Откуда взять цель
Когда нет цели и оттягиваешь дела до последнего, а потом делаешь их в жестком цейтноте, то в следующий раз надо сделать просто для того, «чтобы не бегать мыслями по одному и тому же кругу».

Главная ошибка разработчиков модульных систем с открытым кодом состоит в том, что они, вместе с функциональностью каждого блока, предоставляют дизайн.

Функциональность вместе с навязанным дизайном — злейшее зло.

Такие системы рассчитаны на продвинутого пользователя, практически не умеющего программировать. Он должен смочь установить систему, закачать и подключить плагины, и настроить их взаимодействие. На этом решение задачи обычно заканчивается.

В результате получается либо унылая панельная многоэтажка, либо нагромождение визуально не связанных элементов. Как застройка на побережье Алушты.

Крымский южнобережный хаос напоминает модульную систему с открытым кодом

Работать в такой системе не интересно и очень трудно.

Модульные системы с открытым исходным кодом любят размножаться. Они поселяются на сайтах второсортных университетов и, к сожалению, научных организаций. Ни первые, ни вторые не имеют средств, чтобы купить качественную программу или нанять хорошего программиста для разработки своего продукта.

Если денег нет, но очень хочется автоматической системы, умеющую петь, помешивать кашу и решать дифференциальные уравнения, надо:

• после установки системы избавиться от навязанного дизайна, оставив только функциональность;
• поставить перед студетом-администратором-суперпользователем интересную, сложную, посильную задачу о превращении системы из «Лады Самары», купленной для поездки на дачу, в «Тяжелого сокола» для полетов на Марс.

Если постараться, получится.

Микобанк — база данных с научными названиями грибов.

В конце 2015 года база содержала более 360 тыс. видовых, около 50 тыс. внутривидовых и свыше 3 тыс. названий высших таксонов.

Круговые диаграммы здесь не нужны — достаточно написать число таксонов

Что имеем

Простая функция перечисления всех названий видов грибов в Микобанке отсутствует. Если вы не знаете вида гриба — вы не узнаете ничего. База для гиков-микологов.

Микобанк предлагает шесть вариантов поиска: простой, базовый, продвинутый, типовых экземпляров, терминов и библиографических ссылок.

Простой поиск сложен. Пробую найти информацию о белом грибе с установленным флажком семейства — система ничего не находит.

Базовый поиск еще сложнее. Он содержит несколько полей и дополнительно предлагает сконструировать запрос. Я умею программировать и понимаю, что от меня хотят. Гики-микологи тоже разберуться, нормальные биологи — вряд ли.

После праздников промахиваюсь и пишу название вида в поле для идентификатора записи базы данных. Система ничего не находит.

В продвинутом поиске число полей в 1,5 раза больше. Ухожу с сайта.

Как надо

Для поиска достаточно оставить одно поле, а разбор запроса передать системе.

Воображаемый поиск в Микобанке

Так программировать сложно, но чтобы расти, этому надо учиться.

На чем учиться

Микобанк разрешает скачать список научных названий грибов (25 Мбт). Это большой интересный набор данных. С его помощью вы разберетесь с названиями таксонов, научитесь строить таксономическую базу данных и прокачаете навыки разработки интерфейсов.

О достижениях пишите.

Спасибо Бюро Артема Горбунова за принцип «Интерфейс — зло».

Занимаюсь исследованием формы прикрепительных крючков низших паразитических червей. Описываю форму — контур границы — при помощи коэффициентов нормированного эллиптического преобразования фурье. В процессе работы прихожу к выводу, что ориентация контура влияет на знак коэффициентов, поэтому все контуры надо ориентировать одинаково. Например, по часовой стрелке. Помещаю сей факт на задворки памяти и пользуюсь по мере необходимости.

Через некоторое время натыкаюсь на работу Кремптона (1995), где он пишет о необходимости одинаковой ориентации контуров. Для меня это уже очевидный факт — я до него сам дошел. Но теперь вроде как надо на автора сослаться, хотя он мне никак не помог. И так часто бывает.

Правило. Когда додумался сам, а потом нашел статью с такой же мыслью, то на эту статью не ссылаюсь. Если рецензент моей работы замечание не сделает, значит так и публикую.

«Йога: искусство коммуникации»

К йоге пришел не сразу. Сначала старался освоить восточные гимнастики, трансцендентальную медитацию, не хватило терпения, бросил и набрел на йогу. Пытался найти школу в нашем городе, но меня остановил, во-первых, опыт знакомой, которая рассказала, что ей чуть не сломали спину, пытаясь сложить кулечком — живот на полу между разведенными ногами (сейчас она с трудом ходит, но говорят, что это связано со стрессом), во-вторых, смутил большой выбор йог: для спины, для головы, для мужского и женского здоровья, для желудочно-кишечного тракта. Я считал, что йога, точнее хатха-йога, бывает только одна.

Потом я набрел на сайт Владимира Бойко и скачал его книгу «Йога — Искусство коммуникации». Он вовсю разносить йогу Айенгара, пишет о йоге Патанджали и асанах. Потом я подумал, что выполнение Шавасаны похоже на медитацию, и тут подвернулась заметка Людвига :-)

Далее я процитирую выдержки из статьи Александра Сергеева «Для начала».

Что такое асана?

Асана — это, согласно Сутрам Патанджали, “устойчивое и удобное положение”. И не более того! При этом достигается асана, как говорит первоисточник, при “снятии напряжения и сосредоточении на бесконечном”.

При выполнении асан должно быть абсолютно комфортно и удобно. Если Вы пытаетесь по неясной причине и с не менее загадочной целью во что бы то ни стало сложиться в три погибели, как некто на красивой иллюстрации, то важно будет вовремя для себя отметить, что к йоге это действо может не иметь никакого отношения (даже если в конечном счете тело загнулось в заветные формы). Если комфорт в позе потерян, то как ни изгибайтесь — это уже чистой воды гимнастика. Не позволяйте себе стать жертвой стереотипа о том, что для выполнения асаны нужно как-нибудь эдак изогнуться, что нужно стремиться к “идеальной форме”. Все, что Вам нужно — всего лишь пребывать в комфортном, удобном, устойчивом положении тела, устранив при этом напряжение, и “сосредоточиться на бесконечном”. Ограничивая на данном этапе вопрос чисто “физическими” рамками, получаем, что асана (исключаем из рассмотрения ментальный аспект) — это любое удобное, устойчивое положение. Именно от этого и имеет смысл отталкиваться.

Как выполнять асану?

Нигде не говорится, что для достижения асаны нужно научиться закладывать ноги за шею или складываться пополам. Также нигде не запрещается упрощать, подгонять под свои собственные физические кондиции, которые вы имеете на сегодняшний день (и которые изменяются во времени), тот канонический вид позы, который столь привлекает своей красотой на страницах книг или журналов. Первоисточник говорит нечто совсем другое, а именно, что асана достигается “при устранения усилия и сосредоточении на бесконечном”. Таким образом, для достижения асаны нужно максимально расслабиться физически (убрать всё то напряжение, которое не участвует в поддержании позы) и сосредоточиться на бесконечном (рассредоточиться, уйти от мыслей). В свою очередь это является на порядки более сложной задачей, нежели изнуряющие попытки завязать себя буквой «зю». Тем не менее, многие делают именно это, не придавая значения тексту Сутр, в котором чётко написано “боль, депрессия, дрожь тела, неритмичное дыхание — признаки, сопровождающие ментальное отвлечение”.

При выполнении асан следует придерживаться понимания того, что должно этому сопутствовать.

1. Вы приняли положение такое, чтобы в нем не было ни малейшего дискомфорта, абсолютно никакого, пусть даже форма позы при этом лишь отдаленно и с завидной долей воображения напоминает иллюстрацию в книжке — это не важно.

2. Переключаете внимание на тело и начинаете наблюдать за ощущениями, возникающими в нем. При этом следует расслабить всё, что доступно. Напряженными остаются лишь те участки тела, те мышцы, которые непосредственно участвуют в поддержании положения.

3. Вы можете цеплять внимание за какие-то наиболее яркие ощущения в теле (тепло в ладонях, давление в переносице и т. п.), или за дыхание, или за какой-то образ. Как только Ваше внимание «съезжает» в сторону, отвлекаясь на мысли, регистрация Вами перечисленных выше ощущений прерывается, Вы их теряете. Возвращайтесь к ним, если такое произошло. И тогда мыслям будет всё сложнее вклиниться в процесс практики.

4. Не вникайте в появляющиеся мысли, позвольте им идти отдельно от Вас, не спорьте с ними, не гоните их усилием воли — отстраняйтесь от них, они сами по себе — Вы сами по себе.

5. Если у Вас возник малейший дискомфорт, сбилось дыхание, стало тяжело, жарко, тем более — больно — следовало ещё до этого выйти из асаны. Учитывайте это в следующий раз и вовремя выходите из асаны.

Принцип действия асаны

Практика асан — это не обычная, более того в большей степени ментальная, а не физическая, работа. Асану не нужно выполнять в буквальном понимании. Следует принять специфичное положение тела для конкретной асаны и затем просто в нем пребывать, работая уже не с физической составляющей асаны, а с ментальной. При нахождении в асане физическая компонента начинает жить своей жизнью. Тело может начать “проседать”, положение тела может деформироваться. Но все это происходит само по себе — без Вашего прямого участия. Вы можете регулировать положение тела, опираясь на меняющиеся внутренние ощущения. Но здесь Вы подстраиваетесь под требования или пожелания тела, а не наоборот, как это происходит в случае, например, гимнастики. Слушайте тело, и оно само очертит дозволенные границы манипуляций с ним. Более того, оно само эти манипуляции и выполнит, позволяя Вам лишь вносить незначительные штрихи.

Таким образом, сначала Вы задаете исходные физические условия — начальное положение тела. Затем Вы создаете ментальные условия для релаксации: следуете 3-ему и 4-ому пунктам из перечисленных в предыдущем разделе. Как результат начинают рушиться логические цепочки, в голове наступает определенного рода хаос, возникает некоторая дистанция между мыслями, крутящимися в голове, и Вами — происходит ментальная релаксация. В ответ на неё, тело начинает также расслабляться и “плыть” в соответствии с заданными физическими условиями. Получается, что наша единственная задача — создав начальные условия и бережно их поддерживая, не мешать дальнейшему развитию событий. Мы остаемся только в роли наблюдателей, которые по необходимости могут процесс прервать. В этом и заключается принцип действия недействием, именуемый также у-вей.

Идеальная форма асана

Идеальной асана будет ровно тогда, когда Вы сумели найти в ней комфорт, устойчивость, максимально расслабить все лишнее и уйти от мыслей. В каком при этом положении будет тело — не суть важно. Оно может принимать канонические формы Айенгара, или ограничиваться 5% от этих амплитуд. Поэтому не стоит зацикливаться на физической составляющей асаны. Да, кто-то может сложить ноги за шею, ощущая при этом абсолютный комфорт и прибывая в расслабленном состоянии, но кто-то может после таких экспериментов и в реанимацию угодить. Кроме того, не стоит верить увещеваниям о том, что, если заниматься определенным образом каждый день — Вы через какое-то время согнётесь, как “тот йог с картинки”. Гибкость развивается до предела при регулярных корректных занятиях, но предел этот у каждого — свой. К тому же, вновь это подчеркнем, степень развития гибкости и других физических качеств никак не характеризует успешность в освоении асан. Мастерство в выполнении асан оценивается, как мы помним, совсем другими критериями. Помните об этом.

Время пребывания в асане

Обычно для каждой асаны есть свое среднее время, которое рекомендуется в ней прибывать. Но как это время засекать? В данном случае вариантов может быть несколько, особенно по началу. Можно ставить какой-нибудь таймер, можно считать про себя, однако наиболее правильным, наверное, все же будет наблюдение за собственными ощущениями. Как только они начинают приближаться к уровню дискомфорта — следует выполнение асаны завершить (чтобы дискомфорта не успело наступить). Если в теле неудобства не возникает — также обращайте внимание на то, что происходит с мыслями. Если от них удалось отвлечься, но через какое-то время поток вновь начинает усиливаться — тоже верный признак того, что асану следует завершить. Если после выполнения асаны в теле появляются неприятные ощущения (даже если во время пребывания в асане ничего подобного не наблюдалось) — необходимо сократить время выдержки позы или упростить её, так как дискомфорта не должно проявляться в результате выполнения асан ни в процессе, ни сразу после, ни даже на следующий день.

Зачем делать асаны

У асан есть два основных назначения.

Первое связано с ментальным отвлечением от мыслительного потока. При выполнении асан — а они являются положениями весьма для человека нестандартными — внимание вынуждено переключаться на тело, на его положение в пространстве, на ощущения, возникающие в нем, на отслеживание равновесия. Таким образом, внимание перестает быть привязано (по крайней мере, не так сильно, как обычно) к постоянному, привычному мыслительному потоку. Асаны запускают, инициируют процесс отвлечения от мыслей.

Второе назначение асан — всесторонняя проработка тела. В результате регулярного пребывания в асанах прорабатываются суставы, связки, мышцы, внутренние органы, нормализуется работа желез — то есть, по сути, охватывается весь организм. Развивается гибкость, которая необходима в той степени, чтобы обеспечить здоровье тела. И первое, и второе назначение асан важно, и нельзя игнорировать ни одно из них.

Шавасана

Выполняя шавасану, Вы снимаете напряжение, возникшее в теле в результате выполнения других асан. Если Вы находились в стоячей асане — это особенно актуально. Необходимо, чтобы каждую следующую позу Вы выполняли, будто первую, словно до этого ничего не делалось вовсе — без намека на усталость. Помните, что йога — это не затратная, а напротив — восстанавливающая практика. Состояние расслабленности и пониженного тонуса сознания Вам хорошо пронести через всю практику. Удерживать нужное состояние и углублять его помогает шавасана.

Вначале шавасана может действительно быть просто лежанием на спине, но со временем в ней появится навык достаточно качественно и быстро гасить мыслительный поток. Шавасану можно по праву считать самой сложной из асан, несмотря на её элементарную физическую компоненту. Тело в ней никак не нагружено и пребывает в естественной для него форме, тем самым внимание полностью устремляется во внутренний мир человека, начинает вовсю цепляться за мысли — тем сложнее сохранять тишину ума.

Шавасану следует выполнять не только в конце занятия, но и в процессе в промежутках между другими асанами по мере необходимости, например через каждые 2-3 асаны. Если выполняются стоячие, то можно и после каждой. Не следует считать, что, если Вы не устаете, то выполнение шавасаны можно исключить. При корректной практике Вы не должны уставать в принципе, но шавасану все равно следует выполнять для поддержания “ментального вакуума”.

Регулярность

Для успешных занятий йогой, то есть для таких занятий, которые будут оказывать на Вас реальное воздействие, основным условием помимо корректности практики является её регулярность. Регулярность подразумевает от четырех занятий в неделю, продолжительностью не менее часа, а лучше два каждое. Можно ли научиться рисовать, пробуя это раз-два в неделю? Можно ли научиться иностранному языку, занимаясь с такой же периодичностью? Едва ли. А если какие-то навыки и результаты будут проявляться, то, увы, через весьма продолжительное время, и успехи будут весьма скромными. Абсолютно аналогично обстоит дело и с йогой. Разница лишь в том, что опыта практики йоги Вы не имели вообще никогда в своей жизни в отличие от рисования и владения речью… Если Вы занимаетесь йогой с целью получить какой-то результат или ощутить её воздействие, то регулярность практики — это необходимое условие.

Заключение

В заключение хочется обратить Ваше внимание на то, что асаны сами по себе не решают проблем со здоровьем ни физическим, ни психологическим. Асаны — это один из инструментов йоги, наиболее подходящий по совокупности причин западному человеку. Инструмент, но не цель и не суть йоги. Все “чудеса” (а на самом деле просто отклики психосоматики на корректную работу с ней посредствам йоги), которые происходят в результате регулярных занятий йогой, имеют место быть лишь по причине функционирования в это время сознания в некотором третьем, промежуточном между сном и бодрствованием состоянии. Когда мы спим, сознание отключено вообще. Когда бодрствуем, оно работает и наполнено мыслями. В йоге сознание активно, но оно ничем не наполнено. Тем самым Вы перестаете ставить цель сами и передаёте рычаг управления гораздо более совершенной системе — своей психосоматике, которая лучше Вас знает, что нужно для Вашего общего с ней благополучия.

Школа йоги Виктора Бойко.

Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.

​

Таксономические связи между ядовитыми видами тропических лягушек-древолазов (рисунок из статьи Брауна и др., 2011)

Заметка-конспект для составителей таксономических баз данных

Таксономическая база данных (ТБД) нужна для составления компьютерных списков таксонов, виртуальных коллекций, атласов и определителей. Это костяк любой таксономической информационной системы.

ТБД хранит названия таксонов, которые суть ключи для доступа к биологической, экологической, генетической, географической и морфологической информации об организмах.

Концепция биологического таксона сегодня нам не понадобится. Важно запомнить, что биологические таксоны относят к семи основным рангам: виду, роду, семейству, отряду животных или порядку растений, классу, типу животных или отделу растений и царству. Вид — это низший ранг, царство — наивысший ранг.

Вид → Род → Семейство → Отряд или Порядок → Класс → Тип или Отдел → Царство

Ранг вида — основной. Он является началом отсчета, как ноль в математике. Таксоны рангом выше вида — от рода, до царства — называются высшими таксонами. Бывают таксоны рангом ниже вида: подвиды, вариететы и формы. Встречаются промежуточные ранги: подпорядки, инфраотряды, надсемейства. Однако исследователи оспаривают их необходимость, поэтому обойдемся без них.

Вид — начало отсчета; таксоны от рода до царства — высшие таксоны

В дальнейшем я буду различать виды и таксоны рангом выше вида, которые буду называть просто таксонами.

Ранги иерархически подчинены друг другу: таксоны высших рангов содержат таксоны нижних рангов. Например, род пантер (Panthera) относится к семейству кошачьих (Felidae) и содержит четыре вида: Panthera tigris (тигр), P. leo (лев), P. pardus (леопард) и P. onca (ягуар). Иерархические связи между таксонами разных рангов удобно визуализировать в виде дерева. Его называют деревом таксонов.

По мнению систематиков, дерево таксонов должно отображать естественные эволюционные связи между организмами: показывать, кто от кого произошел. На практике многие таксономические деревья не являются естественными.

Я оставлю спор о таксономических деревьях систематикам и кратко сформулирую требования к ТБД, рассмотрю научные названия и авторов таксонов, синонимы и омонимы, коснусь фрагментарности таксономического дерева и закончу описанием первичной структуры ТБД.

Требования к ТБД

Три необходимых требования к таксономической базе данных:

1. Хранит дерево названий таксонов. Дерево может быть фрагментарным — содержит таксоны не всех уровней.
2. Название таксона удовлетворяет правилам биологической номенклатуры.
3. Каждое название таксона уникально. Если названия совпадают, значит у них разные авторы. Если авторы не указаны, но названия совпадают, значит они омонимы и относятся к разным царствам. Другие случаи запрещены.

Латинские названия таксонов

Правила номенклатуры регулируют построение латинского названия таксона. Высший таксон — одно слово, вид — два слова, внутривидовой таксон — три или четыре слова. Слова состоят из латинских букв, могут иметь тире. Название таксона всегда пишут с заглавной буквы

Так как вид — основная единица эволюции, начну с него.

Название вида — биномен. Состоит из двух частей: названия рода и видового эпитета. Например Rapana venosa — хищный брюхоногий моллюск: Rapana — название рода, venosa — видовой эпитет. Видовой эпитет без названия рода не употребляется.

Rapana venosa занесен в Черное море в 30-х годах прошлого века и за несколько десятков лет полностью уничтожил устричные банки. Однако он оказался полезным. Правильно приготовленное мясо рапаны любят гурманы, оно годится для наживки, красивая раковина идет на сувениры и в ней обожают селиться раки-отшельники Clibanarius erythropus. (Источники фото знает Гугл)

Для краткости в видовом названии род сокращают до первой буквы, если он был упомянут ранее. Так как о раках-отшельниках клебанариях я написал под рисунком, то теперь род раков можно сократить: «На каменистом мелководье я нахожу отшельников C. erythropus».

Сначала пишем полностью — Mytilus galloprovincialis, потом кратко — M. galloprovincialis

Название вида всегда курсивом

Название вида позволяет определить род, к которому относится организм.

Название высшего таксона — униномен, значит состоит из одного слова. Вот так: «Род Rapana относится к семейству Muricidae класса Gastropoda».

Название рода, как и вида, всегда пишут курсивом. Названия высших таксонов — нет, но если напишете, ничего страшного не произойдет.

Специфические окончания названий некоторых высших таксонов помогают опознать ранг. Так названия семейств животных оканчиваются на -idae.

Аллигатор миссисипский — один из представителей Alligatoridae. Окончание -idae показывает, что перед нами семейство животных

Название внутривидового таксона — триномен или квадромен (слышал о пентомене, но не видел) — начинается с названия вида, за которым следует один или два внутривидовых эпитета.

Внутривидовое название чаще всего обозначает подвид, вариетет или форму.

• Эпитет подвида пишут следом за видом: Pilorcula trifilaris quadrifilaris
• Эпитет вариетета отделяют сокращением var.: Vivipata pyramidalis var. erjaveci
• Эпитет формы отделяют сокращением f.: Mya truncata f. ovata

Внутривидовые названия признает не каждый исследователь. Систематики стараются переописать внутривидовой таксон — сделать из него вид, в крайнем случае подвид, а отвергнутые внутривидовые названия становятся синонимами.

Авторы таксона

Я занимаюсь микроводорослями, поэтому больше знаком с ботаническим кодексом. Он отличается от зоологического в требовании ко включению авторов таксонов в название таксона.

Международный кодекс ботанической номенклатуры обязует, чтобы за названием таксона-растения следовали фамилии исследователей — авторов таксона, — которые впервые придумали это название и описали таксон.

Фамилии обычно сокращают. После пишут год открытия или ревизии таксона. В целом получается полноценная ссылка на публикацию.

Mya Linnaeus, 1758 — Линней в 1758 году опубликовал описание моллюсков рода Миа в монографическом труде

Международный кодекс зоологической номенклатуры утверждает, что фамилия автора не входит в название таксона и приводить ее необязательно.

Получается, что ТБД может содержать авторов таксонов или обходиться без них. По собственному опыту скажу, что с авторами удобнее работать с данными.

ТБД без авторов таксонов, в соответствии со сформулированными выше требованиями, не должна содержать одинаковые названия таксонов, относящиеся к одному царству. Но она разрешает названия-омонимы, о которых я расскажу ниже.

ТБД с авторами таксонов должна понимать разнообразные способы написания фамилии и инициалов одного автора. Иначе в ТБД появится множество идентичных по смыслу записей — множество ключей от одной двери. Так O. F. Müller, O.F. Müller, Müller, O. Müller и OF Muller — один и тот же человек. Для опознания совпадающих фамилий, например, можно использовать автоматически наполняемый словарь или специально обученного инженера.

Научите систему понимать, что O. F. Müller, O.F. Müller, Müller, O. Müller, OF Muller и прочие Мюллеры — один человек

Синонимы

Синонимы — вторичные названия одного таксона. Они соответствуют правилам номенклатуры, но не считаются валидными — действующими названиями.

Синонимы появляются, когда исследователь не знает, что таксону уже дано название, или когда он относит таксон к другому рангу. Синоним может называться также, как и правильный таксон, тогда он отличается от него автором.

Chaetoceros socialis H. S. Lauder — валидное название вида диатомовых водорослей, которое имеет пять синонимов:

• Chaetoceros radians F. Schutt 1895
• Chaetoceros socialis f. autumnalis A. I. Proshkina-Lavrenko 1953
• Chaetoceros socialis f. vernalis A. I. Proshkina-Lavrenko 1953
• Chaetoceros socialis f. radians (F. Schutt) A. I. Proshkina-Lavrenko 1963
• Chaetoceros socialis var. radians (F. Schutt) P. M. Tsarenko 2009

Chaetoceros socialis H. S. Lauder — Хетоцерос социальный. Вид планктонных диатомовых водорослей, образующих «социум» — спутанную колонию

Синонимичное название связано с принятым названием таксона. Я изображаю такую связь стрелкой, направленной от синонима к валидному названию.

Chaetoceros radians F. Schutt → Chaetoceros socialis H. S. Lauder

Для хранения синонимов я создаю в ТБД поле, где указываю идентификатор валидного названия или помещаю ноль, если название валидно.

Омонимы

Омонимы — это одинаковые названия таксонов, которые относятся к разным видам или таксономическим группам. Например Centropogon australis обозначает вид рыбы и растения.

Симпатичный красный цветок и рыба, похожая на ерша, по латыни называются одинаково — Centropogon australis

По правилам биологической номенклатуры омонимы должны попадать под юрисдикцию разных кодексов биологической номенклатуры, то есть относится к разным царствам. Поэтому омонимы из разных царств допустимы. Так Empusa — это разрешенное название рода богомолов (царство животных) и энтомофторовых зигомицетов (царство грибов). Недопустимые омонимы систематики отлавливают и переписывают.

Омонимичные названия отличаются фамилиями авторов: только так их можно опознать при чтении. C. australis (White, 1790) — это вид рыбы, а C. australis (E. Wimm.) Gleason — вид растения. Кстати, Энциклопедия жизни игнорирует это правило — она не выносит авторов в заголовок, но в результатах поиска указывает высшие таксоны.

Омонимы нарушают идиллию разработчика ТБД. Разработчику важно запомнить, что название таксона само по себе не уникально и не может служить уникальным индексом записей базы данных. Для уникального ключа нужна пара: название таксона, автор. При этом имена авторов должны быть унифицированы, о чем я говорил выше.

Структура таксономической базы данных

Для представления в БД таксономического дерева использую вложенные множества.

Родителя узла-таксона храню в отдельном поле. Потому что часто надо определить идентификатор рода, к которому относится заданный вид, а средствами вложенных множества это делать неудобно.

Ранг таксона тоже в отдельное поле. Это позволяет строить дерево с произвольной иерархией.

Синоним — поле со ссылкой на идентификатор принятого таксономического названия.

Получается следующая структура:

• [Представление вложенных множеств]
• Ранг таксона
• Название таксона
• Автор таксона
• Ссылка на валидное название таксона, если синоним

Нужны ли высшие ранги?

Нет. Если вы не разрабатываете специальную базу для систематиков, то полная иерархия высших таксономических рангов не понадобится. Вместо них потребуется один-два высших ранга, род и вид.

Пусть я собираю информацию о форме оболочек мироводорослей. Сначала я делю микроводоросли на классы: диатомовые, динофлагелляты, кокколитофориды и прочие. Потом на роды и виды. Внутривидовым таксонам, если встречаются, присваиваю ранг вида — пользователь по названию разберет, что это внутривидовой таксон, а мне удобно хранить данные. Получается трехступенчатая иерархия: класс → род → вид.

Теперь я дополняю базу формами рыб. Разделяю рыб на уровне сеймества, использую род и вид. Опять получается три ступени: семейство → род → вид.

Помню, что рыбы — животные, а микроводоросли — растения. Чтобы их отделить, вставляю самый верхний ранг — царство. Поучается четыре иерархических ступени, у которых вторые уровни отличаются.

Царство животных → семейство → род → вид
Царство растений → класс → род → вид

Из примеров следует, что две ступени таксономической иерархии — род и вид — используются в любой ТБД. К ним добавляется третья — один из высших таксономических рангов. Если организмы из разных царств, добавляем четвертую ступень.

Для организмов из одного царства достаточно трех ступеней, из разных — четырех: царство → какой-то высший ранг → род → вид

Высший ранг может быть любым подходящим для группы организмов. Вот я решил добавить в упомянутую базу данные о раковинах моллюсков: брюхоногих из класса Gastropoda и двустворчатых из класса Bivalvia. Для них определяю в базе ранг класса, не вижу смысла разделять моллюсков на уровне семейства, поэтому получаю следующую структуру:

Царство животных → семейство рыб → род → вид
Царство животных → класс моллюсков → род → вид
Царство растений → класс микроводорослей → род → вид

Структура базы позволяет хранить такое фрагментарное дерево.

Ключевые положения

1. Храню авторов таксонов, так как они помогают отличить валидные таксоны, синонимы и омонимы.
2. Фамилии авторов следует унифицировать.
3. Синоним — это ссылка на валидное название.
4. Не обязательно запоминать все высшие таксоны вида.

На этом все. В следующий раз опишу логику функций для работы с ТБД.

Дополнительное чтение

Семь подходов для хранения деревьев в БД.

Аббревиатуры фамилий ботаников. Например, L. — Карл Линней (1707—1778).

В названиях таксонов используют массу сокращений. Например, f. sp. (сокр. от лат. forma specialis) в ботанике и микологии указывает на форму паразита, адаптированного к специфическому хозяину.

Наша статья о пользе таксономических баз данных на примере севастопольского Института морских биологических исследований РАН.

Омонимы в царстве растений, животных и бактерий.

Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.

​

Черноморских желетелых и гребневиков приезжие называют медузами. Это традиционное название нескольких видов животных.

Местные знатоки делят медуз на аурелию, корнерота и других медуз. Внешне аурелия похожа на блин. Ее еще называют ушастой медузой, а англичане зовут медузой-луной. Корнерот — гриб с щупальцами. Название отражает особенность строения корнерота: ротовые лопасти — выглядят как корни. Гребневиков местные по привычке зовут медузами, потому что они поселились в море с начала 1990-х, и не все к ним привыкли. Остальных медуз местные не знают.

Гидробиологи понимают научные названия видов. Они используют научные названия в статьях, а в разговоре упоминают род желетелых. Аурелия — Aurelia aurita, мнемиопсис — Mnemiopsis leidyi, берое — Beroe ovata, плевробрахия — Pleurobrachia pileus, сарсия — Sarsia tubulosa, раткея — Rathkea octopunctata. Только с корнеротом Rhizostoma pulmo вышел конфуз, хотя иногда его зовут ризостомой.

Аурелия и корнерот — коренные черноморцы. Они давно вписаны в морскую экосистему. Численность животных велика, поэтому редкие придурки, старательно выбрасывающие медуз на берег, выглядят смешно, плавают плохо, недалеко, следовательно морю не вредят.

Aurelia aurita, автор Александр Васенин

Корнерот Rhizostoma pulmo, автор Давид Патрас

Мнемиопсис и берое — гребневики-вселенцы. Мнемиопсис вселился в Черное море в начале 1990-х годов. Появление гребневика вызвало сенсацию. Потом оказалось, что он мощный конкурент мелких рыб. Прожорливое существо выедат зоопланктон, мелкие рыбы остаются без пищи и гибнут, вслед за ними погибают крупные рыбы-хищники. В 2000-х в море прописался берое. Это враг мнемиопсиса. Размером с жертву, он заглатывает мнемиопсиса как удав кролика. Вселившись в море, берое спас рыб. Кто-то из ученых в 2010-х заметил в море гребневика болинопсиса из рода Bolinopsis, но подтвердить находку живым представителем не смог. Вид животного остался неизвестным.

Mnemiopsis leidyi, автор Каре Телнес

Берое охотится за мнемиопсисом, автор Андрей Некрасов

Плевробрахия — еще один аборигенный вид гребневика. Медуза размером и формой похожа на прозрачную виноградину или крыжовник, поэтому англичане зовут ее медузой-крыжовником. Плевробрахия любит холодную воду, обитает на глубине и редко подходит к берегу.

Pleurobrachia pileus раскинула ловчую сеть из щупалец, автор Lodewijkvw

Сарсия и раткея — два автохтонных вида гидромедуз. Обе — маленькие: сарсия — 1-2 см, раткея — 3-4 мм.

Sarsia tubulosa, автор Каре Телнес

Rathkea octopunctata, автор Русс Хопкрофт

Таким образом в Черном море зарегистрировано три вида гребневиков, которые отличаются спектром питания и местом обитания. Однако общепринятое название «гребневик» не отражает этих тонкостей. Сообщение о замеченной «медузе» вообще несет минимум информации, потому что в море живет не менее семи видов медуз. Получается, что общепринятое название обозначает группу разных видов и может серьезно запутать исследователей. Иногда общепринятое название понятно только жителям конкретного региона, говорящим на одном языке. Поэтому оставьте общепринятое название для разговора в компании — на конференциях и в статьях блистайте названиями видов.

Научное название однозначно идентифицирует вид организма. Это ключ к информации об организме. Если вам нужно узнать о морфологии, анатомии, поведении, размножении, экологии живого существа, определите научное название и ищите информацию. Потому что научное название — это ящик, куда исследователи складывают данные. Результаты физиологических экспериментов, морфологические исследования, натурные наблюдения за животными и растениями биологи маркируют научным названием. Его сложно запомнить, но оно открывает целый мир.

Запомните семь видов черноморских медуз

Пишите в коментариях про другие виды медуз Черного моря.

Если вам вдруг непреодолимо захотелось меня поблагодарить, переведите мне 200 руб. на чашеку кофе.

​