221913__da"))
)

plot(dend_pruned)

Вуаля, и все нужные ветки остались.

Учите R.

—-

Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.

​