Коллега попросил помочь с выполнение дисперсионного анализа. Рассказываю, что получилось.

У нас есть три ряда длин раковин моллюсков, полученные в три разных года: 1981, 1998 и 2012. Мы хотим узнать, есть ли статистически достоверное различие между средними длинами в каждый период или нет? Расскажу, как это сделать.

Фрагмент исходных данных

Сначала посмотрим на статистическое описание данных.

Средние и медианы неплохо отличаются, наверное различия все-таки есть.

Потом построим диаграммы размахов, в простонародье — ящики с усами.

Второй и третий ящики практически полностью пересекаются с первым. Значит различия недостоверны?

Теперь попробуем попарно сравнить средние при помощи t-теста стьюдента: первое со вторым, второе с третьим и третье с первым. Наши данные независимы, потому что мы каждый раз измеряли разных моллюсков. Значит применим t-тест для независимых выборок. Но предварительно проверим данные на нормальность. Если выборки имеют нормальное распределение, используем t-тест. Если ненормальное, прочитаем Сергея Мастицкого (стр. 36):

Если значение распределены ненормально, применение параметрического t-теста будет часто приводить к искаженным результатам. В таких случаях следует воспользоваться непараметрическим аналогом теста стьюдента. Например можно использовать u-тест манна-уитни.

Вперед.

Попарные сравнения u-тестом манна-уитни

Попарные сравнения показали отличия средних.

А теперь читаем книгу Мастицкого уже на стр. 43:

Тесть стьюдента и его непараметрические аналоги предназначены для сравнения исключительно двух выборок. Очень часто исследователи допускают ошибку: используют t-тест для попарных сравнений более двух выборок.

Надо же, оказывается мы допустили частую ошибку статистических профанов. И как нам быть?

Для избежания данной ошибки необходимо использовать дисперсионный анализ.

Алилуя! Но теперь надо прочитать хорошие книги о дисперсионном анализе?

Нет, совсем не обязательно. Автоматизация статистических вычислений, в настоящее время, достигла таких высот, что вам всего лишь нужно нажать правильные кнопки. Все остальное сделает машина. Например так работает Сигмаплот. Он сам проверит данные на нормальность и выберет правильный тип дисперсионного анализа.

Наши данные оказались ненормальными, поэтому Сигмаплот предложил непараметрический дисперсионный анализ крускала-уолиса (H-тест) и объяснил полученные результаты.

Если бы мы воспользовались Статистикой или Эр, нам пришлось бы интерпретировать полученные цифры. Для этого следует хорошо разобраться в дисперсионном анализе и сопутствующих методах. То есть пройти хороший курс биометрии.

Но тот-кто-знает, что «интерфейс — зло» и «потеть должна машина», тот выберет способ «нажал на кнопку и получил развернутый ответ». Мозги, в этом случае, пригодятся для интерпретации ответа.

Пирамида Лебедева

Выбирайте сами. И, да — это не реклама Сигмаплота. Просто мне понравилось, как он интерпретировал результат.

Книги, в любом случае, читать полезно.

М. попросила проверить, достоверно ли различие между длинами раковин моллюсков? Причем с помощью дисперсионного анализа. А я, как это бывает, позабыл как его выполнить. Чтобы вспомнить, принялся читать книги. И родился у меня рейтинг прочитанного.

Не мудрствуя лукаво, разделил книги на две категории: многоразовые — к которым буду обращаться и перечитывать, и одноразовые — пролистал и выбросил в корзину.

Многоразовые книги

Мастицкий С. Э. (2009) Методическое пособие по использовании программы Statistica при обработке данных биологических исследований. Минск: Ин-т рыбного хозяйства.

Прекрасное руководство для прикладных статистов.

Автор кратко описывает для каких рядов данных подходит тот или иной прием и рассказывает, как их выполнить в «Статистике». Книга полезна, даже если вы не используете «Статистику».

Любищев А. А. (1986) Дисперсионный анализ в биологии. М.: Изд-во Моск. ун-та.

О том как планировать эксперименты и интерпретировать результаты без помощи компьютера.

Книга написана в середине 20-го века. Написано легко, с разбором многочисленных примеров и методикой ручных вычислений. Буду не раз к ней возвращаться.

Плохинский Н. А. (1960) Дисперсионный анализ. Новосибирск: Изд-во СО АН СССР.

Дисперсионный анализ на бумаге.

Ясно и прекрасно.

Одноразовые книги

Аренс Х., Лёйтер Ю. (1985) Многомерный дисперсионный анализ / Пер. с немецкого. М.: Финансы и статистика.

Полезно, кратко, по делу.

Книга попала в одноразовые, потому что ее основная аудитория — программисты, которые собираются писать софт для стат. анализа с нуля.

Маркова Е. В., Денисов В. И., Полетаева И. А., Пономарев В. В. (1982) Дисперсионный анализ и синте планов на ЭВМ. М.: Наука.

За деревьями леса не видно.

Много деталей, но не всегда ясна суть. Ориентирована на программистов, на что и указывает название.

Шеффе Г. (1980) Дисперсионный анализ / Пер. с английского. Изд. второе. М.: Наука. Гл. ред. физ.-мат. лит-ры.

Сложно, для истинных математиков.

Книга переполнена формулами, определениями и доказательствами. Написана для математиков, которые хотят досконально во всем разобраться и, возможно, сделать лучше. Остальные не увидят здесь сути анализа.

Яковлев В., Яковлева О. (2015) Дисперсионный анализ в Excel. Lap Lambert Acad. Publ.

Хрень полная.

Не тратьте время — выбрасывайте в корзину, не читая.

Рейтинг отражает мое лично впечатление от указанных книг. Ваше мнение может быть другим.

Читайте книги.

По мнению В. А. Геодакяна [1970] все науки решают один и тот же последовательный ряд задач.

1. Описывают поведение системы и ее свойства.
2. Объясняют поведение.
3. Предсказывают поведение.
4. Управляют поведением.
5. Создают системы с определенным поведением.

Эти пять задач не всегда решают последовательно. Нередко учный решает одну, наиболее «трудную», а потом возвращается к более «легким», так как приобретенное знание часто требует уточнения или даже коренной перестройки прежних представлений.

* * *

См. ежегодник «Системные исследования» за 1970 год.

Настоящие таксономисты любят публиковать длинные списки видов, обнаруженных в каком-нибудь интересном месте. Отечественные исследователи часто называют их чеклистами. Звучит загадочно и, как и любой англицизм, придает весомость научной работе. (По мнению среднестатистического обывателя.)

Списки видов обычно публикуют, когда проведена большая работа, исследован обширный материал, систематизирована масса литературных источников, а в результате — сказать особо не о чем, за редким исключением.

Брянцева Ю. В. 2020. Динофлагеляти Кримського півострова та його морського прибережжя

Несомненно, списки видов полезны. Но к ним, все-таки, следует относиться с определенной долей скепсиса.

Степень доверия к таксономическому списку

Степень доверия определяется тем, насколько находка конкретного вида подтверждена типовым материалом. Чтобы не утруждать любимого читателя занудной классификацией типовых экземпляров, упрощю определение:

Простая мера доверия к таксономическому списку зависит от наличия изображений видов, упомянутых в списке.

Простая мера доверия выражается числом от единицы до трех:

• 1 — изображений нет,
• 2 — есть изображения среднего качества,
• 3 — есть изображения отличного качества.

Значение меры может быть вещественным. Чем ниже мера, тем меньше доверия и больше скепсиса.

Поясню на примере чеклистов диатомовых.

Степень доверия к списку видов диатомовых водорослей

Любой профессиональный диатомолог скажет, что:

Для корректного опознания вида диатомовой водоросли необходимо изображение панциря, полученное с разных ракурсов с помощью сканирующего электронного микроскопа (СЭМ), а также изображения живой микроводоросли с протопластом.

Отсюда:

3 → Максимальное доверие у списка диатомовых, в котором каждый вид сопровождают фотографии, полученные с помощью СЭМ, и фотографии живых организмов.

2 → Среднее доверие у списка, в котором каждый вид проиллюстрирован фотографиями, выполненные под световым микроскопом (СМ).

1 → Минимальное доверие у списка, в котором только перечислены виды.

2...3 → Есть СЭМ и СМ фотографии. Чем больше СЭМ, и больше фото живых клеток, тем ближе к трем.

1...2 → Есть СМ фото и есть виды без фото. Чем больше видов без фото, тем ближе к единице.

Примеры

Доверие единица

Рябушко Л. И., Бондаренко А. В. 2011. Микроводоросли планктона и бентоса Азовского моря (чек-лист, синонимика, комментарий)

Доверие низкое. Потому что авторы не приводят фотографий, дают много ссылок на чужие работы, в которых также практически нет фотографий, и сами исследуют микроводоросли только в световой микроскоп, что ставит под сомнение находки некоторых видов. Не делайте так.

Доверие между единицей и двойкой

Bukhtiyarova L. N. 1999. Diatoms of Ukraine inland waters

Нет фотографий, но даны ссылки на фото в других источниках и приведены места находок, что подтверждает объективность исследований. Кроме того, Людмила Николаевна — авторитетный диатомолог. Поэтому доверие к списку есть. Но если решите делать список, все-таки следуйте следующим примерам.

Доверие двоечка

Sterken et al. 2015

Световые фотографии посредственного качества. Из-за этого сами авторы часто сомневаются в корректности определения видов. Это плохой пример для подражания. Хорошие примеры ниже ↓

Доверие между двумя и тремя

Stuart R. Stidolph diatom atlas. Plate 52

Все виды сопровождаются световыми фотографиями очищенных панцирей диатомовых. Хотя, в некоторых случаях, оптического разрешения недостаточно для уверенного определения видов, работа выполнена качественно.

Доверие между двумя и тремя

Taylor et al. 2007. An illustrated guide to some common diatom species from South Africa

Все виды сопровождаются световыми фотографиями, почти для всех даны прижизненные фото с протопластом, у многих есть электронные фотографии деталей панциря. Доверия высокое. Отличный пример для подражания.

Доверие троечка

Al-Yamani F. Y., Saburova M. A. (2019) Marine phytoplankton of Kuwait’s waters. Vol. 2. Diatoms

Превосходный список с превосходными иллюстрациями. Виды сопровождают фото живых клеток, СМ фото очищеных панцирей и СЭМ фотографии. Такие списки — редкость. Это превосходный пример для подражания.

Если вы делайте также — напишите мне.

* * *

В мере доверия можно учесть разные показатели. Например, авторитет исследователя. (Кстати, как его измерить?) Сейчас:

Простая мера доверия списку таксонов не учитывает вашу субъективную оценку работы исследователя.

Приведенная мера доверия отражает наличие или отсутствие изображений опубликованных видов. Она не учитывает ваши знания о профессионализме исследователя.

Так, если оценивать качество работы, то моя оценка списку диатомовых Украины Л. Н. Бухтияровой (1999) — 10 из 10, ибо я знаю с какой тщательностью Людмила Николаевна готовит материал. А оценка, к примеру, списка Стеркена и ко. (2015) — 2 из 10, хоть там и есть световые фотографии створок диатомовых.

Придумайте свою меру доверия списку таксонов или усложните предложенную простую. Поделитесь находкой в комментариях.

Доверяй, но проверяй.

Сделал новую работу.

Нанофитопланктон — как темная материя: вроде бы есть, но мало кто видит

3d-microalgae.org/nanophytoplankton

Пользуйтесь на здоровье.

Живые диатомовые водоросли рода Rhopalodia из ВК Филиппа Сапожникова

Добавлю четкости нечетким биологическим формулировкам. Сегодня — таблица с названиями фракций фитопланктона. Границы размеров фракций проведены по значениям десятичного логарифма.

Источник: Sicko-Goad L., Stoermer E. F. (1984) The need for uniform terminology concerning phytoplankton cell size fractions and examples of picoplankton from the Laurentian Great Lakes.

***

Не знаю:

• как называются организмы меньших и больших фракций?
• является ли данная размерная классификация общепринятой и действующей?
• справедлива ли она для всего планктона?

Кто знает, напишите в комментариях.

Некоторые биологические публикации достойны краткого пересказа. Вот одна из таких статей. Она рассказывает, как один из видов диатомовых водорослей меняет геометрию панциря, чтобы выжить при крошеных размерах.

***

Jewson D., Kuwata A., Cros L., Fortuno J.-M., Estrada M. (2016) Morphological adaptation to small size in the marine diatom Minidiscus comicus. Scientia Marina. 80 (S1): 89-96.

***

Объект исследования: центрическая диатомовая водоросль Minidiscus comicus.

Minidiscus comicus с римопортулой и фултопортулами. Переделка рис. 1 А, Б из [Jewson et al., 2016]

Minidiscus comicus относится к группе самых маленьких диатомовых. Его диаметр панциря меняется от 1,9 до 6 мкм.

Исходные положения.

• Подавляющее большинство диатомовых после многократных делений становится меньше.
• Уменьшение размеров приводит к закономерному уменьшению внутреннего объема панциря.
• Существует некоторый критический минимальный объем, после которого одноклеточные организмы существовать не могут.
• Если считать, что панцирь Minidiscus comicus имеет форму круглого цилиндра (как на рисунке), то при минимальных значениях диаметра (менее 3 мкм), объем панциря станет критическим. Но организмы живут при таких маленьких размерах. Значит они каким-то образом адаптируются.

Задача: выяснить, что происходит с морфологией панциря панциря Minidiscus comicus при уменьшении диаметра панциря.

Размерный спектр Minidiscus comicus из западной части Средиземного моря. Пунктирная линия соответствует значению диаметра, ниже которого клетки образуют ауксоспоры и восстанавливают первоначальный крупный размер. Переделка рис. 5 из [Jewson et al., 2016]

Результаты

• Диаметр панциря Minidiscus comicus действительно уменьшается после многократных делений.
• Однако, уменьшение диаметра приводит к изменению формы панциря: круглый цилиндр с плоскими створками → круглый цилиндр с выпуклыми створками → шар.

Адаптация формы панциря Minidiscus comicus к уменьшению диаметра панциря. Размерные отрезки соответствуют 1 мкм. Компиляция рис. 1, 3 и 4 из [Jewson et al., 2016]

Трансформация цилиндрического панциря в шарообразный позволяет избежать двукратного уменьшения объема панциря и сохранить достаточный для жизни внутренний объем панциря при крохотном диаметре.

Вычисленные объемы панциря Minidiscus comicus стремятся к объему шара, когда диаметр стремиться к двум микрометрам. Рис. 5 из [Jewson et al., 2016]

Авторы не выяснили

• Какие еще виды диатомовых демонстрируют подобную морфологическую адаптацию.
• Каким образом плоские створки становятся выпуклыми.

***

В целом — это прекрасный пример хорошо выполненной работы. Советую использовать в качестве образца.

С Новым годом.

В прошлый раз я рекомендовал регулярно все записывать. В этот раз поговорим о том, как правильно записывать чужие мысли — как-бы-цитаты.

Как-бы-цитаты — это (слегка) изменные фрагменты чужого текста. Когда вы берете одно-два предложение из чужой работы, изменяете несколько слов и вставляете в свою статью. Вот пара примеров на английском: авторский текст и как-бы-цитаты.

We have attempted to determine the most effective way to illustrate the guide.
We have presented the most effective way to designate biological illustrations.

An effective key must be one that is effective in communicating: the user must be able to understand the information being presented within each couplet.
An effective illustration must be one that is effective in communicating: the user must be able to understand the information being presented withing each part of the image.

С одной стороны, так делать можно пока вам не дали по рукам. Потому что одни и те же мысли часто посещают разные головы, как одни и те же эйдосы Платона навещают умы разных философов. Поэтому то, что вы еще только обдумываете, скорее всего кто-то уже давно опубликовал. Надо только тщательно поискать.

Примерно так одна и та же мысль приходит в разные головы. В октаве пятидесятницы

Особенно как-бы-цитирование удобно, когда вы пишите работу на неродном языке. А в настоящее время большинство отечественных ученых вынуждены писать статьи на колониальном английском. Как говорил классик: «Я русский бы выучил только за то, что им мне нельзя выражаться».

Вернемся к цитатам. Разве можно как-то более точно выразить мысль Оливера Колемана о важности цифровых иллюстраций для биологических работ? Руки сами тянутся к копи-пасту.

The digital drawing method for scientific illustrations using Adobe Illustrator has become a standard method for taxonomic descriptions in many labs. The great advantages of this method lie in increased speed and the possibility to create such smooth lines that would not be possible using traditional free-hand ink drawing [Coleman, 2009].

Однако, порядочные российские издательства всегда проверяют текст на плагиат. Поэтому если вы будете напрямую использовать чужие фрагменты, даже с указанием ссылок на исходные работы и номера страниц, порядочная российская редакция завернет такую статью. Даже если это ваши предыдущие статьи! То есть порядочные российские редакции стимулируют развитие оригинального мышления. Или, по крайней мере, заставляют чаще заглядывать в словарь синонимов.

Я подчеркиваю — так работают порядочные российские издательства. Непорядочные за ваши деньги опубликуют любую лабуду.

Как поступят иностранные издательства я точно не знаю. Но могу предположить, что иностранные тоже опубликуют лабуду. Потому что некоторые мои коллеги из статьи в статью копируют одни и те же рисунки и абзацы текста (на английском языке), и эти статьи выходят в свет. Но не стоит им уподобляться.

Если вам дорог научный авторитет, то любые заимствованные фрагменты пересказывайте по-своему. Превращайте заимствования в как-бы-цитаты.

Берегите научный авторитет с молоду

А где уместны как-бы-цитаты? Они уместны: в обзоре литературы; во введении, где вы обосновываете актуальность работы; в описании методики; в небольшом количестве в обсуждении. В разделе с результатами цитаты не уместны: пишите о своих результатах своими словами.

Результаты — табу для как-бы-цитат

Продолжение следует.

В биологии очень плохо формализованы многие понятия — в отличие от математики. Но, чистая математика — наука абстрактная. Поэтому она обязана оперировать четкими, однозначными определениями для того, чтобы математики могли понимать друг друга. Биология, наоборот, прекрасно обходится неформальными терминами. Работа и зарплата биологов от этого не страдает.

Подобная неформальная ситуация расчищает почву для философов науки и биологов-философов, которые в многостраничных публикациях пространно рассуждают о смысле того или иного термина: о сути вида; об аналогии и гомологии; о различии микро-, мейо- и макробентоса; о понятии суб-, супра- и просто литорали; о бентосе и перифитоне и так далее. Но философам вообще свойственно пространно рассуждать — работа у них такая.

— А что тут такого? Работа как работа. (Франс Халс. Портрет Декарта. 1648 год)

Особенно умиляют наивные описания таксонов. Там авторы считают, что формулировки вроде «членик вида А несколько длиннее, чем у вида Б, но слегка уже, чем у вида В» позволяют отличить А от Б и В! Когда другой наивный исследователь пытается по этим признакам идентифицировать организмы, вместо результата он получает порцию недоумения, разочарования и гнева.

— Как же, черт возьми, отличить эти виды! (Аньоло Бронзино. Фрагмент Аллегории с Венерой и Амуром. Около 1545 года)

Кстати, шустрые программатики (программисты-математики) любят выражать наивные описания в терминах нечетких множеств и строить на их основе таксономические экспертные системы. См., например:

• Лелеков С. Г., Лях А. М. (2014) Нечеткое описание признаков объектов в адаптивных таксономических экспертных системах.
• Лелеков С. Г., Лях А. М. (2015) К вопросу выбора последовательности признаков в таксономических экспертных системах.
• Лелеков С. Г., Лях А. М. (2015) Нечеткий вывод в адаптивных таксономических экспертных системах.

Но вот когда за формализацию терминов берутся реальные биологи, знакомые с лаконичной точностью математики, которые буквально своими руками пощупали дискуссионный объект, тогда они производят ясные, однозначные, красивые формулировки.

Как бывшему студенту математического факультета, мне крайне неудобно использовать неформализованные определения. Поэтому впредь буду разбирать и уточнять некоторые биологические понятия.

— М-да, а я так и не понял, что такое экология. (Рембрант. Портрет старого еврея. 1654 год)

Так, я уже разобрал чем центрические диатомовые отличаются от пеннатных и дал определение главных морфогенетических осей панциря диатомовой.

— Мор-фо-ге-не-ти-чес-кие о-си? (Ян Ливенс. Портрет пожилого мужчины)

Если у вас есть статьи, где дано ясное определение биологического термина, присылайте их на почту me@antonlyakh.ru.

Я их обработаю и опубликую заметку, сославшись на вас. Также пишите в комментариях примеры четких биологических терминов.

— Морфоэкотипы не следует путать с экоморфами и морфотипами, так как экоморфы есть жизненные формы организма, которые возникли в результате приспособления к факторам среды, а морфотипы выделяют при изучении изменчивости... (Константин Савицкий. Инок. 1897 год)

Все терминологические заметки ищите по тегу «правильная терминология».

Возьмем концепцию Георгия Гурджиева о том, что человек — это машина и (нейро-)психологов, который активно используеют это знание.

Смешаем ее с гипотезой Андрея Склярова, Историка Пи, Асукарейры и прочих альтерантивщиков о том, что человек создан искусственно.

Примешаем сюда смену коренных рас Елены Блаватской и иже с ней, ноосферу Вернадского и нооскоп Антона Войно. И посмотрим на результат.

В результате мы увидим, что происходящие изменения покажутся вполне закономерными, а все вопли по этому поводу есть не более, чем глас вопиющего в пустыне. Все уже предопределено.

Нас заменит искусственный интеллект и роботы. Роботов будут ремонтировать рукастые инженеры-электронщики, ИИ будут совершенствовать талантливые математики, коды будут писать усидчивые программисты, а большая часть человечества окажется ненужной. Да и все прочие механики-кодеры будут нужны до тех пор, пока цивилизация роботов не научиться все делать сама.

Наша Пятая раса спешно приближается к пятому элементу — назовите его, если хотите, междупланетным эфиром — который, однако, имеет больше отношения к психологии, нежели к физике.

Идущая Шестая раса — которая может начаться очень скоро — будет находиться в своем Сатья (Золотом) Веке, тогда как мы будем еще пожинать плоды нашего беззакония в нашей Кали Юге... Мы возвращаемся кверху по дуге только с прибавлением самосознания. Шестая Раса <...> будет обладать совершенством форм и высочайшей разумностью и духовностью.

Елена Блаватская

Пятый элемент и шестая расса — это ИИ.

Иногда случается так, что у вас накопился материал на несколько статей, но нет возможности сесть и написать их одну за другой. В этом случае предлагаю работать над статьями параллельно. Для этого необходимо регулярно записывать все возникающие мысли, подходщие цитаты и библиографические ссылки для каждой статьи.

Регулярно все записывайте

Далее расскажу где и как.

Где записывать

Сначала я пробовал писать рукой в разных тетрадках или на отдельных листках бумаги. Это успокаивает, позволяет сосредоточиться и хорошо развивает мелкую моторику. Но когда у меня накопилась весомая стопка, я стал путаться, где, что и когда записал.

Потом пробовал записывать в Ворде (вместо Ворда подставьте название любимого текстового редактора). Но тогда я стал путаться, в какой файл я внес запись и где он лежит.

Сейчас я перешел на Эгею.

Эгея — это движок для ведения блога, созданный Ильей Бирманом. Ее легко установить, в ней просто работать. Этот блог работает на Эгее.

Эгея умеет хранить черновики заметок, которые видны только вам. (В платной версии вы можете отправить ссылку на черновик кому-то еще, но я работаю в бесплатной.) Именно черновики идеально подходят для параллельной работы над статьями.

Записывайте в черновиках блогодвижка

Вместо Эгеи можно взять любой другой блогодвижок. Главное, чтобы он помогал сосредоточенно работать над текстом, а не думать о том, где это текст лежит.

Как записывать

Веду два черновика
Для каждой статьи я завожу два черновика. В одном веду список литературы, в другом — пишу текст, вставляю иллюстрации или воспроизвожу фразы из чужих работ.

Использую иллюстрации
В текст вставляю иллюстрации. Это помогает понять, как они будут смотреться в реальной статье. Однако исходники иллюстраций все-таки храню в отдельной папке на компе, потому что из Эгеи тяжело вытаскивать картинки.

Привожу цитаты
В тексте не боюсь использовать фразы из чужих работ. Многое из того, что вы только-что придумали, кто-то уже опубликовал. Поэтому когда вы находите абзац, в котором автор пишет то, о чем вы думайте — просто скопируйте этот абзац.

Пересказывайте опубликованные мысли

Обратите внимание на то, как автор выражает мысли, какой стиль использует. Если вам нравится, попробуйте также выразить свои идеи. Естественно, что в чистовике вы передадите мысль автора своими словами с обязательной ссылкой на первоисточник.

Если вы считаете, что все-таки сами додумались до всего, тогда ни на кого ссылаться не нужно. Но если рецензент вашей работы будет настаивать, что об этом таки-давно известно, тогда напишите, что об этом действительно говорил тот и тот автор, но вы сами независимо пришли к данному заключению.

Ссылаюсь на авторов и год публикации
В тексте ссылаюсь на статьи по имени первого автора и году, записываю в квадратных скобках: [Иванов, 1913], [Bond et al., 1956], [Пух, Пятачок, 1980]. По такой ссылке легко отыскать первоисточник. Она намного удобнее абстрактных чисел: [1, 7, 15]. Не могу понять, почему в отечественных изданиях упорно продолжают использовать числовые ссылки. Редакторы, пора с этим заканчивать!

Кратко конспектирую библио-источники
В библиографическом списке после каждой статьи кратко описываю, чем она полезна, что из нее стоит взять, почему решил на нее сослаться. Если статья оказалась никчемной — тоже заношу ее в спиской с соответствующей пометкой, чтобы больше не ссылаться.

Кратко конспектируйте библио-ссылки

Все библио-ссылки переношу в библио-менеджер. Я использую собственный библио-менеджер. С его помощью, например, сформирован список прочитанных книг и моих публикаций.

Это главные рекомендации. Есть еще детали, но я их вовремя не записал и теперь забыл.

Что делать

1. Работайте над статьями параллельно.
2. Регулярного все записывайте.
3. Пересказывайте чужие мысли.
4. Ссылайтесь на публикации по автору и году.
5. Храните исходники иллюстраций для каждой статьи.
6. Чередуйте сидячую работу с подвижным отдыхом.
7. Будьте здоровы.