В дополнение к предыдущему перепосту.

Рассуждения злого дикобраза.
«Существенное различие между гуманитариями и физиками/математиками: у гуманитариев принято в статьях разжёвывать весь узкоспециальный материал так, чтобы он был одинаково понятен не только узким специалистам, но и обычному читателю. Значительную часть гуманитарного текста составляет справочный материал: упомянул какой-нибудь факт — дай точную ссылку на источник, специальный термин — дай определение, проблему — изложи историю вопросы со списком основной литературы, мнение — приведи список работ, где оно поддерживается (а также где не-, и где высказываются альтернативные мнения), новое (выше ещё не встречавшееся в этой статье) имя/название/понятие — укажи основные справочные данные. Меня всегда раздражает необходимость тянуть из статьи в статью весь этот воз информации, совершенно не нужной для обоснования или опровержения основных положений данной конкретной работы. Во многом именно поэтому работы гуманитариев кажутся такими простыми — всё ведь и ежу понятно! Физики/математики, как говорят, так не делают, поэтому непосвящённому их публикации кажутся китайской грамотой.»

Правдоподобное vs верное

«В математике (да и в физике) полно утверждений, которые кажутся вполне правдоподобными, верными, но на самом деле ложны. И эту ложность можно строго доказать. Наоборот, есть утверждения далеко не очевидные, на первый взгляд спорные, парадоксальные, даже, казалось бы, ложные, но верность которых на самом также можно строго доказать. В математике доказательства чисто логические, в физике логическая непротиворечивость теоретической конструкции подкрепляется еще и экспериментом. Главное заключается в том, что всегда есть возможность утверждение доказать или опровергнуть, потому что в этих наук есть механизм доказательства. (Я не касаюсь здесь тонкостей, связанных с теоремами Гёделя — в реальной жизни они не играют существенной роли.)

В так называемых гуманитарных науках строгие доказательства по сути отсутствуют. И возникает чисто практическая проблема — как определить, справедливо ли правдоподобное рассуждение (результат), которое кажется верным, или ложно? И еще более интересная проблема — как выявлять среди якобы ложных утверждений те, которые на самом деле верны?

Я не утверждаю, что гуманитарные науки вообще „бездоказательны“, но там в принципе отсутствует феномен „строго доказательства“. Кстати, если быть справедливым, во многих разделах физики „строгие доказательства“ на практике также отсутствуют, но это надо обсуждать отдельно и подробно...Замечу лишь, что возможность „строгого доказательства“ там в принципе существует.

А здесь я лишь хочу зафиксировать следующую особенность: в гум.науках возможна ситуация, когда сгенерированное „авторитетом“ утверждение будет циркулировать по научному сообществу, его будут „обсуждать“, но при этом о его истинности ничего нельзя будет сказать однозначно! Вопрос о истинности утверждения будут решать путем „надувания щек“ и результат определится тем, у кого „научное пузо“ больше. И второе... Глубоких парадоксальных, „квазиложных“ утверждений в гум.науках нет просто потому, что нет возможности, механизма для их доказательства. И наука развивается на уровне полупустых полубанальностей...»

P. S. Биология по большей степени гуманитарная наука, где практически нет строгих доказательств выдвигаемых гипотез.

Омонимы и гемиомонимы

Когда разные виды или роды организмов имеют одинаковые научные названия, они являются омонимами или гемиомонимами.

Platydactylus australis Dumeril, 1856
Platydactylus australis Walker, 1869
Platydactylus australis Saussure, 1878

Если одинаково названы организмы из одного царства — это омонимы (англ. homonyms). Если из разных — гемиомонимы (англ. hemyhomonyms). Ниже, для удобства, гемиомонимы я тоже буду называть омонимами.

Термин гемиомоним ввел Старобогатов в 1991 году.

Откуда беруться омонимы

Омонимы появляются по двум причинам.

Первая — когда исследователь, назвавший организм, не знал о том, что такое название уже кто-то использовал. Больше всего таких омонимов появилось в 19 — начале 20 века.

Platydactylus australis Dumeril, 1856 — так Думерил назвал австралийского геккона;
Platydactylus australis Walker, 1869 — Валкер назвал так же найденного позже сверчка;
Platydactylus australis Saussure, 1878 — Сасю так же назвал еще одного сверчка.

Вторая — когда исследователь принял организм нового неизвестного вида за известный. Такие истуации случаются до сих пор.

Drosophila pygmaea Duda, 1926 — так Дуда назвал вид плодовых мушкек;
Drosophila pygmaea Duda, 1927 — а потом еще раз отнес к нему мушек другого вида;
Drosophila pygmaea (Bulliard) Quélet, 1886 — а вообще так изначально был назван гриб.

Как цитировать омонимы

Когда в статье приведено научное название вида, которое является омонимом, и нет дополнительных указаний, что это за организм, то получить однозначную информацию о нем, руководствуясь только названием, не удастся. Если в таксономической базе данных хранятся омонимичные названия, то найти нужную запись только по такому названию тоже не получиться — результат будет неоднозначным.

Orestias elegans — это рыба или орхидея?

Поэтому, чтобы отличить омонимы друг от друга, используют несколько приемов:

• указывают автора или год;
• дописывают высший таксон;
• указывают нетаксономическую группу или аббревиатуру царства;
• используют идентификатор записи вбазе данных.

Цитируем омонимы по автору или году

Обычно к названию таксона дописывают авторов и год, когда данный таксон был описан.

Orestias elegans Ridley, 1887 — орхидея,
Orestias elegans Garman, 1895 — рыба.

Но когда авторов много или у них длинные фамилии, перечислять их неудобно. Поэтому Дубоис предложил писать только год появления названия.

Orestias elegans 1887
Orestias elegans 1895

Это позволяет сократить запись и отличить омонимы друг от друга, потому что омонимов с одинаковым годом описания не существует.

Цитируем омонимы по высшему таксону

В другом способе записи между родовым и видовым эпитетом в скобках указывают высший таксон (обычно — семейство), к которому относится вид.

Orestias (Orchidaceae) elegans
Orestias (Cyprinodontoidei) elegans

Либо семейство дописывают после названия вида.

Orestias elegans (Orchidaceae)
Orestias elegans (Cyprinodontoidei)

Так как придумано несколько тысяч названий семейств, то определить по названию семейства царство организма могут единицы. Поэтому перед семейством дописывают название отряда или царства.

Orestias elegans (Plantae: Orchidaceae)
Orestias elegans (Animalia: Cyprinodontoidei)

Указываем группу организмов или аббревиатуру царства

В данном случае после названия указывают нетаксономическую группу организма.

Orestias elegans (fish)
Orestias elegans (plant)

Алексей Шипунов после названий омонимов, пишет односимвольную аббревиатуру царства.

Orestias elegans (z)
Orestias elegans (b)

Но если в одном царстве несколько омонимов, прием не сработает.

Platydactylus australis (z)
Platydactylus australis (z)
Platydactylus australis (z)

Drosophila pygmaea (f)
Drosophila pygmaea (z)
Drosophila pygmaea (z)

Цитируем омонимы по идентификатору записи в базе данных

Во всех упомянутых подходах используются понятные человеку обозначения. Это человекоориентированная запись омонимов. Но, так как сеть и базы данных все больше и больше занимают умы, некоторые систематики предлагают использовать машинный подход к обозначению таксонов.

Так, Рамболд с сотоварищами вместо авторов и года публикации названий видов, предложили писать числовой идентификатор записи с названием из таксономической базе данных.

Lecanora varia (Hoffm.) Ach.
Lecanora varia [#389546]

Авторы ограничились только царством грибов. Потому что владельцы трех микологических баз данных (Fungal Names, Index Fungorium, MycoBank) договорились о единой системе идентификации записей. То есть во всех трех базах совпадают номера записей с одними и теми же названиями.

Авторы пишут, что так компьютерам будет удобнее понимать названия в тексте, да и люди смогут их различить. Но этот прием нарушает основной принцип разработки интерфейсов — человечность.

К счастью, сообщество систематиков достаточно консервативно, поэтому в ближайшее время прием не приживется.

Как правильно цитировать омонимы

Среди всех перечисленных способов цитирования омонимов, мне нравится цитирование по году. Кратко, красиво и понятно:

Platydactylus australis 1856
Platydactylus australis 1869
Platydactylus australis 1878

Drosophila pygmaea 1886
Drosophila pygmaea 1926
Drosophila pygmaea 1927

Пишите, какая из записей омонимов вам более по душе, или предлагайте свою.

Полезное

Актуальный перечень омонимичных названий семейств, родов и видов.

Я как-то писал об асанах йоги Патанджали, практикуемых в школе Виктора Бойко. Беседа учеников о том, стали ли вы меньше думать после занятий йогой, показывает, что йога стимулирует выработку решений: процесс мышления после занятий йогой уходит в подсознание и решение со временем появляется само собой.

Однако, по мнению профессора Савельева, медитация, йога, вегетарианство и прочие «восточные» практики приводят к отключению мозга, то есть для интеллектуального развития крайне вредны.

Таким образом вегетаринство — вред и мясо нужно есть, особенно детям!

Мясо надо есть

Йога предпочтительнее медитации, так как способствуют выздоровлению, тогда как медитация только снимает нервный стресс (напряжение).

Йога полезнее медитации

Если хотите быть в здравом уме до глубокой старости и сохранить потенцию — занимайтесь интеллектуальным трудом.

Чтобы сохранить мозг, решайте задачи

В целом выводы делайте сами.

Это выжимка из заметки Антона Жиянова. Антон снимает шелуху с интерфейсов, обнажая их идеальную сущность.

[...]

Для меня лучшая формула обучения чему угодно — «порция теории + вагон примеров». Забавно, что при этом для большинства преподавателей (да и вообще профессионалов) выдать примеры — огромная трудность.

Любой спец с лёгкостью напишет, как «лучше быть богатым и здоровым, чем бедным и больным» — но заскрипит на примерах. Если попросить профи написать статью — он изложит десяток хороших и правильных принципов, и в лучшем случае один натужный пример (хорошо если не выдуманный).

Я думаю, что успех рассылок и курсов Ильяхова именно в том, что он всегда и всё подаёт на примерах. То же самое в других хороших курсах — например, «Аналитике для предпринимателей» Алексея Куличевского или «Better Web Type» Матея Латина. То же самое стараюсь делать и я в «Интерфейсах для нормальных людей».

Кажется, от примеров выигрывает всё что угодно.

Про оформление списка таксонов в Электронной коллекции морских паразитов и Альгабейзе

В электронной коллекции морских паразитов я использую несколько фишек для обозначения состояния таксономических названий:

• Названия родов и видов начертаны курсивов, а имена авторов прямым шрифтом — этого требуют правила оформления таксономических имен.
• Валидные (действующие) названия таксонов покрашены в синий цвет, а синонимы — в серый, чтобы сразу было видно статус таксона.
• За синонимом → идет действущее название, чтобы было понятно, чей это синоним.
• Таксоны, которые оцифрованы и помещены в электронную коллекцию, помечены фоновым цветом.
• Слева от названия стоит цветной индикатор, который показывает, есть ли у таксона картинки (красный квадратик) и описание (желтый).

На разнообразных сайтах с таксономическими названиями такие приемы ранее никто не использовал. Наш сайт стал первым.

***

Намедни открыл страницу Альгабейз, а там — невалидные таксоны выкрашены серым валидные таксоны выкрашены в синий.

Мне аж приятно стало — идею подхватили коллеги по ремеслу. Еще в 2017 Альгабейз красила все в синий серый, и валидные названия не отличались от синонимов.

Ждем продолжения от ВОРМСа и Энциклопедии жизни.

Андрей Плахов вместе с двумя коллегами описали необычный космический объект, который вращается вокруг звезды KIC 8462852. Но дело не столько в нем, сколько в золотых словах Андрея.

[...]

1. Не боги горшки обжигают. И я, и два моих соавтора не профессионалы (правда, Bruce Gary много лет работал радиоастрономом, в том числе в JPL, но он давно на пенсии).
2. Человеческая жизнь обладает очень высокой потенциальной плотностью. Может показаться, что на эту деятельность, не имеющую прямого отношения к остальной моей жизни, я должен был потратить гигантские ресурсы, и от этого пострадала или моя работа, или семейная жизнь, или здоровье. На самом деле на всё про всё ушло несколько разрозненных выходных, в общей сложности, может, часов тридцать. Это эквивалент просмотра пары сезонов «Игры Престолов» (которую я так и не посмотрел, возможно, и из-за этого).
3. Английский язык это единственное средство международного общения и огромное преимущество, если хочешь добиться хоть чего-нибудь. Быть носителем этого языка в качестве родного — огромная фора. К этому можно относиться с сожалением или нейтрально, но это факт.
4. Абсолютным ресурсом является взаимное доверие и чистые помыслы. Моего первого соавтора зовут Мохаммед (этот факт он везде, кроме официальных документов, скрывает, предпочитая называть себя Рафик), и мы находимся в абсолютно разных культурных контекстах. Первоначально это обстоятельство вызывало у меня заметное, хоть и неопределенное, беспокойство. Но мне даже не очень за это стыдно, потому что он, в свою очередь, узнав, что я из России, первым делом попросил меня подписать формальный NDA :) Тем не менее, эти глупости мы преодолели очень быстро, поскольку оба не интересуемся индексами цитируемости, вопросами приоритета, и, конечно, не имеем в этой истории каких-то денежных интересов. Это позволило нам интегрировать третьего соавтора мгновенно и в итоге привело к появлению в ноосфере пусть и небольшого, но принципиально нового куска знания.
5. Человеческая жизнь не кончается ни в 30, ни в 40, и пока ты жив, ты что-то можешь. Одному их моих соавторов за 60, второму вообще под 80 лет. Я узнал об этом совершенно случайно (мы знакомы только по переписке) и ближе к концу работ.
6. Синергия это здорово. Я умею писать программы, R. Bourne обладает огромной астрономической эрудицией и способен аккуратно и въедливо генерировать гипотезы и дорабатывать численные результаты до достижения «физичности», а B. Gary фантастически хороший наблюдатель, обладает необходимой аппаратурой и, что также немаловажно, знает, как принято писать и печатать статьи в этой области. По одиночке мы едва ли что-то сделали бы.

Вообще, я уверен, если бы все в мире доверяли друг другу и были чисты помыслами, за жизнь одного поколения можно было бы построить хоть коммунизм, хоть либертарианство, хоть царство Божие, и они не так уж отличались бы друг от друга. Жаль, что это не так, но стоит пытаться поддерживать хотя бы островки такого поведения и хотя бы иногда.
[...]

Увидел в Википедии заумное определение паттерна:

Паттерн — схема-образ, действующая как посредствующее представление, или чувственное понятие, благодаря которому в режиме одновременности восприятия и мышления выявляются закономерности, как они существуют в природе и обществе.

Но потом авторы исправились и написали просто:

Паттерн [...] повторяющийся шаблон, или образец. Элементы паттерна повторяются предсказуемо.

И указали важную деталь, полезную для моделирование природных паттернов:

Паттерны в природе [...] имеют математически описываемую структуру, которая может быть выражена формулами.

Вся заметка интересно описывает разновидности природных и других паттернов.

Нашел хорошую краткую памятку на английском про оформление видовых названий организмов в тексте. Кратко: видовые названия пишем курсивом и с заглавной.

The genus name for an organism is a proper noun, so it is capitalized. The species name is an adjective, and is not capitalized. Both are Latin, a foreign language, so the entire name is italicized, like this:

• Homo sapiens
• Brassica rapa
• Entamoeba histolytica.

Because it is a proper name, it usually doesn’t act as an adjective. Say «Brassica rapa has been studied», or «plants of Brassica rapa have been studied», rather than «the Brassica rapa plants have been studied». This last sounds rather like «the Jane Smith person».

The second time you refer to a species, you may abbreviate its name by using the first initial of the genus: B. rapa. Obviously this only works when the name is unambiguous. In a paper about human gut organisms, for example, you’d have to distinguish between Eschericia coli (a bacterium) and Entamoeba coli (an ameba).

Курсивом, с заглавной так же надо писать все прочие названия таксонов любого ранга — несмотря на правила кодексов.

Перед показом текста на странице его надо обработать по правилам типографики. Это может сделать «Типограф» Студии Лебедева, «Типограф» Дениса Селезнева или свой движок.

Если текст написан и не меняется, то его не надо все время типографить. Достаточно оттипографить один раз, сохранить результат и выводить его до тех пор, пока текст снова не изменится.

Для этого использую такой механизм.

• Создаю исходный текст и сохраняют его в файле с расширением «in».
• В коде страницы вызываю функцию typo_file( ’имя_файла_с_текстом’ ), которая выводит на страницу оттипографированый текст. Имя файла указывается без расширения.

Функция typo_file( $filename ) делает следующее:

1. Ищет файл $filename с расширением «in».
2. Ищет файл с таким же именем и расширением «out».
3. Сравнивает даты модификации файлов.
4. Если «out» изменен позже, чем «in», возвращает содержимое «out».
5. В противном случае типографит содержимое «in», записывает его в «out» и возвращает результат в основной поток.

Код функции typo_file на ПХП:

<?php

function typo_file( $file_name, $input_extension = '.in', $output_extension = '.out' ) {
   if ( !file_exists($file_name.$input_extension) )
      return '';

   $in_time  = filemtime($file_name.$input_extension);
   $out_time = file_exists($file_name.$output_extension) ? filemtime($file_name.$output_extension) : $in_time-1;

   if ($out_time < $in_time) {
      // типографим содержимое файла
      $in_file  = file_get_contents( $file_name.$input_extension );
      $out_file = typo( $in_file );
      // записываем данные в новый файл
      file_put_contents( $file_name.$output_extension, $out_file );
   } else
      $out_file = file_get_contents( $file_name.$output_extension );

   return $out_file;
}
?>

Функция typo типографит текст удобным вам способом.

Содержимое основной страницы выглядит так:

<?php
// …

echo typo_file( ‘page_content’ );

// …
?>

Вместо файла с результатом, можно использовать базу данных. В нее заносить оттипографированный текст и время последнего изменения. Ключ для доступа к записи — имя файла.