В последнее время у меня случился творческий кризис: не могу написать ничего внятного длиннее двух предложений. А писать надо, так как за статьи нам начисляют баллы, а за баллы дают квартальную премию, и, в целом, это моя обязанность. Решил разобраться, как написать полезную научную статью.

Научный сотрудник производит публикации

Результатами работы любого научного сотрудника являются научные статьи. Когда мы отчитываемся, претендуем на повышение должности, подаем заявки на гранты — все оценивают, сколько статей мы написали и в каких журналах опубликовали. Желательно, чтобы статьи были в высокорейтинговых журналах, которые индексируются Веб оф сайнс (ВОЗ).

Не путайте с ВОЗом, заставившим нас сидеть дома.

Большой секрет

Скажу по большому секрету: качество опубликованных статей абсолютно никого не интересует. Иначе нас окружали бы только полезные и крайне интересные работы.

Качество научных публикаций никого не интересует

Считается, что за качество статей отвечают рецензенты и редактор журнала. То есть, контроль качества осуществляют три-четыре человека. Они часто с вами не знакомы, имеют свои принципы и амбиции. Поэтому их оценки часто субъективны и несправедливы.

Кроме того, есть риск, что опубликованные в статье идеи будут рецензентами «зарезаны», а потом использованы ими же в своих статьях. Именно для таких случаев рекомендуют новые интересные результаты предварительно печатать в открытых репозиториях: Биорхив — для биологов, Архив — для математиков, физиков, программистов и цифровых биологов.

Самый большой секрет

Скажу еще по одному очень большому секрету: публикацию в некоторых журналах можно купить. Не заплатить за открытый доступ к статье (хотя это тоже своеобразная покупка публикации), а именно купить за фейковую рецензию. Такую практику, как ни странно, используют некоторые отечественные журналы. За это им стыд, позор и минус в карму. А я публикуюсь только в бесплатных журналах.

Если вы такой же, продолжим.

Итак, писать надо, надо писать много, а не получается. Что делать?

Путь к написанию статьи

И тут я вспомнил, что умею хорошо программировать. Значит — формулировать алгоритмы. «Ну-ка, придумай алгоритм написания статьи», — сказал я себе и сел думать.

Первое, что я придумал: надо четко решить, о чем писать не надо.

Надо решить, о чем не писать

Этот совет подсмотрел у Темы Лебедева «Выбор направления деятельности».

Этого совета достаточно и дальше можно не читать. Потому что дальше я рассуждаю узко, о чем сам не буду писать.

Не писать локальные заметки

Итак, я не буду писать локальные заметки. Это заметки о состоянии чего-то там в каком-то маленьком районе в какой-то конкретный момент времени.

Локальные заметки имеют примерно такие названия:

• Новые данные о динамике состава чего-то там в вершинной части Севастопольской бухты
• Загрязнение вод крымского побережья Черного и Азовского морей чем-то там зимой 2016 года
• Изменчивость пространственного распределения чего-то там в фотическом слое Черного моря летом 2018 г.
• Сезонная изменчивость чего-то там у берегов Кавказа в 2020 г.

Принцип понятен: в таких статьях описано локальное явление, которые обычно никак не связано с другими и не понятно, будет ли это явление исследоваться дальше в том же районе или в другие сезоны. Научная ценность таких результатов — мизерная.

Ценен результат, а не премия

Если вас не беспокоит качество исследований, а важны деньги — пишите обо всем. Но это похоже на занятие бизнесом только ради денег — люди от этого ломаются. Если же вас, в первую очередь, интересует результат, то подумайте, насколько ваше исследование полезно другим и насколько вам интересно про него писать. Если видите, что есть польза и интерес — пишите. Не видите, тогда подумайте как повысить пользу.

Пишите не ради баллов, а ради общей пользы и так, чтобы вам самим было интересно писать и перечитывать написанное

Для просветления рекомендую настоящим ученым послушать лекции Людвига, почитать ЖЖ и покопаться в «Соли».

Успехов.

С апреля у меня резко, на порядок, увеличилось число читателей блога. Сначала подумал, что пришло заслуженное признание. Но изучение логов показало, что это боты.

Боты мне раньше гадили в комментариях. Примерно так:

Тогда я заблокировал серию ай-пи и закрыл комментарии ко всем заметкам.

В новых версиях Эгеи Илья Бирман улучшил защиту от ботов-комментаторов и мусор оттуда исчез. Но боты остались и стали накручивать число посетителей. Это нечестно по отношению к читателям и создает у меня ложные иллюзии.

Даю рецепт, как запретить ботам читать блог. Он основан на  совете из базы знаний Аквиа.

Избавляем Эгею от ботов

Заходим в каталог блога Эгеи, открываем .htaccess и в начало файла дописываем три следующих строчки:

RewriteEngine on

RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} 11A465|Ahrefs|ArchiveBot|AspiegelBot|Baiduspider|bingbot|BLEXBot|Bytespider|CCBot|Curebot|Daum|Detectify|DotBot|Grapeshot|heritrix|Kinza|LieBaoFast|Linguee|LMY47V|MauiBot|Mb2345Browser|MegaIndex|MicroMessenger|MJ12bot|MQQBrowser|PageFreezer|PiplBot|Riddler|Screaming.Frog|Search365bot|Seekport|SemanticScholarBot|SemrushBot|SEOkicks|serpstatbot|Siteimprove.com|Sogou.web.spider|trendictionbot|TurnitinBot|UCBrowser|weborama-fetcher|Vagabondo|VelenPublicWebCrawler|YisouSpider [NC]

RewriteRule ^.* - [F,L]

Первая — разрешает использовать правила переадресации. Вторая — сопоставляет имя программы посетителя с перечисленными именами ботов. Третья — запрещает читать страницы блога, если найдено совпадение имен.

Проверю действие на этой заметке. Если за три дня у нее не будет сотен прочтений, значит правила работают.

На этом все.

Где-то читал, что одна из причин, по которой блог надо вести на своем домене, состоит в том, что:

Материал из собственного блога вряд ли внезапно пропадет или станет недоступным

И вот убедился в правоте этой гениальной мысли. Я сейчас переживаю карантин в Крыму и пытаюсь зайти на Хабр. Но меня не пускают.

Зайти получается только через ВПН. Санкции американские, однако. А я думал туда что-то написать. Теперь нет — пишу только здесь.

Апдейт
Хабр доступен, но смысл заметки от этого не поменялся.

С точки зрения теории эволюции организм стремится приспособиться к окружающей среде. Для этого он отращивает разнообразные органы и обтачивает их морфологию в процессе борьбы за существование.

Морфологическая структура есть адаптация к окружающему миру

Так организм отращивает хвост, чтобы ловко отмахиваться от мух; рога, чтобы защищаться от врагов; копыта, чтобы быстро ходить по каменистой почве; дышит серой, потому что это энергетически выгодно.

Черт Алексея Монжалея

Если использовать линейную шкалу полезности адаптаций, то получим два крайних варианта. Морфологическая структура есть либо эффективно действующий инструмент, либо бесполезное приспособление. Последнее организму уже не нужно, но он от него еще не успел избавиться.

Детальное рассмотрение разнообразия эволюционных адаптаций можно найти в многочисленной литературе.

Если морфологическая структура выполняет какую-то функцию в жизнедеятельности организма, значит первейшая задача биолога — понять функциональную роль наблюдаемой структуры.

Понять — это ответить на вопрос как

• Как работает морфологическая структура?
• Какую пользу или вред она приносит?
• Как она связана с другими частями?
• Как она возникла?

В 95% случаев систематики отвечают на вопрос что.

• Что я вижу?
• Что за название у этой структуры?
• Что писали про нее до меня?
• Неужели комбинация найденных штук раньше в литературе нигде не упоминалась?
• И что с этим делать?

Батеньки-родные, да я новый вид описал! Осталось встроить его в «естественную систему» классификации живых существ.

Блин, не встраивается. Все наперекосяк. Ну да ладно, наболтаю что-нибудь про своеобразный изгиб эволюционного пути развития жизни.

Эволюционные изгибы древа жизни. Круциал консидерейшенс

Систематик всего лишь выполняет рутинную работу. Он перелопачивают гору напечатанного материала с описаниями видов, чтобы проверить, есть ли у найденной комбинации морфологических структур (хоть) какое-то отличие от известных. Если отличие найдено, и, к тому же, подобные отличия описаны у авторитетов, значит зарегистрирован новый вид. Функцией практически никто не занимается.

Систематика — обычная рутина

Особенно хорошо подобная рутина видна среди систематиков-днк-рнк-штрихкодеров. Эволюционное (филогенетическое) дерево строит алгоритм, думать вообще не нужно.

На вопрос как пытается ответить функциональный морфолог. Он использует знания по физике, строит математические модели, ищет аналоги структур среди искусственных механизмов и живых организмов, рассуждает, выдвигает гипотезы, доказывает. В результате функциональный морфолог выясняет биофизическое значение морфологический структуры. Именно по этой причине работы функциональных морфологов интересно читать. В них видна мыслительная деятельность.

Функциональная морфология объясняет как работает морфология организма

Таким образом, систематик основывает исследования морфологических структур на рутинном поиске отличий, а функциональный морфолог — на применении естественных физических законов. Почему тогда право объяснять происхождение жизни отдано систематикам, а не функциональным морфологам? Ведь объяснения систематиков — всего-лишь гадание на кофейной гуще.

Геодезическое расстояние измеряют вдоль произвольной траектории, не обязательно прямой.

Путь из А в Б по хорошему шоссе и путь из Б в А по битой грунтовке — два разных геодезических расстояния

Например, если велосипедист выехал из точки А в точку Б по извилистому шоссе, то пройденный путь будет учитывать все изгибы дороги. Он соответствует геодезическому расстоянию измеренному вдоль шоссе. Если навстречу ему выедет другой велосипедист, но он решит кое-где сократить дорогу по грунтовке, то его путь из точки Б в точку А будет меньше. Соответственно меньше будет и измеренное геодезическое расстояние.

Геодезическое расстояние зависит от выбранной траектории

Такое определение геодезического расстояния отличается от классического. Однако, именно оно используется в биологии, например, для описания ветвления растений или морфогенеза животных.

Об этом поговорим в другой раз.

Когда у меня накопилось больше тысячи фотографий диатомовых водорослей, полученных на сканирующем электронном микроскопе (СЭМ), я понял, как надо правильно определять виды.

Малая часть моей коллекции СЭМ-фотографий диатомовых. Она собрана за пять месяцев. У тех, кто исследует диатомовых десятки лет, таких фотографий — миллион

Одновходовые дихотомические ключи тут не помогают. У них много недостатков, но главное — они не позволяют определить любой вид.

Определитель диатомовых водорослей планктона Черного моря, изданный в 1955 году А. И. Прошкиной-Лавренко. Он до сих пор востребован как источник видовых и родовых описаний и иллюстраций. А дихотомическим ключем никто не пользуется

Многовходовые определительные ключи-таблицы позволяют различить небольшое число объектов. Максимум — несколько десятков, но точно меньше сотни. Потому что, чем больше объектов, тем сложнее охватить взглядом таблицу.

Таблица с признаками некоторых навикулоидных диатомовых. Признаки и значения закодированы числами. Cox, Williams, 2006

Кроме того, никто до сих пор не составил таблицу с признаками всех видов диатомовых. Или, хотя бы, родов. Или — семейств. Такая таблица не существует.

В любом ключе используемые термины должны быть понятны читателю любой квалификации. Иначе он запутается. А в терминологии диатомовых есть разногласия, неточности формулировок и неоднозначный смысл. Вот попробуйте разобраться, чем велум отличается от волы, вирги, вимина и инфундибулюма.

Фрагмент из словаря морфологических терминов диатомовых, изданном Гогоревым с соавторами (2018)

Поэтому тот, кто пытается эффективно определить множество видов, не использует определительный ключ.

Никто не пользуется определительным ключом

Вместо этого исследователь сравнивает картинки. Он кропотливо сопоставляет то, что видит, с тем, что опубликовано в статьях, книгах и на сайтах. Он планомерно сравнивает изображение водоросли с изображениями представителей известных видов до тех пор, пока не заметит явную схожесть. Внешнее сходство — сигнал о том, что водоросль с большой вероятностью относится к данному роду или виду. Чтобы убедиться в полном соответствии, исследователь сравнивает признаки. Только на этом этапе, он может пройтись по определительному ключу.

Настоящая идентификация заключается в кропотливом сличении картинок

Еще один легкий прием определения вида — спросить у другого. Можно спросить лично у знакомого систематика, поинтересоваться на форуме или задать вопрос на Ресечгейте. Правильный ответ не гарантирован, но ответы могут подсказать где искать.

Спросить у другого — эффективный способ видовой идентификации

Таким образом я узнал рода диатомовых из акватории Кабо-Верде и вид мелкой азовоморской диатомовой, на основании которого мы описали новый вид диатомовой Minidiscus vodyanitskiyi.

Перед сличением картинки необходимо систематизировать

Осознание принципа определения видов путем сличения изображений подтолкнуло меня к идее создать «Фотосистематизатор». Он поможет разобрать огромную кучу фотографий.

Совпадение зафиксировано. Выделенные экземпляры — это Pteroncola inane. Осталось идентифицировать еще 14372 организма

Расскажите о своем опыте идентификации видов. Согласны с тем, что все определительные ключи бесполезны? Может быть знаете другие способы определения? Пишите в комментариях или на почту: me@atonlyakh.ru

Между прочим, в предыдущем абзаце я использовал прием спросить у другого.

Удачи.

Придумал удобную структуру для хранения дерева таксономических имен. Хочу опубликовать ее в статье на английском языке, желательно в возовском журнале.

Статья небольшая. Техническая. C примерами систем, где используется описываемая структура БД. Примеры из биологии.

За публикацию платить не хочется. Поэтому ищу бесплатный журнал или журнал с невысокой оплатой за статью (до 500 евро).

Не подходят из-за высокой цены (больше 500 евро)

• Database
• PeerJ
• PlosONE
• Environmental Systems Research

Более-менее подходит (до 500 евро)

• Biodiversity Data Journal

Скорее-всего не подойдут по тематике

• Environmental Monitoring and Assessment
• Environmental Management

Надо пробовать

• Journal of Environmental Management
• Ecological Informatics

Пишите в комментариях или на Ресечгейте.