Я немного умею складывать, но от вычитания у меня всегда кружится голова

Позднее Ctrl + ↑

Перезагрузка

Настало время перезагрузить блог.

Первоначальная задумка о том, что я буду писать только о таксономических информационных системах, проектировании биологических баз знаний, геометрических формах живых организмов, прикладных геометрических методах в биологии и разных аспектах морфологии микроводорослей — потерпела фиаско. Заметки стали перемежаться эмоциональными всплесками по поводу нерадостных дел в институте и прочими отвлеченными темами.

Хотел выстроить идеальный блог-справочник для ребят, делающих первые шаги в компьютеризации биологии, в частности морфологии и систематике, но получилась каша. Мне она надоела. С этого момента буду стараться не имеющие к теме блога заметки хранить в другом месте, а в блоге буду придерживаться заявленной темы.

Ответвления естественно будут — таки-это мой личный блог. Строгого паспортного контроля в каждой заметке проводить не буду, но генеральную линию блога этим постом обозначил.

Если вас интересуют темы блога, и вы хотите от меня услышать что-то более предметное, пишите в коментариях.

Йога, медитация и вегетарианство вредны для мозга

Я как-то писал об асанах йоги Патанджали, практикуемых в школе Виктора Бойко. Беседа учеников о том, стали ли вы меньше думать после занятий йогой, показывает, что йога стимулирует выработку решений: процесс мышления после занятий йогой уходит в подсознание и решение со временем появляется само собой.

Однако, по мнению профессора Савельева, медитация, йога, вегетарианство и прочие «восточные» практики приводят к отключению мозга, то есть для интеллектуального развития крайне вредны.

Таким образом вегетаринство — вред и мясо нужно есть, особенно детям!

Мясо надо есть

Йога предпочтительнее медитации, так как способствуют выздоровлению, тогда как медитация только снимает нервный стресс (напряжение).

Йога полезнее медитации

Если хотите быть в здравом уме до глубокой старости и сохранить потенцию — занимайтесь интеллектуальным трудом.

Чтобы сохранить мозг, решайте задачи

В целом выводы делайте сами.

Ссылки для работы — 1

Построение векторной границы растровой области

Столкнулся с необходимость написать алгоритм для преобразования растровой области в векторный многоугольник. Границы многоугольника должны проходить по границам растровой области. Нашел алгоритмы:

  1. Движущихся квадратов (marching squares). Простейший.
  2. Четыре других алгоритма. Среди них наиболее удачен «More-Neighbour tracing. Using Jacob’s stopping criterion will greatly improve the performance of Moore-Neighbor tracing making it the best algorithm for extracting the contour of any pattern no matter what its connectivity.»

Заливка области цветом

Написанный мною алгоритм заливки области с использованием рекурсивных вызовов привел к переполнению стека. А в Википедии есть алгоритмы, основанные на очереди и стеке.

Сила примеров

Это выжимка из заметки Антона Жиянова. Антон снимает шелуху с интерфейсов, обнажая их идеальную сущность.

[...]

Для меня лучшая формула обучения чему угодно — «порция теории + вагон примеров». Забавно, что при этом для большинства преподавателей (да и вообще профессионалов) выдать примеры — огромная трудность.

Любой спец с лёгкостью напишет, как «лучше быть богатым и здоровым, чем бедным и больным» — но заскрипит на примерах. Если попросить профи написать статью — он изложит десяток хороших и правильных принципов, и в лучшем случае один натужный пример (хорошо если не выдуманный).

Я думаю, что успех рассылок и курсов Ильяхова именно в том, что он всегда и всё подаёт на примерах. То же самое в других хороших курсах — например, «Аналитике для предпринимателей» Алексея Куличевского или «Better Web Type» Матея Латина. То же самое стараюсь делать и я в «Интерфейсах для нормальных людей».

Кажется, от примеров выигрывает всё что угодно.

Используем цвет для обозначения названий таксонов

Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе

В электронной коллекции морских паразитов я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:

  • Названия родов и видов начертаны курсивов, а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют правила оформления таксономических имен.
  • Валидные (действующие) названия таксонов покрашены в синий цвет, а синонимы — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.
  • За синонимом → идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.
  • Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию, помечены фоновым цветом.
  • Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).

На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.

***

Намедни открыл страницу Альгабейз, а там — невалидные таксоны выкрашены серым валидные таксоны выкрашены в синий.

Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в синий серый, и валидные названия не отличались от синонимов.

Ждем продолжения от ВОРМСа и Энциклопедии жизни.

Золотые слова

Андрей Плахов вместе с двумя коллегами описали необычный космический объект, который вращается вокруг звезды KIC 8462852. Но дело не столько в нем, сколько в золотых словах Андрея.

[...]

  1. Не боги горшки обжигают. И я, и два моих соавтора не профессионалы (правда, Bruce Gary много лет работал радиоастрономом, в том числе в JPL, но он давно на пенсии).
  2. Человеческая жизнь обладает очень высокой потенциальной плотностью. Может показаться, что на эту деятельность, не имеющую прямого отношения к остальной моей жизни, я должен был потратить гигантские ресурсы, и от этого пострадала или моя работа, или семейная жизнь, или здоровье. На самом деле на всё про всё ушло несколько разрозненных выходных, в общей сложности, может, часов тридцать. Это эквивалент просмотра пары сезонов «Игры Престолов» (которую я так и не посмотрел, возможно, и из-за этого).
  3. Английский язык это единственное средство международного общения и огромное преимущество, если хочешь добиться хоть чего-нибудь. Быть носителем этого языка в качестве родного — огромная фора. К этому можно относиться с сожалением или нейтрально, но это факт.
  4. Абсолютным ресурсом является взаимное доверие и чистые помыслы. Моего первого соавтора зовут Мохаммед (этот факт он везде, кроме официальных документов, скрывает, предпочитая называть себя Рафик), и мы находимся в абсолютно разных культурных контекстах. Первоначально это обстоятельство вызывало у меня заметное, хоть и неопределенное, беспокойство. Но мне даже не очень за это стыдно, потому что он, в свою очередь, узнав, что я из России, первым делом попросил меня подписать формальный NDA :) Тем не менее, эти глупости мы преодолели очень быстро, поскольку оба не интересуемся индексами цитируемости, вопросами приоритета, и, конечно, не имеем в этой истории каких-то денежных интересов. Это позволило нам интегрировать третьего соавтора мгновенно и в итоге привело к появлению в ноосфере пусть и небольшого, но принципиально нового куска знания.
  5. Человеческая жизнь не кончается ни в 30, ни в 40, и пока ты жив, ты что-то можешь. Одному их моих соавторов за 60, второму вообще под 80 лет. Я узнал об этом совершенно случайно (мы знакомы только по переписке) и ближе к концу работ.
  6. Синергия это здорово. Я умею писать программы, R. Bourne обладает огромной астрономической эрудицией и способен аккуратно и въедливо генерировать гипотезы и дорабатывать численные результаты до достижения «физичности», а B. Gary фантастически хороший наблюдатель, обладает необходимой аппаратурой и, что также немаловажно, знает, как принято писать и печатать статьи в этой области. По одиночке мы едва ли что-то сделали бы.

Вообще, я уверен, если бы все в мире доверяли друг другу и были чисты помыслами, за жизнь одного поколения можно было бы построить хоть коммунизм, хоть либертарианство, хоть царство Божие, и они не так уж отличались бы друг от друга. Жаль, что это не так, но стоит пытаться поддерживать хотя бы островки такого поведения и хотя бы иногда.
[...]

В Ялте сотрудники Никитского ботанического сада выращивают безвирусные растения

Приятно радуют достижения коллег-крымчан.

«Задача состоит не в том, чтобы вылечить взрослое растение — такую цель мы и не ставим перед собой. Реальный путь другой — получить новый экземпляр растения, изначально свободный от вируса, который в дальнейшем был бы устойчив к нему. Задача очень трудная, но решаемая. Нам удаётся полностью освободить от вируса крохотную, в несколько клеток, часть почки — меристему. Из меристемы в нашей лаборатории получают полноценные побеги, которые в дальнейшем развиваются в абсолютно здоровые растения.»

Молодцы.

Об определении паттерна в Википедии

Увидел в Википедии заумное определение паттерна:

Паттерн — схема-образ, действующая как посредствующее представление, или чувственное понятие, благодаря которому в режиме одновременности восприятия и мышления выявляются закономерности, как они существуют в природе и обществе.

Но потом авторы исправились и написали просто:

Паттерн [...] повторяющийся шаблон, или образец. Элементы паттерна повторяются предсказуемо.

И указали важную деталь, полезную для моделирование природных паттернов:

Паттерны в природе [...] имеют математически описываемую структуру, которая может быть выражена формулами.

Вся заметка интересно описывает разновидности природных и других паттернов.

Конференции по ботанике, альгологии и экологии в 2018 году

Заметка будет обновляться в течение 2018 года
Обновлена 27 ноядря 2017

Водоросли: проблемы таксономии, экологии и использование в мониторинге

IV Всероссийская научная конференция с международным участием
24—28 сентября 2018, БИН РАН, Санкт-Петербург

Регистрационная форма до 1 февраля 2018.
Материалы (5 стр.) до 20 апреля 2018.
Оргвзнос: 1500 руб. до 30 марта 2018, после 1800 руб.

Эл. почта оргкомитета: algology2018@binran.ru

IV (XII) Международная ботаническая конференция молодых ученых

22—28 апреля, 2018, БИН РАН, Санкт-Петербург

Тезисы до 1 марта 2018

Эл. почта оргкомитета: mol2018@binran.ru

Загрязнение морской среды: экологический мониторинг, биоиндикация, нормирование

Всероссийская конференция (с международным участием)
ФГБУН ИМБИ, Севастополь

Первое информационное письмо

Даты проведения и сроки подачи тезисов не известны.

25th International Diatom Symposium

5—30 June 2018, Berlin, Seminaris & Botanical Garden

Тезисы до 1 апреля 2018
Оплатить оргвзнос до 1 марта 2018

IMDIS 2018. International Conference on Marine Data and Information Systems

5-7 November 2018, Barcelona

Данных о датах еще нет.

 59   2017   конференция

Научные синопсисы — 1. О предмете биогеографии и методе Брайн-Бланке

Синопсис — краткое изложение чего либо в небольшом обзоре.

На Элементах публикуют синопсисы статей из «Журнала общей биологии». Авторы кратко, доступно и, часто, интересно пересказывают содержание работ. Так как наша библиотека журнал не выписывает, то синопсисы помогают мне узнать, что там написано.

О предмете биогеографии. Существуют ли объективные границы между биогеографическими районами, или они условные? Так и не ясно.

Метод Браун-Бланке: азбука геоботаники или ее эпитафия?. Метод классификации Браун-Бланке всего лишь описывает портрет растительного покрова без привлечения дополнительных экологических критериев.

Научные названия организмов пишем курсивом и с большой буквы

Нашел хорошую краткую памятку на английском про оформление видовых названий организмов в тексте. Кратко: видовые названия пишем курсивом и с заглавной.

The genus name for an organism is a proper noun, so it is capitalized. The species name is an adjective, and is not capitalized. Both are Latin, a foreign language, so the entire name is italicized, like this:

  • Homo sapiens
  • Brassica rapa
  • Entamoeba histolytica.

Because it is a proper name, it usually doesn’t act as an adjective. Say «Brassica rapa has been studied», or «plants of Brassica rapa have been studied», rather than «the Brassica rapa plants have been studied». This last sounds rather like «the Jane Smith person».

The second time you refer to a species, you may abbreviate its name by using the first initial of the genus: B. rapa. Obviously this only works when the name is unambiguous. In a paper about human gut organisms, for example, you’d have to distinguish between Eschericia coli (a bacterium) and Entamoeba coli (an ameba).

Курсивом, с заглавной так же надо писать все прочие названия таксонов любого ранга — несмотря на правила кодексов.

Быстро типографируем текст перед показом на странице

Перед показом текста на странице его надо обработать по правилам типографики. Это может сделать «Типограф» Студии Лебедева, «Типограф» Дениса Селезнева или свой движок.

Если текст написан и не меняется, то его не надо все время типографить. Достаточно оттипографить один раз, сохранить результат и выводить его до тех пор, пока текст снова не изменится.

Для этого использую такой механизм.

  • Создаю исходный текст и сохраняют его в файле с расширением «in».
  • В коде страницы вызываю функцию typo_file( ’имя_файла_с_текстом’ ), которая выводит на страницу оттипографированый текст. Имя файла указывается без расширения.

Функция typo_file( $filename ) делает следующее:

  1. Ищет файл $filename с расширением «in».
  2. Ищет файл с таким же именем и расширением «out».
  3. Сравнивает даты модификации файлов.
  4. Если «out» изменен позже, чем «in», возвращает содержимое «out».
  5. В противном случае типографит содержимое «in», записывает его в «out» и возвращает результат в основной поток.

Код функции typo_file на ПХП:

<?php

function typo_file( $file_name, $input_extension = '.in', $output_extension = '.out' ) {
   if ( !file_exists($file_name.$input_extension) )
      return '';

   $in_time  = filemtime($file_name.$input_extension);
   $out_time = file_exists($file_name.$output_extension) ? filemtime($file_name.$output_extension) : $in_time-1;

   if ($out_time < $in_time) {
      // типографим содержимое файла
      $in_file  = file_get_contents( $file_name.$input_extension );
      $out_file = typo( $in_file );
      // записываем данные в новый файл
      file_put_contents( $file_name.$output_extension, $out_file );
   } else
      $out_file = file_get_contents( $file_name.$output_extension );

   return $out_file;
}
?>

Функция typo типографит текст удобным вам способом.

Содержимое основной страницы выглядит так:

<?php
// …

echo typo_file( ‘page_content’ );

// …
?>

Вместо файла с результатом, можно использовать базу данных. В нее заносить оттипографированный текст и время последнего изменения. Ключ для доступа к записи — имя файла.

Наблюдение 2. Альтернативно-историческое

В рассказе Ольги Ларионовой «Сказка Королей» инопланетнин Юп приводит главному герою Артему три гипотезы зарождения жизни на Земле. Все три являются синтезом высказываний альтернативного-историка Андрея Склярова — основателя ЛАИ.

Первая:

«Много десятков тысяч лет назад, — зазвучал из темноты голос Юпа, — мы были такими же, как вы. Впрочем, мы, вероятно, и тогда были мудрее и осторожнее вас. Мы достигли предела человеческих знаний — в нашем распоряжении были корабли, которые могли доставить нас в любую точку галактики, и даже за ее пределы. Мы сумели продлить свою жизнь на неограниченный срок, победив все болезни и даже старость, мы смогли... впрочем, ты даже не поймешь меня, если я буду дальше перечислять все то, что мы познали, открыли и сумели. Так вот, в своем жадном стремлении все увидеть, все понять и все познать мы прилетели однажды на третью планету одной непримечательной периферийной звездочки. Невероятно, но мы обнаружили там условия, аналогичные нашим в момент появления на нашей планете разумного существа... И мы встретили такое первичное существо. Полуобезьяну. Дикаря. И с тех пор мы стали пристально следить за вашей планетой. Мы уничтожали диких зверей, грозящих первым человеческим стаям, мы учили ваших дикарей пользоваться огнем и орудиями труда, мы подарили им сведения, до которых они не смогли бы сами додуматься, и они начали развиваться быстрее, запоминая наши уроки и забывая нас самих. Мы помогали вам на заре вашего человечества, мы были вашими няньками и учителями... Ну что, тебя устраивает такое объяснение?»

Вторая:

«Тогда я предложу тебе второй вариант. Мы нашли на вашей планете условия, в которых мог развиваться разум. Но разумного существа мы не нашли. И тогда группа наших людей... хотя бы беглецов, покинувших нашу планету по политическим соображениям, решила обосноваться на вашей Земле. К сожалению, они не рассчитали своих возможностей и через несколько поколений одичали. Четыре группы беглецов, прибывшие в разное время на вашу планету, создали четыре земные расы. Разве не правдоподобно?»

Третья:

«Вот тебе еще одна: мы не оставили на Земле людей. Но, вернувшись на родину, мы предположили, что когда-нибудь нам могут понадобиться существа, подобные нам. Мы не могли предвидеть всего, что ждало нас в будущем, но нас грызла смутная тревога. Мы находились на вершине знаний и возможностей, и вдобавок мы были очень осторожны. И тогда мы создали биороботов, да, саморазвивающихся биороботов, взяв за основу ваших обезьян. Потому-то вы и не можете найти переходное звено между последней обезьяной и первым человеком. Мы высадили вас на каждом континенте в надежде, что выживет хотя бы одна группа. Выжили все. Выжили и развились. Развились и начали задавать себе вопрос: а для чего живет человек? Для чего существует все человечество? Разве нет?»

Синтез:

«Мы прилетели однажды на третью планету одной непримечательной периферийной звездочки и обнаружили там условия, аналогичные нашим. [...] И тогда группа наших людей... хотя бы беглецов, покинувших нашу планету по политическим соображениям, решила обосноваться на вашей Земле. [...] Мы создали биороботов, да, саморазвивающихся биороботов, взяв за основу ваших обезьян. Потому-то вы и не можете найти переходное звено между последней обезьяной и первым человеком. Мы высадили вас на каждом континенте. [...] Мы учили ваших дикарей пользоваться огнем и орудиями труда, мы подарили им сведения, до которых они не смогли бы сами додуматься, и они начали развиваться быстрее, запоминая наши уроки и забывая нас самих.»

Ранее полагал, что первоосновой размышлений Андрея Склярова был «Обитаемый остров» братьев Стругацких. Теперь считаю, что это «Сказка королей» Ольги Ларионовой.

P. S. Это заметку я начал писать еще до смерти Андрея Юрьевича. К сожалению он умер в сентябре 2016 года.

Очень жаль.

После его смерти ЛАИ перестала генерировать новые идеи. Она сосредоточилась на бесконечных доказательствах высокотехнологического происхождения каменных построек и предметов, изучении свойств пирамид и коммерческой деятельности. Фонтан идей иссяк. Стало скучно.

Роль личности в любой истории велика.

Журналы для научных публикаций — 2

Математическая биология и биоинформатика. Публикует оригинальные научные статьи по применению теории алгоритмов, методов прикладной математики и статистики для решения биологических задач.

Тематика:

  • биоинформатика, применение алгоритмов и статистических процедур для анализа огромных объемов информации, порождаемой высокотехнологичными методами экспериментальной биологии и молекулярной генетики;
  • математическая биология, формализация и математическое моделирование биологических объектов и их сообществ;
  • вычислительная геномика, изучение структуры и функций геномов клеток и организмов;
  • молекулярное моделирование, математическое моделирование биологических процессов, включая имитационное моделирование;
  • структурная биология, моделирование и предсказание по экспериментальным данным структур биомолекул и их комплексов;
  • вычислительная биохимия и биофизика, кинетические и термодинамические модели клеточных процессов и их взаимодействий, методы молекулярной динамики.

Является рецензируемым двуязычным (рус. и англ.) научным периодическим изданием.

Входит в ВАК, РИНЦ и Скопус.

P. S. Завернул нашу статью о структуре таксономической базы данных :-).

Центрические и пеннатные диатомовые отличаются половым процесом

В прошлый раз я рассказал о том, что центрические и пеннатные диатомовые отличаются текстурой створок.

Помимо этого у них разные типы полового процесса: у центричных — изогамия, у пеннатных — оогамия.

Стадии полового процесса у пеннатной диатомовой Sellaphora auldreekie. Фото со страницы Альга Волда

Изогамия, значит, что у центричных диатомовых нет пола. Поэтому любая центричная диатомовая способна спариваться с любой другой центричной диатомовой того же вида. Если захочет.

Оогамия, значит, что у пеннатных диатомовых есть мужские и женские организмы — и только между ними возможен секс.

Секс в культурах диатомовых

Диатомовые размножаются двумя способами. Либо водоросль делится на две новых, при этом набор генов у потомков не меняется. Либо она вступает в половой процесс с партнером противоположного пола, тогда у потомков меняется генетический набор. Так как у центричных и пенатных диатомовых типы полового процесса отличаются, это влияет на генетическое разнообразие организмов, культивируемых в искусственных условиях.

Культуру диатомовых, и, вообще, любых микроводорослей, выводят из единственного организма. Вылавливают микроводоросль, помещают в чашку с питательной средой, создают комфортную температуру и регулярно освещают. Микроводоросль от этого начинает делится и размножаться. И образует одновидовую культуру. Так как все микроводоросли происходят от единственного предка-Адама, то после деления они получаются генетически однородными. Половой процесс меняется генетическую однородность и помогает организмам эволюционировать.

Изогамия повышает генетическое разнообразие диатомовых внутри одной культуры, а оогамия — нет

Изогамия помогает скрещиваться центричным диатомовым внутри одной культуры. У потомков меняется генетический набор, следовательно генетическое разнообразие центрических диатомовых из одной культуры со временем повышается.

При оогамии должны встретиться мужские и женские особи пеннатных диатомовых. Но пол диатомовых после деления сохраняется таким же, как у родителя. Поэтому пеннатные диатомовые из одной культуры могут только делиться, следовательно разнообразие генов в такой культуре не меняется.

Изогамия помогает скрещивать любые культуры центричных диатомовых одного вида, а оогамия — нет

В некоторых случаях культуру диатомовых надо разбавить новыми генами. Для этого берут культуры микроводорослей, произошедшие от разных индивидов одного вида, и пытаются скрестить.

Изогамные центричные из разных чашек запросто скрещиваются. А оогамные пеннатные скрещиваются, только если в пробирках окажутся мужские и женские особи. Если исследователю не повезло, и в культурах все особи пеннатных одного пола, скрещивания не получится. Генетический материал останется однородным.

Изогамия и оогамия помогают отнести диатомовую к центричным или пеннатным

Когда ученый сомневается, какая диатомовая перед ним: центричная или пеннатная, он проводит эксперимент. Разводит культуры из нескольких водорослей и пытается их скрестить. Если удается при любой комбинации культур — значит это центричные диатомовые. Если удается в некоторых случаях или не получается совсем — значит пеннатные.

Оогамия помогает поддерживать чистые генетические линии диатомовых, а изогамия — нет

Для проведение генетических опытов важно иметь чистую генетически однородную культуру организмов. Такую культуру можно получить только из пеннатных диатомовых водорослей, потому что пеннатные водоросли из одной культуры скрещиваться друг с другом не могут.

Половой процесс помогает доказать, что диатомовые из разных культур относятся к одному виду

Некоторые виды диатомовых столь похожи, что их сложно отличить по морфологическим признакам. Поэтому пойманных диатомовых пытаются с крестить с известными культивируемыми видами. Если получится, значит видовая принадлежность водоросли установлена.

Дополнительное чтение

Cтатья Давидовича Н. А. с соавторами «Репродуктивные особенности диатомовых водорослей: значение для культивирования и биотехнологии».

Страница «Альга Волда» о половом воспроизведении диатомовых рода Sellaphora.



Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.

Центрические и пеннатные диатомовые различаются текстурой створок

Рассказ о двух больших морфологических группах диатомовых водорослей.

Кремниевый панцирь-коробочка диатомовых водорослей пронизан мельчайшими отверстиями. Их особенно много на основаниях панцирей — створках. Это перфорации створок.

Это диатомовая из Черного моря относится к роду Thalassiosira. У нее сохранилась только верхняя половинка панциря, поверхность которой сплошь пронизана отверстиями. Фото Е. Д. Бедошвили и А. М. Лях

В зависимости от строения, перфорации делят на ареолы и поры.

Пора — это простая дырка.

Ареола — это сложно устроенная дырка. Она накрыта с обеих сторон кремниевыми крышечками, на которых тоже есть отверстия. Одна из крышечек содержит одно большое отверстие — форамен. Вторая — пронизана маленькими порами. Она называется крибрумом, а поры — крибральными порами. Крибральные поры тоже покрыты крышечками — крибеллумом, которые пронизаны совсем-совсем маленькими порами. Они уже ничем не покрыты. Внутренняя часть ареолы называется камерой.

Ареола в разрезе. Рисунок из статьи в Нейче

Есть еще другие типы отверстий, но они не многочисленные, и не о них сейчас речь.

Перфорации формируют текстуру створки. Внешний вид и количественные характеристики текстуры — важный таксономический признак. Он помогает человеку различать таксоны диатомовых. Кроме того текстура помогает организму жить.

Исследователи давно заметили, что по строению текстур диатомовых можно отнести к двум группам: центричным и пеннатным. У центричных ареолы расходятся из одной точки — центра, а у пеннатных — от линии. Поэтому название центричных происходит от слова «центр», а пеннатных от лат. «penna» — перо, на которое похожа текстура.

Текстура центричных начинается из точки (слева), пеннатных — от линии (справа). Фото по краям Е. Д. Бедошвили и А. М. Лях, рисунок в центре из «библии диатомологов»

В этом, собственно, и состоит основное отличие центричных диатомовых от пеннатных.

Повторю. Центричные и пеннатные — это две большие морфологические группы диатомовых, которые отличаются способом построения текстуры. Это две параллельные линии эволюции диатомовых водорослей.

—-

Наблюдение 1. Осы на балконе

Наткнулся у avva на заметку о бабочках мигрантах, которые через четыре поколения непонятно как возвращаются на старое место из Северной Америки в Мексику.

Вспомнил, что когда-то на нашем балконе долгое время жили осы. Балкон был старым — осы могли свободно пролетать сквозь щели.

Потом мы балкон застеклили.

Прошло много лет — у ос сменилось много поколений. Но сейчас, когда мы не ставим москитную сетку, к нам опять залетает осы и направляются в тот самый угол, где когда-то было осиное гнездо.

Возможно это совсем другие осы, которых привлекает наш балкон. Первые осы его за что-то же выбрали.

Возможно уличные осы планомерно заглядывают в любые доступные полости. Так как залететь на балкон легко, а вылететь — нет, то осы остается в плену, а я считаю, что они балкон выбрали.

Возможно осы каким-то образом передают приобретенные знания следующему поколению, потом следующему, то есть эти знания живут долго. Тогда к нам прилетают дальние потомки прошлых жильцов. Мстить.

Возможно давление ос на улице значительно превышает давление ос на балконе. Так как давление стремиться выровняться, то осы залетают с улицы на балкон.

:-)

Факт имеет место быть.

Умер Сергей Михайлович Игнатьев

Умер в субботу 12 агуста 2017 года после возвращения из экспедиции по Черному морю. Умер большой человек, грезивший морем. Он собираил фотографии кораблей, он был влюблен в корабли, он жил кораблями и мечтал умереть в море. Его желание практически исполнилось.

Сергей Михайлович в ватнике и зеленой каске руководит работами с модифицированной сетью Богорова-Раса («кастрированной», по его выражению); на откидном мостике — Володя Губанов, его сортаник по черноморским экспедициям. Фото сделано на борту судна «Профессор Водяницкий» во время 90-го рейса (конец октября 2016)

Это был хороший человек. Большой и добрый. Мне его будет не хватать.

Дополнено 17 сентября 2018 года
Большой нежный гигант напомнил Сергея Михайловича.

Как построить эллипс по пяти точкам. Плагин для Инкскейпа

Диатомовые водоросли иногда ложатся полубоком на предметный столик электронного микроскопа.

Thalassiosira proschkinae — крошечная диатомовая из Азовского моря. СЭМ. Наружняя и внутреняя поверхность створки; правая створка деформирована. Фото Е.Д. Бедошвили, А.М. Лях

Такой полуанфас бывает удобен. Он помогает понять геометрию и морфологию кремниевого панциря. Но в данном случае мне надо вернуть створке первоначальную круглую форму, так как сейчас, из-за поворота, она стала эллиптической. Для этого надо найти главные оси эллипса, чтобы понять, как он повернут.

Из аналитической геометрии известно, что любые пять точек плоскости однозначно задают коническое сечение, если никакие три их них не лежат на одной прямой. На Мат.-стакэксченже описан алгоритм построения эллипса по пяти точкам.

Все данные есть. И я уже было собрался писать программу, но нашел плагин для Инкскейпа.

После установки, он доступен в разделе Extensions → Generate from Path → Ellipse by 5 Points.

Плагин преобразует ломаную из пяти точек в эллипс. Если эллипс не получается, плагин ничего не строит. Плагин правильно решает задачу, но эллипс иногда не проходит по границе створки.

Плагин преобразует пятивершинную ломаную линию в эллипс

Допускаю, что при подготовке к микроскопированию створка диатомовых деформируется. Поэтому эллипс не совпадает.

А есть ли такой плагин для Иллюстратора?

Ранее Ctrl + ↓